计算化学公社

标题: 求助：多孔石墨烯过滤气体分子，为什么无法通过孔道 [打印本页]

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-1 14:24
标题: 求助：多孔石墨烯过滤气体分子，为什么无法通过孔道
mdp文件中freezegrps = MOL，MOL是多孔石墨烯，求助！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 15:18
感觉孔道偏小，用VDW方式显示就能看出来

此体系不要用EnerPres，原理上明显不适合

不要用h-angles

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-3-1 15:41
是和实验结合吗，你的孔径分布如何，在什么尺寸范围，是不是你建的模型这孔太小了，这直径也就0.5nm左右，在微孔里面都算小的

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-1 16:03

sobereva 发表于 2021-3-1 15:18
感觉孔道偏小，用VDW方式显示就能看出来

此体系不要用EnerPres，原理上明显不适合

用VDW看，的确小，不用h—angles限制，会出现原子单独存在的现象

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 16:09

libo371324 发表于 2021-3-1 16:03
用VDW看，的确小，不用h—angles限制，会出现原子单独存在的现象

如果h-bonds不能跑出来正常结果，几乎一定拓扑信息或参数有问题

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-3-2 10:56

sobereva 发表于 2021-3-1 16:09
如果h-bonds不能跑出来正常结果，几乎一定拓扑信息或参数有问题

如果用shake约束水分子的形状，h-angle比h-bond更合适吧，或者说更接近settle算法？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-3 01:31

bobosiji 发表于 2021-3-2 10:56
如果用shake约束水分子的形状，h-angle比h-bond更合适吧，或者说更接近settle算法？

没有理由不用SETTLE而刻意用其它方式约束水的刚性

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-19 19:13

灰飞的旋律发表于 2021-3-1 15:41
是和实验结合吗，你的孔径分布如何，在什么尺寸范围，是不是你建的模型这孔太小了，这直径也就0.5nm左右， ...

这算小的吗，我们老师还觉得太大啦，过滤氢气分子

作者
Author: liqhua 时间: 2021-3-19 19:58
本帖最后由 liqhua 于 2021-3-19 20:07 编辑

我记得H2分子动力直径是2.9埃。gro文件中孔两个N之间的距离是3.77埃，再考虑上N原子自身半径，可能孔太小了。acc-grps的accelerate换算下来是多少MPa?

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-3-23 08:44

libo371324 发表于 2021-3-19 19:13
这算小的吗，我们老师还觉得太大啦，过滤氢气分子

有个行外的疑问，过滤一定是靠孔径大小拦截吗，可不可以是孔道内的吸附作用使氢气聚集，从而堵住孔道，让后面的任何气体分子都无法通过。而且如果都是小孔径，比氢气大的气体分子如何通过呢？

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-27 13:56

liqhua 发表于 2021-3-19 19:58
我记得H2分子动力直径是2.9埃。gro文件中孔两个N之间的距离是3.77埃，再考虑上N原子自身半径，可能孔太小了 ...

20MPa

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