计算化学公社

标题: Multiwfn做IGM分析时出现的H-H弱相互作用如何归属？ [打印本页]

作者
Author: qingmang 时间: 2021-2-7 18:38
标题: Multiwfn做IGM分析时出现的H-H弱相互作用如何归属？
如题，我在使用Multiwfn对一个suzuki反应的过渡态进行可视化弱相互作用分析时，对苯甲醛基底物与甲氧基萘底物之间的弱相互作用利用IGM进行可视化时发现一个我认知外的弱相互作用，其为萘环上氢与醛基氢的吸引作用，我才疏学浅，不认识这一类的弱相互作用，不知道其本质为何，还望大家不吝赐教。

注：IGM分析（主功能20，附属选项10）使用的是中等质量格点，sign(lambda2)rho使用真实电子密度

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-7 21:46
不是什么特殊的吸引作用，纯粹是因为当前其它部分的结构原因，导致两个氢恰好挨得比较近而已

另外，IGM等值面比较肥，过于延伸到距离氢原子核比较近的位置，这部分区域电子密度又不是特别小，导致看上去颜色发蓝，会令你误以为有吸引作用。如果你改用我提出的IGMH，就不会有这个问题，IGMH的分析见Multiwfn手册4.20.11节

作者
Author: qingmang 时间: 2021-2-8 08:44

sobereva 发表于 2021-2-7 21:46
不是什么特殊的吸引作用，纯粹是因为当前其它部分的结构原因，导致两个氢恰好挨得比较近而已

另外，IGM ...

谢谢，我试试

作者
Author: qingmang 时间: 2021-2-8 09:43
本帖最后由 qingmang 于 2021-2-8 09:45 编辑

sobereva 发表于 2021-2-7 21:46
不是什么特殊的吸引作用，纯粹是因为当前其它部分的结构原因，导致两个氢恰好挨得比较近而已

另外，IGM ...

我尝试了IGMH的方法，发现HH间仍然存在代表弱相互作用的等值面。我理解的IGMH的方法是使用初原子密度，计算得到一个原子其所属电子的密度在空间上的权重，然后利用这个权重来划分基于量化计算得到的电子密度，之后使用IGM的方法求得deta g，这样的好处是可以避免在计算中没有电子的地方出现弱相互作用的等值面，但是在我这个例子中，两个氢原子之间应该存在不弱的电子密度。所以这个相互作用应该是存在的？不知道我理解是否有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-8 20:51

qingmang 发表于 2021-2-8 09:43
我尝试了IGMH的方法，发现HH间仍然存在代表弱相互作用的等值面。我理解的IGMH的方法是使用初原子密度 ...

本来就肯定有对应H-H的等值面，毕竟都挨得这么近了，但至少IGMH不像IGM蓝得那么厉害而夸大了吸引作用强度。

PS：你的格点间距设得太大，图像太粗糙

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)