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标题: 高斯opt+freq 总是出现中断好久，输出文件中两部分normal termination [打印本页]

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Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 10:18
标题: 高斯opt+freq 总是出现中断好久，输出文件中两部分normal termination
1. 高斯优化结构算频率，这些天算的分子都出现这种情况，

(, 下载次数 Times of downloads: 70) ······
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
在这里停好久，快一夜了，这是怎么回事呢？每次都在一个类似的xxxxxxx721 does not exist 停很久是什么原因
2. 还有，明明算了一个白天近十个小时，最后得到输出文件，打开，点summary，居然显示CPU工作计算了2个多小时，查了下输出文件，第一个termination的时间是七个多小时，第二个是两个多小时，summary只显示最后一个的时间，前一个过程的时间为什么不加上？
(, 下载次数 Times of downloads: 73)
3. 输出文件里有两个normal ternination，第一次看到，是高斯把什么工作分开做了，不太懂
(, 下载次数 Times of downloads: 69) (, 下载次数 Times of downloads: 78)
4. 还想问一下用电脑算的话，对于要知道分子的homo、lumo，是不是把opt和freq分开来算，先opt了结构，再算freq验证一下比较好，还是直接opt freq一起，哪一个更省时间呢

输入文件： # opt freq b3lyp/6-31g(d)
这一次优化的的分子也在图片里 (, 下载次数 Times of downloads: 77)

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-11-18 10:27
Opt+Freq就是两个步骤啊，先优化输入结构，然后在优化好的结构上算频率，link的啊；homo-Lumo和一起算还是分开算没啥关系吧？

你的任务在运行啊，频率计算本来就耗时，不是停了，是还在继续算，停了是要么报错，要么正常结束的，至于那时间，我也没有研究过

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 10:59

hcxytpp@163.com 发表于 2015-11-18 10:27
Opt+Freq就是两个步骤啊，先优化输入结构，然后在优化好的结构上算频率，link的啊；homo-Lumo和一起算还是 ...

这样啊，谢谢！还有个问题，opt+freq正常结束之后的输出文件判断是否是能量最低的结构，一个是看振动频率没有虚频，另一个是看output file里靠后的地方最大力常数、位移啥的，应该有四个YES的吧，我看了没有虚频，但是只有三个yes，那这个结果还能认为是最优的吗？

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 11:00

hcxytpp@163.com 发表于 2015-11-18 10:27
Opt+Freq就是两个步骤啊，先优化输入结构，然后在优化好的结构上算频率，link的啊；homo-Lumo和一起算还是 ...

作者
Author: brothers 时间: 2015-11-18 11:02
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=633

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-11-18 11:05

brothers 发表于 2015-11-18 11:02
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=633

嘿嘿

作者
Author: brothers 时间: 2015-11-18 11:14

hcxytpp@163.com 发表于 2015-11-18 11:05
嘿嘿

这么风骚的图搭配上嘿嘿一笑，让我有点把持不住啊

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 11:30

brothers 发表于 2015-11-18 11:02
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=633

奥看到了，谢谢帮助！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-18 14:44
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-18 14:50 编辑

估计l1002的大概时间去看我在http://bbs.keinsci.com/thread-1912-1-1.html下面的回复，那不是中断，只不过没有输出而已。
命令里always 用#p

别拿GV去看summary，自己读输出文件，GV的summary毛病甚多
为什么CPU时间不加上？因为GV只读最后一个。人家任性。想加一起自己写脚本。不过除非你要做评测，否则加一起也没啥用。

Wall time 10h，CPU time 2h，说明你CPU在干别的事情，而且多半多线程没配置对。

opt freq 和自己先opt 读结构再freq是完全一样的。

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 15:16

liyuanhe211 发表于 2015-11-18 14:44
估计l1002的大概时间去看我在http://bbs.keinsci.com/thread-1912-1-1.html下面的回复，那不是中断，只不过 ...

谢谢！受教了！
另外您说的“CPU在干别的事情，而且多半多线程没配置对”，是什么意思，线程配置怎么弄，可以让控制cpu只算这个相关的任务不干别的事情吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-18 15:30

万卷书万里路发表于 2015-11-18 15:16
谢谢！受教了！
另外您说的“CPU在干别的事情，而且多半多线程没配置对”，是什么意思，线程配置怎么弄 ...

跑任务的时候看看任务管理器里CPU都在干什么。

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 20:16

liyuanhe211 发表于 2015-11-18 15:30
跑任务的时候看看任务管理器里CPU都在干什么。

恩，看到了，CPU使用率只有百分之十几，一些进程想结束但是提示拒绝访问

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-18 20:35

万卷书万里路发表于 2015-11-18 20:16
恩，看到了，CPU使用率只有百分之十几，一些进程想结束但是提示拒绝访问

%nprocshared=XX 设对了么

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 21:00

liyuanhe211 发表于 2015-11-18 20:35
%nprocshared=XX 设对了么

没有这一条···，这里的xx是写百分之多少吗

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-18 21:11

万卷书万里路发表于 2015-11-18 21:00
没有这一条···，这里的xx是写百分之多少吗

写用多少个Thread

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-18 21:59

liyuanhe211 发表于 2015-11-18 21:11
写用多少个Thread

搜了一下这几个关键词，还是不太懂，能细讲一下吗，关于高斯在调用多少内存多少内存多少线程时速度最快，这里的线程是什么意思，从网上搜到这种从来没有在输入文件里写过的这些：
%NprocShared=xx
%mem=xxxxmb
还有，win系统下速度是不是就是很慢，应该装linux系统吗，
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-18 23:57

万卷书万里路发表于 2015-11-18 21:59
搜了一下这几个关键词，还是不太懂，能细讲一下吗，关于高斯在调用多少内存多少内存多少线程时速度最快， ...

一般情况，如果没有其它任务在跑，你CPU有几个物理核心%nproc就设几，机子有n GB内存的话留给系统2GB其它都分配给高斯（%mem）。线程的含义你网上一搜就明白了。
Windows版主要是限制大，网上能找到的都是32bit版g09，最多只能用4个核、约1.5GB内存、16GB硬盘，而Linux版，或者64bit windows版g09没这个限制。计算速度其实和Linux版很相近，但不会比Linux版更快。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-19 01:23
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-19 01:25 编辑

万卷书万里路发表于 2015-11-18 21:59
搜了一下这几个关键词，还是不太懂，能细讲一下吗，关于高斯在调用多少内存多少内存多少线程时速度最快， ...

能给多少给多少，Win 下用Gaussian（x86）最多用大概1370~1395MB内存，设多了会报错。除了这个限制按Sob说的能给多少给多少。

另外注意别让它用虚拟内存。
除了版本位数，不大能明确指出Linux比Win好在哪儿，但是稍微熟练的用了Linux之后你是不会想回来用Win的

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 09:27

sobereva 发表于 2015-11-18 23:57
一般情况，如果没有其它任务在跑，你CPU有几个物理核心%nproc就设几，机子有n GB内存的话留给系统2GB其它 ...

知道了，谢谢sob老师~

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 09:28

liyuanhe211 发表于 2015-11-19 01:23
能给多少给多少，Win 下用Gaussian（x86）最多用大概1370~1395MB内存，设多了会报错。除了这个限制按Sob ...

好，谢谢老师~

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 10:31

sobereva 发表于 2015-11-18 23:57
一般情况，如果没有其它任务在跑，你CPU有几个物理核心%nproc就设几，机子有n GB内存的话留给系统2GB其它 ...

sob老师你好，我查了下性能这些信息，用的机子是i7-4790CPU，3.6GHz，四个内核，8个逻辑处理器，8GB物理内存，总的物理内存7.91GB，可用4.58GB，总虚拟内存15.8GB,可用虚拟内存8.61GB，
后面那两个可用内存那么小是为什么，我什么会有不可用的呢?
那我是不是应该写%nproc=4
%mem=2.58还是5.91 ？

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 10:32

liyuanhe211 发表于 2015-11-19 01:23
能给多少给多少，Win 下用Gaussian（x86）最多用大概1370~1395MB内存，设多了会报错。除了这个限制按Sob ...

老师你好，请问别让他用虚拟内存是什么意思，要怎么做

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-19 11:27

万卷书万里路发表于 2015-11-19 10:31
sob老师你好，我查了下性能这些信息，用的机子是i7-4790CPU，3.6GHz，四个内核，8个逻辑处理器，8GB物理 ...

你应当先说明你用的是什么系统
%nproc肯定设4

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 11:43

sobereva 发表于 2015-11-19 11:27
你应当先说明你用的是什么系统
%nproc肯定设4

windows 7 专业版
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-19 11:52

万卷书万里路发表于 2015-11-19 11:43
windows 7 专业版
谢谢老师！

%mem=1.5GB
%nproc=4

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-19 13:35

万卷书万里路发表于 2015-11-19 10:32
老师你好，请问别让他用虚拟内存是什么意思，要怎么做

我一般会把虚拟内存关了。不关的话，保证分给Gaussian的内存量不超过物理内存的剩余量就差不多（不过这样做有时也会给踢到虚拟内存里，注意观察）

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2015-11-19 14:59

sobereva 发表于 2015-11-19 11:52
%mem=1.5GB
%nproc=4

好的，谢sob老师

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