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标题: 求助：二面角参数含义和在FEP计算中的设置 [打印本页]

作者
Author: muxchong 时间: 2021-2-8 11:38
标题: 求助：二面角参数含义和在FEP计算中的设置
各位老师，我想请教两个关于二面角的小问题 1. Amber力场中 [ dihedraltype ] 里同样四个原子为什么会有两套参数，比方说‘CT CT OS CT’ 分别有0和180度两个角度？多重性的概念我不是很理解

2. 在FEP计算中，我要perturb的原子涉及到二面角的变化，用single-topology方法，它的两套参数应该如何取舍？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-2-8 17:54
cosine 在-180到180之间只有一个低谷一个高峰二面角在-180到180之间有多个低谷和高峰就要靠多重性来表现
你自己把函数画出来就懂了
做FEP要两套都保留

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-8 20:57
1 诸如右下角的扭转势是由其它三个图里的不同周期性的函数线性组合而成的

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作者
Author: muxchong 时间: 2021-2-10 14:14
谢谢，我明白啦

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