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标题: 求助：如何控制模拟盒中的水分子数 [打印本页]

作者
Author: Fmu 时间: 2021-2-28 16:06
标题: 求助：如何控制模拟盒中的水分子数
各位老师好，目前我在自学Justin的Gromacs教程, 目的是想用该软件模拟不同含水量下的蛋白运动，请问怎么控制盒子里的水分子数，实现不同含水量要求？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-28 20:13
gmx solvate命令可以加-maxsol指定加多少水分子

作者
Author: Fmu 时间: 2021-3-1 14:38
谢谢，sobereva老师! 再请教一下，如果想用TIP4P-ew应该怎么做？在gromacs里没找到。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 02:00

Fmu 发表于 2021-3-1 14:38
谢谢，sobereva老师! 再请教一下，如果想用TIP4P-ew应该怎么做？在gromacs里没找到。

solvate加水时候用tip4p.gro填充，然后引用TIP4P-Ew的itp文件

作者
Author: Fmu 时间: 2021-3-16 14:52
本帖最后由 Fmu 于 2021-3-16 14:54 编辑

file:///home/fanhongyang/%E5%9B%BE%E7%89%87/2021-03-16%2014-35-32%20%E7%9A%84%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE.png
如图，前面在生成top文件时，没有tip4pew选项，后期用tip4p.gro 填充，不就是tip4p水模型了吗?然后怎么引用tip4pew.itp文件，是在能量最小化前吗？

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