计算化学公社

标题: 请问跑NAMD为什么会中断？ [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-2-26 15:02
标题: 请问跑NAMD为什么会中断？
本帖最后由退休老干部于 2021-2-26 15:29 编辑

最近在用NAMD跑RAMD，跑完查看log文件发现最后几行出现 (, 下载次数 Times of downloads: 33) ，请问一下各位大佬，这是为什么啊？是不是我参数设置的有问题？我的配置文件和输出文件如下

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-2-26 15:07
图片好像没有了，这是log文件的最后几行：
WRITING EXTENDED SYSTEM TO RESTART FILE AT STEP 800
WRITING COORDINATES TO DCD FILE dhaawt_DCL.cdcd AT STEP 800
WRITING COORDINATES TO RESTART FILE AT STEP 800
FINISHED WRITING RESTART COORDINATES
The last position output (seq=800) takes 0.002 seconds, 663.090 MB of memory in use
WRITING VELOCITIES TO RESTART FILE AT STEP 800
FINISHED WRITING RESTART VELOCITIES

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-26 15:07
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-2-26 15:18

sobereva 发表于 2021-2-26 15:07
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特 ...

好的，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-2-26 15:50
跑多个replica的话需要把生成的每个log都看一遍，错误信息不一定在哪个log里面

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-2-26 16:12

fhh2626 发表于 2021-2-26 15:50
跑多个replica的话需要把生成的每个log都看一遍，错误信息不一定在哪个log里面

我跑的是RAMD,就生成一个log啊

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