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标题: 溶剂挥发对蛋白质二级结构的影响模拟求助 [打印本页]

作者
Author: Jie_C 时间: 2021-2-21 22:47
标题: 溶剂挥发对蛋白质二级结构的影响模拟求助
sob老师，我想问：我做溶剂挥发模拟对蛋白质二级结构的影响。我是要将mdp文件中的isotropic改为semiisotropic 将x/y 设为1，z设为0就可以了吗？是用npt还是nvt的mdp跑呀?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-22 08:08
我不知道你指的”x/y 设为1“中x、y具体指什么参数，是参考压力还是可压缩系数说清楚

作者
Author: Jie_C 时间: 2021-2-24 21:07

sobereva 发表于 2021-2-22 08:08
我不知道你指的”x/y 设为1“中x、y具体指什么参数，是参考压力还是可压缩系数说清楚

是控压的参考压力

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-26 14:53

Jie_C 发表于 2021-2-24 21:07
是控压的参考压力

想保持z方向不变，可压缩系数设为0就完了，参考压力随意

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