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标题: chem3D中用MMFF94预优化bodipy型分子提示参数设置错误 [打印本页]

作者
Author: Altair 时间: 2021-2-27 08:46
标题: chem3D中用MMFF94预优化bodipy型分子提示参数设置错误
各位老师好。我想在chem3D中优化一个bodipy型分子，如图：
(, 下载次数 Times of downloads: 89)
主要有两个问题想问各位老师：
1.如何在chem3D中进行预优化？
在论坛里看到不少帖子，都提到在使用gaussian等软件几何优化之前，可以先通过chem3D中的MMFF94进行预优化。经过自己的一番摸索后，现在是用这样的步骤：
（1）calculations —— MMFF94 —— Perform MMFF94 minimization —— 依次在preferences, electrostatic calculations, van der waals calculations 下点击run
（2）上一步完成后，MMFF94 —— MMFF94 molecule dynamics —— 使用默认参数， run
想问各位老师，上述步骤是否正确？如果不正确，能否提示一下正确的方法？

2.对于bodipy型分子，使用1中步骤后，chem3D提示parameter setting failed
请问各位老师这是什么原因呢？应当如何解决？
我个人猜测这可能是因为分子中B和N间的配位键导致的，但如果是的话，应当怎么使预优化进行下去呢？

提前谢谢各位老师耐心查看和解答。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-27 09:10
这种内盐估计没有合适的力场参数，所以不能用力场预优化

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-27 14:19
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，此帖说了http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，给你去掉了。

绝对不要盲目用MMFF94预优化，否则只会自取其辱，很多情况都是定性错误的（诸如碗烯能优化成平面的，涉及到一些典型有机体系中不常见的基团也可靠性很差），甚至还不如一开始自己搭的结构合理，对于很多情况根本都没参数。这么点体系预优化明显不如用Gaussian自带的PM7，也不怎么花时间。

做MMFF94的分子动力学更是完全莫名其妙。考虑了热运动只会令得到的结构偏离平衡结构更远。

不懂基本原理就绝对不要瞎算，否则99%的几率是完全徒劳。

我不知道你是在什么论坛看到的什么帖子。如果是本论坛里看到的，那么帖子里用MMFF94优化一定是有合适的前提的。如果是其它论坛的，根本别轻易信。

作者
Author: Altair 时间: 2021-2-27 14:25
非常感谢“喵星大佬”老师的提示，我去看看内盐相关的内容

谢谢sob老师的提醒，标题方面我以后一定会注意的

谢谢sob老师的耐心解答！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-2-27 14:33

Altair 发表于 2021-2-27 14:25
非常感谢“喵星大佬”老师的提示，我去看看内盐相关的内容

谢谢sob老师的提醒，标题方面我以后一定会注 ...

这个不是内盐的问题，诸如氨基酸那样的也是内盐，但是可以算。这里主要还是在于这种特定的硼原子没有力场参数。当然这样的硼原子没有力场参数也和它是内盐，所以不常见有关系，只是澄清一下不是所有的内盐都没有参数，内盐也不是决定是否有力场参数的重点

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-27 15:42

wzkchem5 发表于 2021-2-27 14:33
这个不是内盐的问题，诸如氨基酸那样的也是内盐，但是可以算。这里主要还是在于这种特定的硼原子没有力场 ...

确实，我就是想说这种B没有参数

作者
Author: Altair 时间: 2021-2-27 15:59

wzkchem5 发表于 2021-2-27 14:33
这个不是内盐的问题，诸如氨基酸那样的也是内盐，但是可以算。这里主要还是在于这种特定的硼原子没有力场 ...

明白了，非常感谢！看的过程中正好有这样的疑惑，谢谢老师的耐心解答！

作者
Author: anlancx 时间: 2021-4-2 16:01

sobereva 发表于 2021-2-27 14:19
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，此帖说了http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，给你去掉了 ...

老师，高斯自带的PM7怎么使用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-2 17:21

anlancx 发表于 2021-4-2 16:01
老师，高斯自带的PM7怎么使用呢？

直接写PM7

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