计算化学公社

标题: Multiwfn计算EPS时beta值超范围，VMD不能填正常填色 [打印本页]
作者
Author: 冰红茶    时间: 2021-2-8 01:07
标题: Multiwfn计算EPS时beta值超范围，VMD不能填正常填色
各位你们好
我试着用Multiwfn计算了一个8对碱基对的DNA结构，结构数据来源PDB数据库。我先删除了原始数据中的络合的分子，只剩下了DNA的部分。然后直接就用了Multiwfn进行了分子表面静电势的计算。计算过程中采用的默认参数。计算后，返回了103个极小值点，55个极大值点数据，最大为150.8a.u.，最小为71.1a.u.。然后按照论坛里的196步骤进行了VMD填色，发现color scale部分超量程了，beta因子在vtx.pdb中全是999.9.。没办法显示颜色了。怎么办？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-8 12:14
我已更新了官网上的Multiwfn，按照这里说的，用drawESP目录下我新提供的带pqr后缀的版本即可

(, 下载次数 Times of downloads: 49)
作者
Author: 冰红茶    时间: 2021-2-8 23:58
sobereva 发表于 2021-2-8 12:14
我已更新了官网上的Multiwfn，按照这里说的，用drawESP目录下我新提供的带pqr后缀的版本即可

老师好，我用了老师的新文件改了名字直接覆盖了旧文件。别的没动过。试了小分子化合物，能开始计算，charge也能填色，但是用DNA开始计算后，报错如下：
Calculating electrostatic potential at surface vertices, please wait patiently

Initializing LIBRETA library for ESP evaluation, please wait...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
Multiwfn           0000000001F09AE3  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.31.s  00007FEBB7B413C0  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000499DAA  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           000000000049CC17  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000577B56  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000A7CF84  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000007E4FCF  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000430A22  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.31.so       00007FEBB795F0B3  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000430929  Unknown               Unknown  Unknown
root@leo-desktop:/home/leo#
咋回事呢？还需要做什么修改吗？谢谢老师
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-9 00:00
冰红茶 发表于 2021-2-8 23:58
老师好，我用了老师的新文件改了名字直接覆盖了旧文件。别的没动过。试了小分子化合物，能开始计算，char ...

不好判断。如果机子里有Gaussian，让Multiwfn调用cubegen计算静电势再试
作者
Author: 冰红茶    时间: 2021-2-9 00:02
冰红茶 发表于 2021-2-8 23:58
老师好，我用了老师的新文件改了名字直接覆盖了旧文件。别的没动过。试了小分子化合物，能开始计算，char ...

改了内核数就能开始算了，默认是4个，我改成了6个就不行，改回4个就行了。为啥呀？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-16 08:21
冰红茶 发表于 2021-2-9 00:02
改了内核数就能开始算了，默认是4个，我改成了6个就不行，改回4个就行了。为啥呀？

如果你用的是Multiwfn中的libreta代码算的静电势，我没碰到过核数导致不能算的问题，2~36核对于不小的体系我都试过，都可以正常计算。
对于linux版，确认已经按照手册2.1.2节配置了系统。




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