计算化学公社

标题: 求助：plumed-gmx执行BEMD时报错Triclinic box is too skewed [打印本页]

作者
Author: zinc 时间: 2021-2-27 15:44
标题: 求助：plumed-gmx执行BEMD时报错Triclinic box is too skewed
准备好预平衡的后的tpr文件和plumed.dat文件，执行mpirun -np 12 gmx_mpi mdrun -s md.tpr -plumed plumed.dat -multidir 0 1 2 3 4 5 -replex 10000 -gpu_id 01 -ntomp 2之后报错。原本使用的是截角八面体盒子，后换成正方体盒子，但都报这个错。
Warning: Triclinic box is too skewed.
      Box (3x3):
         Box[ 0]={-1.06538e+01,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
         Box[ 1]={-0.00000e+00, -1.06538e+01, -0.00000e+00}
         Box[ 2]={-0.00000e+00, -0.00000e+00, -1.06538e+01}
      Can not fix pbc.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)