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标题: 求助关于氢氧根阴离子在水中的能量 [打印本页]

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Author: yaoshi1206 时间: 2021-2-10 18:51
标题: 求助关于氢氧根阴离子在水中的能量
一个有机反应，产物有氢氧根阴离子，用# opt freq M062X/6-31+g(d) integral=ultrafine scrf=(iefpcm,solvent=water) 计算1. OH
2. OH+H2O复合物
3. OH+3H2O复合物
结果显示2，和3的相对自由能比1低很多，请教前辈们，在化学热力学研究中，产物的自由能要把氢氧根阴离子和水结合后的能量降低考虑进去吗？
表格中数值为自由能，单位为Hartree,

H2O	OH-	H2O+OH-	OH-和H2O复合物	能量差kcal/mol
-76.388957	-75.894113	-152.28307	-152.294587	-7.23

3H2O	OH-	3H2O+OH-	OH-和3H2O复合物	能量差kcal/mol
-229.166871	-75.894113	-305.060984	-305.080904	-12.50

OH-和3H2O复合物构象如下：
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-2-10 23:00
对，像OH-(aq)这种和溶剂作用比较强的离子，计算时必须考虑第一配位层的水。
同理，反应物如果有和水形成强氢键，或与水配位的物种，计算时也要加几个水分子

作者
Author: yaoshi1206 时间: 2021-2-11 09:22

wzkchem5 发表于 2021-2-10 23:00
对，像OH-(aq)这种和溶剂作用比较强的离子，计算时必须考虑第一配位层的水。
同理，反应物如果有和水形成 ...

谢谢指点！

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-6-24 18:19

wzkchem5 发表于 2021-2-10 23:00
对，像OH-(aq)这种和溶剂作用比较强的离子，计算时必须考虑第一配位层的水。
同理，反应物如果有和水形成 ...

请问意思是 OH-作为反应物在隐式溶剂（水）条件下，找过渡态时也要放H2O分子吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-6-24 18:27
如果阴离子不直接参与反应，建议通过实验数据构造热力学循环来避免直接计算溶剂化阴离子

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-24 18:46

彤彤加油发表于 2021-6-24 11:19
请问意思是 OH-作为反应物在隐式溶剂（水）条件下，找过渡态时也要放H2O分子吗？

对，你可以认为是因为隐式溶剂模型对于这种情况不够好，所以离OH-最近的水分子需要显式描述

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-4 23:47

喵星大佬发表于 2021-6-24 18:27
如果阴离子不直接参与反应，建议通过实验数据构造热力学循环来避免直接计算溶剂化阴离子

谢谢

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-4 23:48

wzkchem5 发表于 2021-6-24 18:46
对，你可以认为是因为隐式溶剂模型对于这种情况不够好，所以离OH-最近的水分子需要显式描述

谢谢老师，那请问应该放几个水分子呢？有什么依据吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-5 00:03

彤彤加油发表于 2021-7-4 16:48
谢谢老师，那请问应该放几个水分子呢？有什么依据吗

你查一下研究OH-(H2O)n团簇的文章，会告诉你放几个合适，以及应该怎么放。我不是完全确定

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-5 00:09

wzkchem5 发表于 2021-7-5 00:03
你查一下研究OH-(H2O)n团簇的文章，会告诉你放几个合适，以及应该怎么放。我不是完全确定

好的谢谢

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-5 00:26

彤彤加油发表于 2021-7-5 00:09
好的谢谢

老师，再打扰问一下，如果放入水分子，找过渡态等计算时是否要固定水分子呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-5 00:29

彤彤加油发表于 2021-7-4 17:26
老师，再打扰问一下，如果放入水分子，找过渡态等计算时是否要固定水分子呢？

不应该固定

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-5 00:37

wzkchem5 发表于 2021-7-5 00:29
不应该固定

谢谢

作者
Author: 彤彤加油 时间: 2021-7-5 12:56

wzkchem5 发表于 2021-7-5 00:29
不应该固定

老师，有个现实问题，以OH-和另一反应物为高斯输入文件，以water作隐式溶剂，已经算完了。本来计划照您的建议加几个水分子试试，但是老板让投稿。想问下之前计算的数据可以用吗？

路径是合理的，只是没有考虑显式水。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-5 14:24

彤彤加油发表于 2021-7-5 05:56
老师，有个现实问题，以OH-和另一反应物为高斯输入文件，以water作隐式溶剂，已经算完了。本来计划照您的 ...

除非OH-和反应物形成了若干根氢键，起到了类似显式溶剂水的效果，否则不靠谱

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