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标题: VMD处理膜蛋白在执行命令时报错求助 [打印本页]

作者
Author: albertzhuo 时间: 2021-2-18 09:41
标题: VMD处理膜蛋白在执行命令时报错求助
本帖最后由 albertzhuo 于 2021-2-19 00:28 编辑

按照VMD教程，我合成了KCSA四聚体，合成了80x80的膜，然后按要求执行如下命令coordpdb popc TEMP.pdb
疯狂循环
的时候报错 Warning: failed to set coordinate for atom POT

前景提要
set popc [atomselect top all]
set kcsamol [mol new ../01-BUILD/kcsav.psf]
mol addfile ../01-BUILD/kcsav.pdb
set kcsa [atomselect $kcsamol all]

$popc moveby [vecinvert [measure center $popc weight mass]]
$popc writepdb popc_TEMP.pdb

set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"]
$kcsa moveby [vecinvert [measure center $vest weight mass]]
display resetview
$kcsa move [transaxis z -25]
$kcsa writepdb kcsa_TEMP.pdb

mol delete all
package require psfgen
resetpsf
readpsf popc.psf
(这一步也报错
vmd > readpsf popc.psf
psfgen) reading structure from psf file popc.psf
psfgen) duplicate topology file C:/Program
psfgen) duplicate topology file C:/Program
psfgen) psf file does not contain cross-terms
只能手动加载）

coordpdb popc TEMP.pdb
求帮帮忙！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-18 10:00
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“VMD膜蛋白相关”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-18 10:05
我不知道教程里怎么写的，起码atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"]这里面你得交代清楚$kcsamol之前是怎么定义的

writepdb后面直接加kcsa也莫名其妙。如果确信之前几步都没问题，删了这kcsa再试

作者
Author: albertzhuo 时间: 2021-2-18 10:31

sobereva 发表于 2021-2-18 10:05
我不知道教程里怎么写的，起码atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"]这里面你得交代清楚$kcs ...

set popc [atomselect top all]
set kcsamol [mol new ../01-BUILD/kcsa_solv.psf]
mol addfile ../01-BUILD/kcsa_solv.pdb
set kcsa [atomselect $kcsamol all]

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