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标题: QM MM以及QMMM MD模拟酶催化反应过程的几点疑问 [打印本页]

作者
Author: nianbin 时间: 2021-2-25 00:30
标题: QM MM以及QMMM MD模拟酶催化反应过程的几点疑问
1.关于QMMM目前主流的做法有amber+Gaussian或者是使用cluster模型截取其中关键部分做DFT，请问两者之间的优劣对比如何，哪种精度更好
2.如果选择使用cluster 模型，应该如何实现QMMMMD的模拟，是使用cp2k这样的软件直接做AIMD么？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-25 02:38
QM/MM并不仅是amber+Gaussian，NAMD，Charmm也可以结合比如Q-Chem之类的做，Orca，Q-Chem，NWChem之类的也支持直接的QM/MM，Gaussian也支持用ONIOM方式做类似QM/MM。

扣团簇是另一种方式，把背景按背景电荷考虑并做相应固定，对于涉及较大区域原子运动的过程不太合适。精度不好说，无论是团簇方法还是QM/MM方法，同样是涉及边界处理，QM区域选取，力场选择和QM区域的方法选择。

cp2k本身就可以实现QM/MM，而且还有通过缓冲区动态处理QM边界的功能，但还没见过这方面文章。原理上似乎也是可以的。

簇模型是簇模型，QM/MMMD是QM/MMMD，两者思想不同，选择簇模型就不会是QM/MMMD。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2021-2-25 11:49
个人理解哈，如果第一点的QM/MM 计算是指用ONIOM方法做量化计算等等话，和Cluster模型才有可比性，ONIOM方法缺点就是边界的阶段处理，要用合适的原子类型，而Cluster就和一般的量化计算输入文件一样，提供两篇文献，我觉得还可以

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-25 13:01
1 只要cluster构建得当，对于静态方式研究酶催化反应就很合理，没必要用QM/MM，刻意用QM/MM只会自找麻烦。
2 cluster模型意味着用QM来研究一个簇，都没有MM了，哪可能做QM/MM MD
想做QM/MM MD那就必然不是cluster模型，一大把程序都能做QM/MM MD，诸如Amber（通常结合Gaussian，或者用自带的SQM在半经验层面做）、NAMD（结合ORCA很适合）、ORCA、CP2K等。

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