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标题: 请教一下粗粒化表面活性剂的可靠方法，或帮我提供几个简单表活剂的粗粒化itp和gro [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2021-2-11 14:27
标题: 请教一下粗粒化表面活性剂的可靠方法，或帮我提供几个简单表活剂的粗粒化itp和gro
本帖最后由牧生于 2021-2-11 14:31 编辑

做表面活性剂，现在也想对比一下全原子和粗粒化。
折腾了很久两种方法，都不能成功地使用脚本对简单的表面活性剂进行粗粒化。

第一种方法：

是martinize.py脚本，对十二烷基三甲基溴化铵的阳离子部分进行粗粒化，使用M$画出pdb结构

在centos下对martinize.py添加执行权限后，运行python martinize.py -h，出现了很多帮助信息
运行命令以及输出

[root@jing jing]# ./martinize.py -f D.pdb -o D.top -x CG.pdb -name DTAB -ff martini22
INFO    MARTINIZE, script version 2.6_3
INFO    If you use this script please cite:
INFO    de Jong et al., J. Chem. Theory Comput., 2013, DOI:10.1021/ct300646g
INFO    Chain termini will be charged
INFO    Residues at chain brakes will not be charged
INFO    The martini22 forcefield will be used.
INFO    Local elastic bonds will be used for extended regions.
INFO    Read input structure from file.
INFO    Input structure is a PDB file.
INFO    Found 1 chains:
INFO       1: (), 50 atoms in 1 residues.
INFO    Removing HETATM chain  consisting of 1 residues.
INFO    Total size of the system: 0 residues.
WARNING No secondary structure or determination method speficied. Protein chains will be set to 'COIL'.
INFO    Writing coarse grained structure.
INFO    (Average) Secondary structure has been determined (see head of .itp-file).
INFO    Written 0 ITP file
INFO    Output contains 0 molecules:
INFO    Written topology files
INFO    Note: Cysteine bonds are 0.24 nm constraints, instead of the published 0.39nm/5000kJ/mol.
      There you are. One MARTINI. Shaken, not stirred.

He was white and shaken, like a dry martini.
                                                            --P. G. Wodehouse
结果只得到空的CG.pdb和空的top文件。。

第二种方法，使用auto_martini：
使用M$画出DTAB的pdb结构，再使用openbable转为smi字符[N+](C)(C)(C)CCCCCCCCCCCC，使用auto_martini进行粗粒化

首先安装Anaconda3，安装后以管理员身份打开命令行窗口，输入：

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkitpython=2.7

conda activate my-rdkit-env

pip install numpy

pip install beautifulsoup4

pip install requests

pip install lxml

打开程序包中的“auto_martini”文件，注释掉“import subprocess32”这一行

运行python auto_martini -h是没有问题的，出现了很多帮助信息，证明是可以运行了

在conda activate my-rdkit-env环境下，运行命令

python auto_martini --smi "[N+](C)(C)(C)CCCCCCCCCCCC" --mol DTAB --aa DTAB1.gro --cg DTAB2.gro-v > DTAB.itp

结果出错

INFO:__main__:; Max. number of attempts: 765

INFO:__main__:; Atom partitioning: {0: 0, 1: 0, 2: 0, 3: 0, 4: 0, 5: 1, 6: 1, 7: 2, 8: 2, 9: 2, 10: 3, 11: 3, 12: 3, 13: 4, 14: 4, 15: 4}

INFO:__main__:; Bead types: ['Q0', 'C5', 'C3', 'C3', 'C3']

WARNING:__main__:ALOGPS can't predict fragment: [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[N+](C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H]

如果让程序自动去分配，使用如下命令

python auto_martini --smi [N+]"(C)""(C)""(C)"CCCCCCCCCCCC--mol DTAB --aa DTAB1.gro --cg DTAB2.gro-v > DTAB.itp --fpred #（此处多加了--fpred 选项）

虽然会转化成功，得到tip和gro文件，但是显然是不对的。

INFO:__main__:; Atom partitioning: {0: 0, 1: 0, 2: 0, 3: 0, 4: 0, 5: 1, 6: 1, 7: 2, 8: 2, 9: 2, 10: 3, 11: 3, 12: 3, 13: 4, 14: 4, 15: 4}
INFO:__main__:; Bead types: ['Q0', 'C5', 'C3', 'C3', 'C3'] （应该为['Q0', 'C1', 'C1', 'C1' ，而且得到文件中的各种参数，角度，显然也都是不对的）
; Warning: bead ID MOL predicted from Wildman-Crippen. Fragment [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[N+](C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H]
INFO:__main__:; Mapping additivity assumption ratio: 0.1938 (whole vs sum: -6.3327 vs. -5.1052)

得到的文件如下

itp文件
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
全原子的DTAB，这个是没问题的
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
DTABCG，是有问题的
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

一直在失败，请教一下，该如何简单方便的将小分子转化粗粒化的参数
或者，帮我提供一下正确的十二烷基三甲基溴化铵，十二烷基硫酸钠的正确的CG的参数。

作者
Author: JUNJUNJUN666 时间: 2021-4-26 18:37
您好！请问问题解决了咩？我也遇到了同样地问题，前辈能仔细说说吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-26 21:47

JUNJUNJUN666 发表于 2021-4-26 18:37
您好！请问问题解决了咩？我也遇到了同样地问题，前辈能仔细说说吗？

未解决，已经放弃粗粒化。老老实实全原子

作者
Author: faylovesnow 时间: 2022-7-17 01:01

牧生发表于 2021-4-26 21:47
未解决，已经放弃粗粒化。老老实实全原子

我也研究过一阵，放弃了，还是等sob老师明年培训班学习粗粒化吧

作者
Author: Cathyc 时间: 2022-7-21 18:46
您好！请问这个问题现在能解决了吗？我也把这两种方法都试过了，不知道问题出在哪儿

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-22 06:58

Cathyc 发表于 2022-7-21 18:46
您好！请问这个问题现在能解决了吗？我也把这两种方法都试过了，不知道问题出在哪儿

未解决，已经放弃粗粒化。老老实实用全原子

作者
Author: zwy123 时间: 2023-8-12 17:33
你好，我想要对大肠杆菌lipidA进行粗颗粒化，也遇到了同样的问题，请问有解决方法吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-12 21:46

zwy123 发表于 2023-8-12 17:33
你好，我想要对大肠杆菌lipidA进行粗颗粒化，也遇到了同样的问题，请问有解决方法吗

CHARMM-GUI

作者
Author: zdworld 时间: 2023-8-13 00:01

牧生发表于 2021-4-26 21:47
未解决，已经放弃粗粒化。老老实实全原子

全原子会不会陷入局部势阱？

作者
Author: zwy123 时间: 2023-8-13 16:24

slxc920113 发表于 2023-8-12 21:46
CHARMM-GUI

CHARMMGUI里面没有lipidA怎么构建啊

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