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标题: gamess SCF计算出错 [打印本页]

作者
Author: po390 时间: 2015-11-18 23:33
标题: gamess SCF计算出错
大家好，作为一名gamess的新手，最近我用gamess计算分子的电荷分布的时候，总有错误提示 ***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Wed Nov 18 04:52:46 2015

具体的错误提示是这样的：
      ----------------------------
      SOLUTE ELECTROSTATIC MOMENTS
      ----------------------------

POINT 1          X          Y          Z (BOHR) CHARGE
            -0.083847 -0.084867 0.040469       2.00 (A.U.)
      DX       DY       DZ       /D/  (DEBYE)
-52.568542 53.461683  -16.758657 76.827442

      ----------------------------
      SYSTEM ELECTROSTATIC MOMENTS
      ----------------------------

POINT 1          X          Y          Z (BOHR) CHARGE
            -0.083847 -0.084867 0.040469       2.00 (A.U.)
      DX       DY       DZ       /D/  (DEBYE)
-52.568542 53.461683  -16.758657 76.827442
INCLUDING PCM SURFACE CHARGES, TOTAL CHARGE= 0.008626, AND TOTAL DIPOLE IS
      DX       DY       DZ       /D/  (DEBYE)
-18.971001  -11.341189 -7.003008 23.185417
...... END OF PROPERTY EVALUATION ......
CPU    0: STEP CPU TIME= 154.24 TOTAL CPU TIME= 17253.7 (  287.6 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 137144.4 SECONDS, CPU UTILIZATION IS  12.58%

         ***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED
   UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Wed Nov 18 04:52:46 2015
         139531535  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU    0: STEP CPU TIME=    0.01 TOTAL CPU TIME= 17253.7 (  287.6 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 137144.5 SECONDS, CPU UTILIZATION IS  12.58%
DDI Process 0: error code 911
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
DDI Process 2: terminated upon request.
DDI Process 4: terminated upon request.
DDI Process 6: terminated upon request.
DDI Process 7: terminated upon request.
DDI Process 11: terminated upon request.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
unset echo

INP文件的设置：
! C142H288N58O28 | Equilibrium Geometry | RHF/6-31G(d)
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 $END
$SYSTEM MEMORY=524477163 $END
$PCM SOLVNT=WATER $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE ICHARG=2 MULT=1 $END

我的问题是，如何解决SCF计算的这个错误？我看了网络上的方案，说有可能是分子的初始结构有问题，我是用chemdraw画的分子，然后用chem3D做的pdb文件与mol2文件，如果需要优化分子的初始结构，gamess可以做到吗？
感谢各位啦！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-18 23:47
应当先在Chem3D里用MMFF94预优化一下，看看结构基本合理了，再放到GAMESS-US里优化。如果一开始的结构就明显不合理，容易不收敛。

如果初始结构是合理的，可以适当用一些关键词试图解决不收敛，比如MAXIT增大收敛圈数上限（GAMESS默认的往往太小），使用DIIS、关掉incremental fock等等。

但是我建议还是先用高斯跑到结构收敛再说，高斯的SCF收敛比GAMESS好得多，而且计算速度也快很多。然后如果有什么特殊原因必须要用GAMESS来算，你再用高斯优化完的结构用GAMESS跑个单点就完了。如果单点都不收敛，你可以把高斯的fch文件载入Multiwfn，用主功能100的选项2来产生带着初猜信息（$VEC字段）的GAMESS输入文件，这时候你用GAMESS算立刻就能收敛。

另外，也可以考虑orca来优化，效率也比GAMESS高还免费。

作者
Author: po390 时间: 2015-11-19 08:36

sobereva 发表于 2015-11-18 23:47
应当先在Chem3D里用MMFF94预优化一下，看看结构基本合理了，再放到GAMESS-US里优化。如果一开始的结构就明 ...

感谢sob的即时回复，我按照提供的方法，再用chem3d的mmf94优化了下，改了些参数，再次递交了任务。

至于用高斯优化的话，课题组主要做动力学模拟的，没人买高斯软件，不敢用啊。但十分感谢提供的orca软件信息，我试试看服务器上能否安装。

但我还有个小问题，因为我主要是做分子动力学模拟，我优化出来的分子需要用在NAMD中做动力学模拟，会采用charmm力场。如果我用mmff94力场做的优化，或者其他软件做的优化，得到的电荷分布，是否会影响分子在charmm力场中的使用？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-19 10:58

po390 发表于 2015-11-19 08:36
感谢sob的即时回复，我按照提供的方法，再用chem3d的mmf94优化了下，改了些参数，再次递交了任务。

至 ...

你研究过程中用高斯来辅助计算没人管你，发文章时候别提就行了。
一般的计算任务，没买高斯时免费的orca是最好的替代品

没影响。

作者
Author: po390 时间: 2015-11-19 16:56

sobereva 发表于 2015-11-19 10:58
你研究过程中用高斯来辅助计算没人管你，发文章时候别提就行了。
一般的计算任务，没买高斯时免费的orca ...

太感谢sob大神的帮助啦！

目前计算的过程比之前顺利多了！

如果还有问题，我会试着用高斯和orca看看！

再次感谢！

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