计算化学公社

标题: 利用Gromacs计算轨迹中DNA的α到χ torsion后怎么做出文献中的图 [打印本页]

作者
Author: HZW 时间: 2021-2-22 16:59
标题: 利用Gromacs计算轨迹中DNA的α到χ torsion后怎么做出文献中的图
文献中的图片如下，能直接用origin做出下面的图吗?

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作者
Author: chengyuseu 时间: 2021-4-3 17:46
老师好，请问您的dna模型是用什么软件搭建的呢？我用的DS搭建的，发现gromacs不能识别

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-4 04:42

chengyuseu 发表于 2021-4-3 17:46
老师好，请问您的dna模型是用什么软件搭建的呢？我用的DS搭建的，发现gromacs不能识别

核酸构建工具：
AmberTools的NAB、nucgen
Gabedit
HyperChem
Avogadro中的build-Insert-DNA/RNA
http://web.x3dna.org/（选rebuilding - combination of ...）
输入序列和参数生成DNA三维结构：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp

应确保残基里原子名和IUPAC标准定义一样

作者
Author: chengyuseu 时间: 2021-4-5 23:55

sobereva 发表于 2021-4-4 04:42
核酸构建工具：
AmberTools的NAB、nucgen
Gabedit

好的，谢谢老师

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