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标题: 跑加速md过程中，突然断掉 cudaMemcpy GpuBuffer::Download [打印本页]

作者
Author: zeqiandu 时间: 2021-2-28 18:23
标题: 跑加速md过程中，突然断掉 cudaMemcpy GpuBuffer::Download
1.提交命令如下：
EXE=pmemd.cuda
$EXE -O -p $PRMTOP -c md_eq_npt_5ns.rst -i amd.in -o amd.out -r  amd.rst -x amd.nc
2.
总原子数目71206
蛋白残基数337
能量信息如下：

   A V E R A G E S O V E R 2500 S T E P S

NSTEP =  2500000 TIME(PS) = 6000.000  TEMP(K) = 300.06  PRESS =    0.2
Etot = -175484.8740  EKtot =    43252.9787  EPtot    = -218737.8527
BOND =    1015.6775  ANGLE =    2848.3049  DIHED    =    4386.2397
1-4 NB =    1234.8716  1-4 EEL =    13970.8111  VDWAALS =    27835.9428
EELEC  = -270029.7003  EHBOND  =       0.0000  RESTRAINT  =       0.0000
EKCMT  =    19702.2162  VIRIAL  =    19698.9971  VOLUME    = 714168.6475
                                                Density =       1.0086

3.
amd.in文件如下
50 ns NVT production
NVT
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=25000000,dt=0.002,
  ntc=2,ntf=2,ig=-1,
  cut=10.0, ntb=1, ntp=0,
  ntpr=1000, ntwx=1000,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=300.0,ioutfm=1,iwrap=1,
  iamd=3,
  ethreshd=5734.24, alphad=269.6,
  ethreshp=-207344.9, alphap=11392.96,
/

md可以正常跑起来产生.nc文件，但是跑一部分之后就会停下来。
抛出cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered

相同的代码跑同一个蛋白的另一个底物小分子可以正常完成50ns的加速md。但是这个底物就是跑一半停止。

是底物小分子力场结构的问题吗？可是我重新做了小分子力场后还是会停下来。小分子在蛋白质中的位置是共晶得到的。
所以问题是怎样可以解决加速md跑一半停下来的问题？没有其他报错。
感谢各位大佬解答！

作者
Author: 小呆呱 时间: 2021-3-31 11:05
我也遇到一样的问题

作者
Author: chenbq18 时间: 2021-9-15 08:38
遇到同样问题，题主最终怎么解决的呢

作者
Author: akakcolin 时间: 2021-9-15 12:13
你们都不提供运行软硬件环境软件版本，在什么gpu上，amber 的patch都打了否，
直接给个报错消息，谁看了也是懵逼，
从这一句报错且长时间后报错，瞎猜一下，gpu显存不够，反正你自己去搞定不用感谢

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