计算化学公社

标题: 请教关于非平衡分子动力学模拟中的周期性微扰的问题？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-2-21 00:33
标题: 请教关于非平衡分子动力学模拟中的周期性微扰的问题？
1.在gromacs中，施加一个周期性微扰，可以看作是方向沿着x方向，大小变动沿着z方向的外力吗还是微波？？
2.添加周期性微扰，可以在npt系综下进行吗？
3.如果目的不是计算粘度，想看一下聚合物晶体在某种溶剂下模拟的效果以及施加一个外力模拟后的效果，那么添加周期性微扰是否可行呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-21 17:35
1 是x方向的外力。外力的大小和方向取决于粒子的z坐标

2 可以，但原理上最好在NVT下做

3 没必要用周期扰动。直接设成acc-grps组加恒定外力即可。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-27 20:32

sobereva 发表于 2021-2-21 17:35
1 是x方向的外力。外力的大小和方向取决于粒子的z坐标

2 可以，但原理上最好在NVT下做

谢谢老师的回复。
1我是想模拟实验条件下的超声或者微波，给他一个波动的力，这样的话用周期性微扰可以吗？
2、acc-grps组的话是个某一个组一个恒定大小的力，我想给整个体系一个大小可以变化的力，这样怎么可以实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-28 10:28

努力向上的boy 发表于 2021-3-27 20:32
谢谢老师的回复。
1我是想模拟实验条件下的超声或者微波，给他一个波动的力，这样的话用周期性微扰可以 ...

没法实现，只能改源代码

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-31 21:13

sobereva 发表于 2021-3-28 10:28
没法实现，只能改源代码

好的，谢谢老师。

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-4-30 20:56

sobereva 发表于 2021-2-21 17:35
1 是x方向的外力。外力的大小和方向取决于粒子的z坐标

2 可以，但原理上最好在NVT下做

我想请教一下sob老师，当对某个组施加恒定外力时那么该组在受力方向上的速度也将受到人为的干扰，此时NVT的控温器该如何选择？是否应该考虑外力对此方向上速度的干扰呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-1 03:22

萌新杨同学发表于 2023-4-30 20:56
我想请教一下sob老师，当对某个组施加恒定外力时那么该组在受力方向上的速度也将受到人为的干扰，此时NVT ...

还是照常控温

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-1 12:20

sobereva 发表于 2023-5-1 03:22
还是照常控温

老师我还是有些不解，如果照常控温比如NVT使用V-rescale，那么对于受到恒定外力的分子组必然在该外力方向上速度升高，而v-rescale在计算delta_T时就会认为体系现在的温度很高，而对所有的粒子的速度进行调节从而控温，这显然是不合理的也不是我们施加外力做NE（non-equilibrium）MD想要的；
您在群里回复我说gromacs不能仅考虑某些方向的自由度（速度）进行控温，那如下思路是否可行？
1、将施加外力的分子和体系其他分子分组分别控温，仍采用v-rescale，以减少施加外力组对体系其他分子的影响？但是这样的话，受到外力的组的速度还是会被调节，和直接施加外力得到的速度不一致？
2、仍然分组，但是对施加外力的组不控温，只对不施加外力的组控温
3、看了有些帖子说可以采用NVE系综做NEMD来减少控温对速度的影响？但看到有些人说体系温度会飙升

实在是不解也没有在论坛里找到相关的帖子，还请sob大能指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-2 04:45

萌新杨同学发表于 2023-5-1 12:20
老师我还是有些不解，如果照常控温比如NVT使用V-rescale，那么对于受到恒定外力的分子组必然在该外力方向 ...

不想让控温干扰加外力的组的话可以给这部分设一个单独的控温组，把tau-t设为-1，代表不控温

NVE不行，温度会完全失去控制

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-2 10:41

sobereva 发表于 2023-5-2 04:45
不想让控温干扰加外力的组的话可以给这部分设一个单独的控温组，把tau-t设为-1，代表不控温

NVE不行， ...

感谢sob大的回复~

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