计算化学公社

标题: 高分子材料用哪种模拟软件最好？ [打印本页]

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-6 21:59
标题: 高分子材料用哪种模拟软件最好？
大佬们好，我是一名MD方面的萌新一枚，想咨询一下大佬重复单元结构复杂的高分子物质例如PET这样的，用什么软件好一些呢，是Gromacs 还是materials studio 还是lammps呢！因为是初学者想选一款适合一些的软件，就来论坛里问一问大佬们！

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-6 21:59
小弟研究生在读，希望大佬们能多多教导一下我

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-6 22:18

一名高分子憨憨发表于 2021-2-6 21:59
小弟研究生在读，希望大佬们能多多教导一下我

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

GROMACS非常理想，速度非常快、完全免费、十分灵活、辅助工具很多，用户是所有动力学程序里最多的，有问题在本论坛容易得到解答。今年三月或四月预计还有第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班，是上手的最好机会。

M$极贵，速度很慢还不支持GPU加速，灵活度很差。如果之前买了凑合用也罢，还没买就不要买。

对这方面模拟，LAMMPS比GROMACS没有优势。

作者
Author: abin 时间: 2021-2-7 16:59
听说有一个东西，
自主知识产权，galamost

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2021-2-7 17:15
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2021-2-7 17:20 编辑

GROMACS是标配。搭配新一些的GPU卡，再调节好参数，万多原子的高分子系统每天跑几百个ns是很简单的。

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-8 19:22

sobereva 发表于 2021-2-6 22:18
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思社长，以后不会再犯这样的错误了！

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-8 19:25

yjmaxpayne 发表于 2021-2-7 17:15
GROMACS是标配。搭配新一些的GPU卡，再调节好参数，万多原子的高分子系统每天跑几百个ns是很简单的。

谢谢大佬！萌新最近也准备学一学GROMACS，看资料感觉GROMACS的上手难度会比MS高一点点

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-8 19:28

abin 发表于 2021-2-7 16:59
听说有一个东西，
自主知识产权，galamost

对对对，这个似乎是咱们国内开发的软件，是专门为聚合物设计的，但不知道该怎么去弄，大家用的比较少。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-8 21:04

一名高分子憨憨发表于 2021-2-8 19:25
谢谢大佬！萌新最近也准备学一学GROMACS，看资料感觉GROMACS的上手难度会比MS高一点点

昂贵的玩具用起来当然（表面上）显得容易，要不然根本推销不出去
把gmx稍微用熟了就会对M$不屑一顾了

作者
Author: abin 时间: 2021-2-8 21:09

一名高分子憨憨发表于 2021-2-8 19:28
对对对，这个似乎是咱们国内开发的软件，是专门为聚合物设计的，但不知道该怎么去弄，大家用的比较少。

开发者说，源码开源的呀……

你问代码主创吕中元教授，
或者联系代码的主要维护者朱有亮先生。

如果不晓得这两位，
要么你看的资料不对，
要么你的研究和他们的方向没有任何交集。

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-8 21:48

abin 发表于 2021-2-8 21:09
开发者说，源码开源的呀……

你问代码主创吕中元教授，

因为才刚开始弄MD，也不是特别了解，慢慢学习把！谢谢大佬！

作者
Author: 一名高分子憨憨 时间: 2021-2-8 21:55

sobereva 发表于 2021-2-8 21:04
昂贵的玩具用起来当然（表面上）显得容易，要不然根本推销不出去
把gmx稍微用熟了就会对M$不屑一顾了

好的卢老师~

作者
Author: naoki 时间: 2021-3-16 12:26
本帖最后由 naoki 于 2023-2-23 10:46 编辑

根据我的一点经验，线性聚合物用GROMACS很好，方法成熟速度快；体型交联的用LAMMPS方便点，拓扑文件相对好处理一些，虽然跑得慢(有Sobtop之后，LAMMPS优势不再)。M$适合打辅助，其可视化界面处理周期性聚合物时相比gv更好用些。

作者
Author: excaliburS 时间: 2022-1-22 10:24
正在学习OCTA这个软件，专门设计给高分子的

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