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标题: 求助：GV保存的pdb文件在Amber运行时报错 [打印本页]

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Author: xiaobchine 时间: 2021-2-22 21:00
标题: 求助：GV保存的pdb文件在Amber运行时报错
求助：GV保存的pdb文件在Amber运行时报错，请问用高斯优化的结构怎么样才能保存一个和xleap生成的格式一样的pdb文件？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-22 21:04
说清楚怎么运行的

作者
Author: xiaobchine 时间: 2021-2-22 21:18
老师您好，我是先这样运行的：
1.把gaussian运行的结果保存成PDB，然后上传集群。
2.使用antechamber为各原子分配电荷。
3.使用parmchk2生成缺失的力场参数。
4.packmol生成溶剂化的Pdb文件。
5.创建leap.in 并运行tleap -f leap.in 他就报错了，报错语句为“/share/apps/amber18-plumed-2.6.1/amber18/bin/teLeap: Fatal Error!Failed to generate parameters”

作者
Author: xiaobchine 时间: 2021-2-22 21:20
我感觉是GV保存的Pdb格式不对？因为他和xleap生成的Pdb文件格式不太一样

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-2-23 20:42

xiaobchine 发表于 2021-2-22 08:18
老师您好，我是先这样运行的：
1.把gaussian运行的结果保存成PDB，然后上传集群。
2.使用antechamber为各 ...

try saving the file in mol2 instead, sometimes for me saving the gaussian run in mol2 works better

作者
Author: jjm 时间: 2023-10-20 11:08
请问楼主这个问题后来是怎么解决的呢？求告知

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