计算化学公社

标题: 二氧化硅与水、钠离子的弱相互作用优化收敛问题 [打印本页]

作者
Author: zzzco 时间: 2021-2-28 12:29
标题: 二氧化硅与水、钠离子的弱相互作用优化收敛问题
各位老师们好，初学gaussian，关于二氧化硅与水、钠离子的弱相互作用优化收敛问题想请假一下。我用了二氧化硅团簇、一个钠离子、一个水分子（MS导入为mol文件），总共55各原子。在gaussian上设置相关参数后，用的40核192G内存的机子进行构型优化和频率计算，想得到二氧化硅与水分子和钠离子之间的相互作用。但是跑了两天多，还是没计算完成（没有报错，但一直在运行）。然后我根据sob老师的解决几何优化不收敛的文章对关键词进行了修改，opt=loose也试过了，也是运算很久，个人想法是构型出现了问题，但不知道哪里有错，望老师们能指导。如果有什么表述不清楚的，我会继续修改问题，谢谢！！！

作者
Author: zzzco 时间: 2021-2-28 12:41
在fargement中 charge=1，选择基组下charge=1也改过，计算速度也是很久（2天以上）

作者
Author: Freeman 时间: 2021-2-28 13:36
本帖最后由 Freeman 于 2021-2-28 13:49 编辑

输入文件太糟糕了。
%nprocshared=40 // 改成%nproc=16：nproc是缩写，方便些；一般用不了40核，16核足矣
%mem=192GB // 删去，肯定用不了那么多内存，而且有时内存设得太大反而会拖慢速度
%chk=1Na.chk // 没问题
#p opt=loose // 改成# opt
freq=(roa,vcd) // 改成freq，后面的关键词都多余
b3lyp/6-311+g(d,p) // 改成pm6或pm7，毕竟体系那么大，最好先用便宜的半经验优化一下，后面再用b3lyp/def2svp（或其带弥散函数的版本）优化
guess=save // 删去，多余
geom=connectivity // 最好连着输入文件末的一长串键连关系一块儿删去，因为没用，还扰乱视线
polar // 删去，这个关键词是用来求极化率的，不是你的目的
empiricaldispersion=gd3bj // 可以简写为em=gd3bj
counterpoise=3 // 用基组重叠校正优化时没有解析导数，非常慢，恐怕就是该任务跑得慢的主要原因。删去，之后算单电能时再加上。
以上给半经验方法加色散校正的写法可能有小问题，因为我印象中g09和g16的相关写法是不一样的。如果有问题，可以把色散校正的bj去掉，或者把半经验方法和色散校正合写为PM6D3。
写输入文件时一定要清楚每个关键词的意思，不要套用前人的模板。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-28 14:14

zzzco 发表于 2021-2-28 12:41
在fargement中 charge=1，选择基组下charge=1也改过，计算速度也是很久（2天以上）

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

甭写乱七八糟的东西，不懂含义的关键词绝对别写，否则只会自取其辱。你现在的计算完全是胡算瞎算
当前任务只需要写
B3LYP/6-311G** opt freq em=GD3BJ，其它全都多余
而且当前明显应当净电荷是1，自旋多重度为1，而非0 2。
当前的模型搭得也非常差，二氧化硅和Na+、水的接触怎么能就那么小一块，明显造成了严重人为虚假的边界效应。而且这二氧化硅团簇也根本都没实际体现出二氧化硅晶体实际表面结构。
好好看此文了解簇模型该怎么用
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

PS：建议你看看此文，免得踏上歪门邪道
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-28 14:50
楼上说得很好了，我再补充一点。你为什么是无电荷 doublet，不应该是 +1 电荷 singlet 吗？doublet 的话就不得不用 ub3lyp，比 rb3lyp 又慢一大截

作者
Author: zzzco 时间: 2021-2-28 17:23

sobereva 发表于 2021-2-28 14:14
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

按照freeman老师和sob老师的修改建议，我已改正，并且收敛了。非常感谢老师们。sob老师让看的文章我之前都有看过，是学习不到位，我会继续努力。临近毕业，我需要用gaussian算很少的一部分数据，很多操作上确实不熟练，见笑了。还有，sob老师，我报了您这届的班，但要写论文，所以去不了，我想单独请教我体系的问题，不知私聊您可好？

作者
Author: zzzco 时间: 2021-2-28 19:20

北大-陶豫发表于 2021-2-28 14:50
楼上说得很好了，我再补充一点。你为什么是无电荷 doublet，不应该是 +1 电荷 singlet 吗？doublet 的话就 ...

您好，是这样的，我弄了两个文件，一个是有电荷，一个是无电荷。我是看了sob老师的文章才知道怎么加电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-28 20:11

zzzco 发表于 2021-2-28 19:20
您好，是这样的，我弄了两个文件，一个是有电荷，一个是无电荷。我是看了sob老师的文章才知道怎么加电荷

你都说是钠离子了，显然整体应当带一个正电荷

作者
Author: zzzco 时间: 2021-3-1 14:37

sobereva 发表于 2021-2-28 20:11
你都说是钠离子了，显然整体应当带一个正电荷

好的，sob老师，昨天的收敛结果我看错了，是电脑出bug了，看了fchk文件后，还没计算成功，而且计算freq本身也比较耗时，白高兴了。。。另外请教一下sob老师，这个体系计算大概需要多久，假设构型没出错，也按照老师给的关键词写输入文件（如果我能早点知道不收敛就可以早点改，像之前算了两三天等不来）

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-3-1 14:51

zzzco 发表于 2021-3-1 14:37
好的，sob老师，昨天的收敛结果我看错了，是电脑出bug了，看了fchk文件后，还没计算成功，而且计算freq本 ...

不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq，你应该先预优化一下，比如先 opt pm6，然后 opt B3LYP/3-21G，逐步加大基组，这样可以节约大量时间。

作者
Author: zzzco 时间: 2021-3-1 15:28

北大-陶豫发表于 2021-3-1 14:51
不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq，你应该先预优化一下，比如先 opt pm6，然后 opt B3LYP/3-21G，逐 ...

明白了我现在改谢谢指导！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 16:00

北大-陶豫发表于 2021-3-1 14:51
不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq，你应该先预优化一下，比如先 opt pm6，然后 opt B3LYP/3-21G，逐 ...

PM6对这个体系不怎么靠谱，而且还是没带色散校正的情况

3-21G就太糟糕了，因为还达不到能定性正确描述体系的程度，拿它预优化比起不做预优化，最终总耗时甚至更高

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 16:01

zzzco 发表于 2021-3-1 14:37
好的，sob老师，昨天的收敛结果我看错了，是电脑出bug了，看了fchk文件后，还没计算成功，而且计算freq本 ...

已经说了，当前模型根本没意义，说耗时多少也没意义

顺带一提，恰当模型下，可以把底层（不与Na和水直接接触的）二氧化硅的原子用相对小一些的6-31G*

作者
Author: zzzco 时间: 2021-3-1 18:03
本帖最后由 zzzco 于 2021-3-1 18:26 编辑

sobereva 发表于 2021-3-1 16:01
已经说了，当前模型根本没意义，说耗时多少也没意义

顺带一提，恰当模型下，可以把底层（不与Na和水直 ...

sob老师，我的课题是二氧化硅与阳离子（盐溶液）之间的相互作用过程，用了分子模拟后打算继续用量化加点深度，然后结合宏观实验做一个讨论。量化模型的合理性和可靠性是我一直在努力的，我是用的MS软件中自带的无定形二氧化硅构建的4.5埃的团簇，本来是类似于圆形的，先MS的clean，保存成mol文件，再Gaussian上用clean，就变成了不是圆形状的二氧化硅团簇了。请问老师有什么好的建议吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-1 21:52

zzzco 发表于 2021-3-1 18:03
sob老师，我的课题是二氧化硅与阳离子（盐溶液）之间的相互作用过程，用了分子模拟后打算继续用量化加点 ...

这种体系不建议用clean，clean只对比较小的、常见的分子可靠，对较大或者不常见的分子，可能clean后的结构比clean之前还不合理。
建议在MS里用UFF优化结构，然后导入GaussView，不clean直接算。如果初始团簇足够合理，连UFF优化都可以省。

作者
Author: zzzco 时间: 2021-3-1 22:09

wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52
这种体系不建议用clean，clean只对比较小的、常见的分子可靠，对较大或者不常见的分子，可能clean后的结 ...

好的谢谢我再试试感谢化学公社每一位解答的老师

作者
Author: zzzco 时间: 2021-3-1 22:11

wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52
这种体系不建议用clean，clean只对比较小的、常见的分子可靠，对较大或者不常见的分子，可能clean后的结 ...

好的谢谢我再试试感谢化学公社每一位热心解答的老师

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-3-2 12:30

sobereva 发表于 2021-3-1 16:00
PM6对这个体系不怎么靠谱，而且还是没带色散校正的情况

3-21G就太糟糕了，因为还达不到能定性正确描述 ...

嗷，是我无知了，谢谢指正

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