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标题: 溶剂-晶体界面层稳定时密度和体相密度如何比较 [打印本页]

作者
Author: cxw-suzy 时间: 2021-2-21 08:42
标题: 溶剂-晶体界面层稳定时密度和体相密度如何比较
Q: Density of the solvent. I havehighlighted the importance of checking that the solvent density in thesimulations was consistent with the density in the liquid bulk,computed/measured in absence of any interface (either crystal/solution andsolution/vacuum).
The authors have now included solvent densityprofiles, but to answer the comments they should compare the value of thedensity at its plateau, that represents the solvent bulk in their models, andthe density of a solution bulk, ideally simulated with the same forcefield acomposition compatible with that used in their simulations. Without thiscomparison, it is not possible to assess whether the behaviour of thesimulations is physically consistent and able to reproduce the behaviour of theliquid bulk properly

针对上面提出的溶剂层沿着晶面的法线方向，变化达到稳定时的密度和溶液的密度比。我建的模型是一个晶面和纯溶剂的模型，那我的要是溶剂达到稳定时的密度和不受边界影响的纯溶剂密度比的话，我这个参比的纯溶剂的密度，还需要跑动力学得到其密度吗？如果要跑的话，我建纯溶剂盒子的大小是立方盒子？还是必须要跟最开始建的溶剂层盒子和晶体层的a b c alpha beta gamma一致呢？另外，是否必须要跑动力学确定密度？我可以直接跟实际的溶剂的实验值比较吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-21 17:38
需要。用个立方盒子跑。必须用当前的模拟设置（力场、热浴...）跑纯溶剂盒子，和实验对比没意义，因为审稿人是让你对比有没有界面的情况。

作者
Author: cxw-suzy 时间: 2021-2-22 09:40

sobereva 发表于 2021-2-21 17:38
需要。用个立方盒子跑。必须用当前的模拟设置（力场、热浴...）跑纯溶剂盒子，和实验对比没意义，因为审稿 ...

我最开始对建立的溶剂-溶质的界面的模型，跑动力学是只跑了nvt（因为溶质固定），那我现在只跑纯溶剂这个盒子的时候，先跑1ns的nvt，再跑4ns的npt最后得到溶剂的密度，可以吗？
另外，1000个水分子，立方盒子的尺寸大约是31.7埃左右，这个尺寸可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-23 10:26

cxw-suzy 发表于 2021-2-22 09:40
我最开始对建立的溶剂-溶质的界面的模型，跑动力学是只跑了nvt（因为溶质固定），那我现在只跑纯溶剂这个 ...

直接跑NPT就完了，没必要跑NVT
不用管盒子尺寸，NPT开始后自发就会调节

作者
Author: cxw-suzy 时间: 2021-3-2 09:10

sobereva 发表于 2021-2-23 10:26
直接跑NPT就完了，没必要跑NVT
不用管盒子尺寸，NPT开始后自发就会调节

好的谢谢

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