计算化学公社

标题: 公社群聊Q&A整理：2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20 [打印本页]
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Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-18 15:32
标题: 公社群聊Q&A整理：2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:21 编辑

这几天电脑拿去修了，一导出发现又有好多(⊙﹏⊙)b，形成了一个Gap，慢慢对接。暂时不上传以往全文附件。


相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

本次附件（附件内容与下文一致）：

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

  1.     2015.11.13 16:16:26
  2. Q:
  3.     老师，我还有另外个问题，就是pop=nboread opt之后，为什么*.38和*.39文件大小为0，无法用Multiwfn读取呢？
  4.    
  5. A:
  6.     拿最后结构算个单点看输出的nbo plot文件是否正常
  7.     注意看屏幕提示
  8.    
  9. Q:
  10.     哦，就是结尾空一行，加上$NBO plot file=NLMO $END 么？
  11.     $NBO NLMO plot file=文件名 $END 这样是么？老师
  12.    
  13. A:
  14.     @15137596 y
  15.    
  16.    
  17. ----------------------------------------------------
  18.     2015.11.13 16:17:16
  19. Q:
  20.     态平均计算的能量靠谱还是单纯对某一激发态计算的能量靠谱
  21.     CASSCF计算一个用 权重0,.1, 0.1, 0.1, 0.7  一个用权重0.1,0.1，0.1,0.1,0.6计算， 对应的nroot=3的能量是前面的准确性高还是后面的准确性高？
  22.    
  23. A:
  24.     都不合适。你要算激发态的话，所有态权重弄一样就完了。
  25.    
  26. Q:
  27.     所有权重弄一样？
  28.     权重都一样的画是不是就是对所有态的波函数同时优化？
  29.    
  30. A:
  31.     @杉演杰方 y
  32.    
  33.    
  34. ----------------------------------------------------
  35.     2015.11.13 16:18:39
  36. Q:
  37.     [url=home.php?mod=space&uid=1]@sobereva[/url] 老师，我再次尝试做pop=nboread，但是结果还是*.38和*.39文件大小为0，仍旧不能用，怎么回事呢？命令如下：pbe1pbe/def2tzvp opt pop=nboread，求指点
  38.    
  39. A:
  40.     @15137596 38、39对应的是PNLMO和NLMO，所以$NBO里也写上NLMO让程序做NLMO分析，否则可能不输出。
  41.    
  42.    
  43. ----------------------------------------------------
  44.     2015.11.13 16:25:15
  45. Q:
  46.     请问计算过渡态时候总是出现Error termination request processed by link 9999.
  47.     # opt=(calcfc,ts) freq hf/3-21g iop(5/13=1,2/11=1)关键字用的这个
  48.     为什么呢
  49.    
  50. A:
  51.     [图片]
  52.     群内积极展开对5/13=1的大批判
  53.    
  54. Q:
  55.     强烈建议高斯删掉这个无知的iop
  56.    
  57. A:
  58.     不懂的就别瞎用，就这么简单
  59.    
  60.    
  61. ----------------------------------------------------
  62.     2015.11.13 17:08:59
  63. Q:
  64.     @SET 我觉得也不是太清楚[Emoticon]这两个吸附反应的反应物是不一样的，A反应的吸附质没有H原子，B反应的有H原子，可以跟表面能形成H键。我的意思是B反应能垒高，是否能说是跟它的反应复合物的能量低有关？这么说行吗
  65.    
  66. A:
  67.     @蝶恋花 你还得看过渡态结构的差异
  68.    
  69.    
  70. ----------------------------------------------------
  71.     2015.11.13 17:08:59
  72. Q:
  73.     [图片]老师，为什么我做的数据中H总是不好呢，你看看中间这个明明比下面的强，但是H却小@Sobereva
  74.    
  75. A:
  76.     @天堂鸟 H越负相互作用越强
  77.    
  78.    
  79. ----------------------------------------------------
  80.     2015.11.13 17:22:56
  81. Q:
  82.     @Sobereva 老师，我的问题还是没有解决，
  83.     # pbe1pbe/def2tzvp pop=nboread
  84.    
  85.     1
  86.    
  87.     -4 1
  88.     分子结构
  89.     *.38 和*.39文件大小还是0,/惊恐
  90.    
  91.     $NBO NLMO plot file=1 $END
  92.    
  93. A:
  94.     你看看NLMO分析正常做了没有
  95.    
  96.    
  97. ----------------------------------------------------
  98.     2015.11.13 17:35:22
  99. Q:
  100.     我刚接触高斯，前两天算东西不收敛，查了一下加了iop(5/13=1）然后收敛，结果正确，然后就积极的用，刚看到各位前辈们积极的批判这个关键词，我翻看了历史记录没有找到，好心的前辈们能不能告诉一下我，是不是用这个关键词算出来的东西就不能用呢？
  101.    
  102. A:
  103.     坚决不用！
  104.     谁用谁傻
  105.     LiYuanhe(133063300)  15:07:43
  106.     5/13=1就是，治疗癌症的方案为: 使得PET拍片的时候，如果发现你有癌症，就输出一张其他人的正常结果。然后你拿着正常结果感激涕零的走了。
  107.     一个成语解释它就是：饮鸩止渴
  108.    
  109. Q:
  110.     我知道了，那我就理解为前几天的正确结果是别人骗我开心的
  111.     [伤心][伤心][伤心]
  112.    
  113. A:
  114.     应该是这个
  115.     解决SCF不收敛问题的方法
  116.     http://sobereva.com/61
  117.    
  118.     解决SCF不收敛看此贴
  119.     5/13=1是以讹传讹骗小白的
  120.    
  121. Q:
  122.     谢谢sob老师
  123.     我说这个关键词这么好用，我一加就收敛了
  124.    
  125. A:
  126.     一会儿在61那个博文里加一段话，专门喷5/13=1
  127.    
  128.    
  129. ----------------------------------------------------
  130.     2015.11.13 17:42:11
  131. Q:
  132.     请教[图片]  这是什么芳香性？
  133.    
  134. A:
  135.     sigma电子产生的芳香性。一般说的芳香性，诸如苯的，都是pi芳香性
  136.    
  137.     衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
  138.     http://sobereva.com/176
  139.    
  140.    
  141. ----------------------------------------------------
  142.     2015.11.13 17:44:53
  143. Q:
  144.     我想问一下，群里有谁做过AMBER的MM-PBSA教程么？？？我刚第一步下载pdb文件就显示：The file contained 3862 atoms not in residue templates。然后我运行saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd这一步，总是显示：FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
  145.     FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
  146.     Failed to generate parameters
  147.     Parameter file was not saved.  这个问题怎么破？？？跪谢大神指点
  148.    
  149. A:
  150.     可能leap里没有载入力场库
  151.    
  152. Q:
  153.     啊。。。那要怎么添加呢？？？
  154.    
  155. A:
  156.     教程里应该有，就是source leaprc.ff??  那一句，??对应所用的力场
  157.    
  158. Q:
  159.     /可爱我实在搞不清楚啦
  160.    
  161. A:
  162.     或者leap后面-f接的那个参数
  163.     仔细看教程，仔仔细细地看
  164.    
  165. Q:
  166.     tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  167.     source leaprc.gaff 之后得到：
  168.     $ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  169.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/prep to search path.
  170.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/闪电b to search path.
  171.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/parm to search path.
  172.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/cmd to search path.
  173.     -f: Source oldff/leaprc.ff99SB.
  174.    
  175.     Welcome to LEaP!
  176.     (no leaprc in search path)
  177.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  178.     > source leaprc.gaff
  179.     ----- Source: /public/software/傲慢
  180.     [表情]教程里面没说这个
  181.     额。。。我把我的记录复制过来给老师看看的，我也不种地怎么回事。。。
  182.    
  183. A:
  184.     提示很清楚
  185.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  186.    
  187. Q:
  188.     [图片]
  189.    
  190. A:
  191.     load蛋白pdb之前必须先把力场库加载好，要不然才不认你的蛋白呢
  192.     [图片]
  193.    
  194. Q:
  195.     [表情]
  196.    
  197. A:
  198.     这些都是，source自己合适的
  199.    
  200. Q:
  201.     我想问一下，那我这个命令：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  202.     source leaprc.gaff
  203.     不是已经添加上合适的力场了吗？
  204.    
  205. A:
  206.     提示都写了没找到leaprc.ff99SB啊
  207.     你-f或者source个能找到的就完了
  208.     近来的amber版本力场库文件的名字老变，用户要随机应变
  209.    
  210. Q:
  211.     哦哦，我试试
  212.     就是先source leaprc.gaff找到合适的力场了，再tleap -f 合适的力场对吧？
  213.     /糗大了之前没用过amber，搞不清楚。、。。。
  214.    
  215. A:
  216.     -f是linux命令行启动leap时用的，source是进leap后用的，都是等价的
  217.    
  218.     你得先加载一个蛋白的力场，比如leaprc.ff14SB，然后再加载一个小分子力场leaprc.gaff
  219.    
  220.    
  221. ----------------------------------------------------
  222.     2015.11.13 17:55:29
  223. Q:
  224.     老师，你说的H代表强弱是指的数值的绝对大小，而不是绝对值大小？对么@Sobereva
  225.    
  226. A:
  227.     H越负，作用越强
  228.    
  229. Q:
  230.     老师你说H越负数相互作用越强，是指的其数值越小相互作用更强？比如-0.06比0.06强，而-0.06比-0.03强， 0.03比0.06强？@Sobereva 是这样么老师
  231.     我知道H越负，作用越强越强，但是涉及到正数：0.00015比0.01强对否？@Sobereva
  232.    
  233. A:
  234.     越负的含义已经很明确的，对于正值就是越小
  235.    
  236.    
  237. ----------------------------------------------------
  238.     2015.11.13 18:16:28
  239. Q:
  240.     [图片]
  241.     能用Mulfin画吗
  242.     CDA
  243.    
  244. A:
  245.     能
  246.     Multiwfn!=Mulfin
  247.     使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
  248.     http://sobereva.com/166
  249.    
  250. Q:
  251.     @一杯热茶 我看到几篇文献中有那样的图，但都是概念图，就告诉那些轨道相互作用。我自己也想作这样的图，试过几种方法，但都没凑效，所以最后我也只能根据理论画出概念图。
  252.     @一杯热茶 multiwfn虽说可以作这样的图，但是对于金属配合物，multiwfn作的图不理想。
  253.    
  254. A:
  255.     不是不理想，是没调合适
  256.    
  257. Q:
  258.     @Sobereva 我调过
  259.    
  260. A:
  261.     得仔细挑，包括连线规则、是否显示bar
  262.     CDA算电子转移量并不准，因为d,b项都有电子极化的效应搀和在里面
  263.     但是CDA可以得到电子转移的细节信息
  264.     用origin
  265.    
  266. Q:
  267.     @Sobereva 为了仔细调出自己想要（基于理论）的结果，我话了好几个小时来调这样的图，在您的文章中，有Pt(NH3)2Cl2 ，你可以试试你的这个例子，看看其片段轨道相互作用图。（把该体系分成Pt和(NH3)2Cl2 两个片段）
  268.    
  269. A:
  270.     @sh.w.zhang 轨道能量、片段轨道对复合物轨道的贡献都是能直接输出出来的，直接输出的图不满意就放到origin里手动作图就完了
  271.    
  272. Q:
  273.     @Sobereva 我这样做过。举个例子，[Image]图片中轨道的相互作用图，可以得到红线中标注的轨道作用，但是没有没有得到图片中绿线标注的轨道信息。（我们先不讨论这个问题了，我周末再重新检查一遍，然后再给你反馈。）
  274.    
  275. A:
  276.     这不属于程序或者CDA的问题，是实际分子轨道计算的问题。实际计算时也应能找到图中2eg对应的轨道，也有轨道能，CDA模块也能输出两个片段的轨道产生的贡献，直接在origin里画上去就行了。
  277.     有些这种图过于理想化了，实际计算中会有一些细节问题，诸如Pt的空轨道朝向等。
  278.    
  279.    
  280. ----------------------------------------------------
  281.     2015.11.13 18:32:50
  282. Q:
  283.     老师 可以帮我发一下有关NBO自然电荷分析的链接吗
  284.    
  285. A:
  286.     @高冷的小丸子 群共享 原子电荷计算方法的对比
  287.     以及http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
  288.    
  289.    
  290. ----------------------------------------------------
  291.     2015.11.13 18:33:17
  292. Q:
  293.     一个A原子既有B原子的电子注入，又有对C原子的电子转出，能定量化注入多少，转出多少吗？@Sobereva
  294.    
  295. A:
  296.     @一杯热茶 能
  297.    
  298. Q:
  299.     ！怎么整？
  300.    
  301. A:
  302.     ！看完博文再问
  303.    
  304.    
  305. ----------------------------------------------------
  306.     2015.11.13 19:42:49
  307. Q:
  308.     刚刚从网页下载的chemcraft，就显示过期不能用，怎么办？急！
  309.     想用chemcraft查看NBO轨道
  310.     你的是破解版吗@Elaine
  311.     你传我一个吧
  312.    
  313. A:
  314.     拿Multiwfn看NBO就完了
  315.     使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
  316.     http://sobereva.com/134
  317.    
  318.     以前还发现chemcraft看个别NBO时有bug，轨道图形都不对
  319.    
  320.    
  321.    
  322. ----------------------------------------------------
  323.     2015.11.13 20:03:53
  324. Q:
  325.     请教sob老师，我在用molclus软件进行分子团簇搜索时，搜索了乙醇分子的，结果乙醇分子的羟基的方向发生的转变[图片] 这是怎么回事呀？
  326.    
  327. A:
  328.     优化时自然会旋转
  329.     动力学过程中也会旋转
  330.    
  331. Q:
  332.     可以旋转了之后就不再是原来的分子了吧
  333.     可是旋转了之后就不再是原来的分子了吧，这样就改变了分子的构型了吧
  334.     分子之间形成团簇是不会产生分子内部的构型发生变化吧
  335.    
  336. A:
  337.     分明是构象变化，怎么是构型变化？不是乙醇还是什么？
  338.    
  339. Q:
  340.     本来乙醇的构型是这样的 [图片]，但是通过分子动力学模拟以后，形成的团簇构型里面的乙醇是这样的[图片]， 各位老师帮我看看，这样的变化正常吗？
  341.    
  342. A:
  343.     当然正常啊啊啊
  344.    
  345. Q:
  346.     再请教一下sob老师，我通过gaussian自己摆的构型进行opt之后，分子团簇中的乙醇分子还是这样的[图片]，没有发生羟基的转向。 同时，我也手动摆了很多的构型，结果都没有发生乙醇中羟基的转向，变的只是分子间的距离和作用的位置，对于放入的分子的构型基本上是没有变化  那么通过molclus软件进行分子团簇构型搜索，得到的团簇中的乙醇分子都发生了转向，这是怎么回
  347.     事？  是不是说明，分子形成团簇时，是会改变分子内部的结构的吗？
  348.    
  349. A:
  350.     乙醇又不是刚性的，和其它分子相互作用转向调整太正常了
  351.    
  352. Q:
  353.     那为什么我通过手动放的构型，进行opt为什么都没有产生这种现象，是因为进行opt的级别不够吗？ 还是  ？
  354.    
  355. A:
  356.     优化恰好陷入了极小点，或者你手动摆的时候恰好没摆成那个极小点附近的结构
  357.     手动摆考虑不全面，正是构象搜索的优势
  358.    
  359. Q:
  360.     那如果分子形成团簇的时候产生的分子内部的变化，这说明什么？
  361.    
  362. A:
  363.     变就变啊
  364.     不必大惊小怪
  365.     优化是自发往能量更低的极小点优化的
  366.     从原理上考虑
  367.    
  368.    
  369. ----------------------------------------------------
  370.     2015.11.13 20:18:08
  371. Q:
  372.     是不是除了经典的MD之外  别的MD都可以叫做abMD或者FPMD啊？
  373.    
  374. A:
  375.     经典这个词有不同含义，有时候指纯粹BOMD的AIMD（不考虑核的零点振动），有时候指基于经典力场的MD
  376.    
  377.    
  378. ----------------------------------------------------
  379.     2015.11.13 20:32:55
  380. Q:
  381.     我仍旧没有办法得到NLMO的信息Sob老师
  382.    
  383. A:
  384.     到底程序做了NLMO分析没有？
  385.    
  386. Q:
  387.     仍旧是没有，plot文件为0
  388.    
  389. A:
  390.     怎么没做？有什么提示？
  391.    
  392. Q:
  393.     不知道为什么程序不肯给我做NLMO分析
  394.     正常结束，没有提示啊
  395.    
  396. A:
  397.     仔细看
  398.    
  399.    
  400. ----------------------------------------------------
  401.     2015.11.13 22:33:58
  402. A:
  403.     看你要算什么
  404.    
  405. Q:
  406.     小的想请教一下老师，双自由基是否只能td计算呢？
  407.    
  408. A:
  409.     算双自由基什么性质？
  410.     跟TD根本无关
  411.     对称破缺DFT就行了，见
  412.     谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
  413.     http://sobereva.com/82
  414.    
  415. Q:
  416.     看文献是写的用TDDFT，有的是DFT/ub3lyp,有的直接0，3。然而自己并不清楚，就好混乱，在此特别感谢Sob老师指点/抱拳/抱拳/抱拳
  417.    
  418. A:
  419.     [Image]
  420.    
  421. ----------------------------------------------------
  422.     2015.11.13 23:08:08
  423. Q:
  424.     请教一下
  425.     比如对水分子来说，用6-31g(d,p)或6-31g**
  426.     [图片]
  427.     这里面对氧加了的d极化函数和对H的p极化函数导致最终的初始波函数是什么样的？
  428.    
  429.     是要对氧添加的d的氢添加的p同样做31g分裂价基处理么？
  430.    
  431. A:
  432.     描述不确切
  433.     应该说给所有原子增加一层极化函数
  434.    
  435.     初始波函数描述不确切。而且波函数是什么样和这个无关，这是基函数，组合系数才决定波函数。
  436.     极化函数都是非收缩的
  437.     分裂价只是对原有的价轨道而言
  438.     幻灯片都没有正确理解6-31G**所谓的轻原子的含义。
  439.     后面那个*是对于轻原子而言的，轻原子是指H和He，而不是仅仅氢原子
  440.    
  441. Q:
  442.     确是说的有些混乱，那这个增加的d或者p怎么加到6-31g后面的？还是用的高斯型函数表示的么？
  443.    
  444. A:
  445.     是
  446.     [图片]
  447.    
  448. Q:
  449.     d轨道的具体表示是什么样的？有相关资料么？
  450.    
  451. A:
  452.     [图片]
  453.     [图片]
  454.     网上乱七八糟的中文资料真是没法看
  455.    
  456. Q:
  457.     是的，谁和谁讲的都不太一样，我就想找个权威点的看看，多谢，我先看看您的图片
  458.    
  459. A:
  460.     想更多了解基组，别看网上乱七八糟的特别是中文的，把群共享里 基组入门资料小合集 看了就够了，那里面都是我挑出来的绝对没问题的
  461.    
  462. Q:
  463.     [表情]
  464.     这个6,3,1怎么来的，有没有神马说法
  465.    
  466. A:
  467.     基函数的收缩度。看了群共享里那些资料自然就明白了
  468.     [图片]
  469.    
  470.    
  471. ----------------------------------------------------
  472.     2015.11.13 23:36:28
  473. Q:
  474.     @Sobereva
  475.     我想算磁场下结构优化 和分子动力学
  476.    
  477. A:
  478.     London程序可以做（动力学不支持），但是你得找helgaker他们要
  479.     达到你最终目的希望渺茫
  480.    
  481.    
  482. ----------------------------------------------------
  483.     2015.11.14 00:00:23
  484. Q:
  485.     添加d极化的话，由于分裂价基只是对原有的价轨道而言，这个增加的d轨道不是原有的价轨道，而且由于d轨道有5个简并的轨道，因此实际是在6-31g的基础上又加了5个高斯型函数，这五个高斯型函数是由6个笛卡尔型的高斯函数的线性组合形式给出的，是这样么
  486.    
  487. A:
  488.     @果蝇 是。
  489.     但是高斯中直接用6-31G**的话，会默认用笛卡尔型基函数，所以增加了6个d基函数，或者说增加了一层d基函数。
  490.    
  491. Q:
  492.     那对氢或氦添加了极化，结果只增加了3个p基函数
  493.    
  494. A:
  495.     y
  496.    
  497.    
  498. ----------------------------------------------------
  499.     2015.11.14 00:12:58
  500. Q:
  501.     计算化学公社有APP吗
  502.    
  503. A:
  504.     无
  505.    
  506. Q:
  507.     以后会有吗
  508.    
  509. A:
  510.     不会
  511.    
  512.    
  513. ----------------------------------------------------
  514.     2015.11.14 16:57:33
  515. Q:
  516.     @Sobereva [图片]老师，这个计算polar的错误该怎么办呢
  517.    
  518. A:
  519.     @乖娃娃恶意卖萌 讲义上都印着啊，就是单点能计算那部分
  520.    
  521.    
  522. ----------------------------------------------------
  523.     2015.11.14 17:03:14
  524. Q:
  525.     我记得您上次贴出了一个不同溶剂的介电常数，抱歉的是我没保存，可以麻烦您在贴一次吗？
  526.    
  527. A:
  528.     @风飞 查CRC handbook，那里很全，群共享里也有个表
  529.    
  530.    
  531. ----------------------------------------------------
  532.     2015.11.14 17:03:14
  533. Q:
  534.     [图片][图片]各位老师，我算完TD-DFT，想用这个chk文件继续算一下NTO，但是提示不可算，又正常结束了，想请教一下错误在哪，万分感谢，我比较菜，纠结好久了
  535.    
  536. A:
  537.     @随风 那个不是错误提示
  538.    
  539.    
  540. ----------------------------------------------------
  541.     2015.11.14 17:03:14
  542. Q:
  543.     请教一下NBO分析中，
  544.     18D+1
  545.     18D-1
  546.     18D+2
  547.     18D-2
  548.     18D 0
  549.     和NBO的形状dxy，dx2-y2，dxz，dyz，dz2有固定的对应关系吗
  550.    
  551. A:
  552.     @haha 球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
  553.     http://sobereva.com/97
  554.    
  555.    
  556. ----------------------------------------------------
  557.     2015.11.14 17:13:44
  558. Q:
  559.     [图片]
  560.     算到这就不算了
  561.    
  562. A:
  563.     单个原子你优化个啥？
  564.    
  565.    
  566. ----------------------------------------------------
  567.     2015.11.14 17:14:37
  568. Q:
  569.     [图片]
  570.    
  571. A:
  572.     这就是缺乏最基础理论知识的后果
  573.     关于5/13=1，昨天在此文最后增加了一个大批判
  574.    
  575.     解决SCF不收敛问题的方法
  576.     http://sobereva.com/61
  577.    
  578.    
  579. ----------------------------------------------------
  580.     2015.11.14 19:20:19
  581. Q:
  582.     老师您好 怎么用gaussview在chk文件中查看分子的尺寸，长宽高？谢谢老师
  583.    
  584. A:
  585.     谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
  586.     http://sobereva.com/190
  587.    
  588.    
  589. ----------------------------------------------------
  590.     2015.11.14 19:21:25
  591. Q:
  592.     @Sobereva [图片]老师，这个酸爽怎么处理呢？
  593.     @Sobereva 可以用opt=calcall来解决吗
  594.    
  595. A:
  596.     可以一试
  597.    
  598.    
  599. ----------------------------------------------------
  600.     2015.11.14 19:57:33
  601. Q:
  602.     老师：您好！关于nmr的计算，要想与实验值更加的接近，我们需要算TMS的数据，也就是要单独算四甲基硅烷的核磁数据，然后用我们化合物的核磁数据减去四甲基硅烷的核磁数据（化学位移），是吗？如果有溶剂，是否还需要在计算四甲基硅烷时也要加上溶剂化效应？
  603.    
  604. A:
  605.     是
  606.     需
  607.    
  608.    
  609. ----------------------------------------------------
  610.     2015.11.14 20:28:12
  611. Q:
  612.     问一下大家，走IRC的时候总是出现这样[图片]怎么可以解决呢
  613.    
  614. A:
  615.     IRC里写LQA
  616.    
  617.    
  618. ----------------------------------------------------
  619.     2015.11.14 21:40:54
  620. Q:
  621.     @Sobereva 看您的帖子《DFT-D色散校正的使用》中说由于DFT-D也改进了中程相关作用的描述，因此对热力学性质的计算精度也有改进。Sob老师能解释下吗，中程相关与热力学计算的关系
  622.    
  623. A:
  624.     比如计算过渡态，会有被拉长的键，这就涉及到DFT-D能矫正的范围了
  625.    
  626. Q:
  627.     哦，是指的这类情况，明白了。还有传统泛函对于弱相互作用不对，主要指的是交换相关势中的相关势吗？还是交换势和相关势都不对？
  628.    
  629. A:
  630.     确切来说是传统泛函大多对于色散作用没法描述，或者描述很差
  631.     相关势不对所致
  632.    
  633. Q:
  634.     哦，但长程校正（LC）校正的是交换势吧？我看有文献说因为传统泛函交换势长程衰减太慢（按r的-1次幂衰减，而相关势按r的-4次幂衰减），不知这说的是否正确。如果正确，那说明交换势在长程也不对，那这不影响对色散的描述吗？
  635.    
  636. A:
  637.     @蝶恋花 不一码事。
  638.     色散作用来自于库仑相关，靠相关泛函描述
  639.     所以交换势精确的HF也完全没法描述色散
  640.    
  641.    
  642. ----------------------------------------------------
  643.     2015.11.14 21:53:00
  644. Q:
  645.     请教一下：如果体系在真空中进行MD，需不需要进行加离子中和电荷？
  646.    
  647. A:
  648.     注意真空中的带电状态。
  649.     那些水溶液下带电残基到了真空中是不会电离或质子化的
  650.    
  651.    
  652. ----------------------------------------------------
  653.     2015.11.14 22:12:10
  654. Q:
  655.     最遗憾的事就是学量化基础课的时候老师没讲DFT理论，我们老师说DFT本质上是一种半经验方法（交换相关势是拟合得到的），可能有点偏见。倒是详细讲了后HF理论。但在实际研究中发现DFT是用的最多的，完全垄断了几十到几百个原子体系的计算，而至今一个后HF方法我还没用过！
  656.     不是，国内，其实上学时，我们量化老师教的也很好，是位老先生。但没讲DFT实在是遗憾
  657.    
  658. A:
  659.     学校开的量化课大多都学不到对于实际研究真正有用的东西
  660.     太正常了
  661.    
  662. Q:
  663.     [表情]这个结论可以几乎推广到任何课
  664.    
  665. A:
  666.     稍微新一点的后HF重要进展，诸如SCS-MP2，绝对没讲
  667.     不身居一线、不多接触主流形势，很难讲出对当下实际研究有用的东西来
  668.    
  669.    
  670. ----------------------------------------------------
  671.     2015.11.14 22:57:05
  672. Q:
  673.     老师，请问做ＲＤＧ弱相互作用填色图时，怎么样设置可以“将是否ρ(r)小于0.005作为相互作用是否属于范德华作用的评判标准”@Sobereva
  674.    
  675. A:
  676.     不明白你的意思
  677.     不是设置的事
  678.    
  679. Q:
  680.     ”从散点图上看，范德华作用的spike尖端的ρ(r)不会达到这么大，在原文中作者建议将是否ρ(r)小于0.005作为相互作用是否属于范德华作用的评判标准。另外O-H----Cl这样的构成也符合形成氢键的条件。这种情况实际上理应显示成淡蓝色，但由于色彩刻度上下限的设定有一定随意性，导致同一个色彩刻度范围未必对每个体系都很合适。“
  681.     您的原文
  682.    
  683. A:
  684.     一看spike位置不就知道了
  685.    
  686. Q:
  687.     做出来的图能喝ｓｐｉｋｅ对上，这样比较好一点吧
  688.     可以让填色图的绿色变成蓝色吗？强迫症星人[表情]
  689.    
  690. A:
  691.     小体系往往凭颜色就知道什么位置等值面对应哪个spike
  692.     判断不出来看这个
  693.     用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
  694.     http://sobereva.com/291
  695.     自己调色彩刻度设定
  696.    
  697.    
  698. ----------------------------------------------------
  699.     2015.11.15 00:12:34
  700. Q:
  701.     sob群里有没有nbo linux的版本
  702.    
  703. A:
  704.     论坛有
  705.     花钱买
  706.    
  707.    
  708. ----------------------------------------------------
  709.     2015.11.15 20:04:58
  710. Q:
  711.     %chk=copy4.chk
  712.     %nprocshared=4
  713.     %mem=2000MB
  714.     # B3LYP/Chkbas Genchk pop=(NTO,saveNTO) Density=(check,Transition=1) Geom=allCheck Guess=(Read,only)
  715.    
  716.     ****
  717.    
  718.     2 1
  719.     各位老师，我想算NTO，但是一直不对，您看看这个gjf文件对么？谢谢谢谢
  720.     读取上一步TD-DFT算出来的chk文件
  721.     [图片]把下面的打勾，再打开log文件就能看到了
  722.    
  723. A:
  724.     @随风 别弄那么多乱七八糟的check，老老实实算一遍
  725.    
  726.    
  727. ----------------------------------------------------
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