计算化学公社

标题: 结合能计算为正值而RDG却显示有氢键相互作用 [打印本页]

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-1 14:56
标题: 结合能计算为正值而RDG却显示有氢键相互作用
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如图中体系，优化关键词#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf em=gd3bj out=wfn，算结合能关键词#p M062X/6-311+G(2d,p) scrf=SMD EmpiricalDispersion=GD3，算的结合能为0.1344 KJ/mol，从结合能上看应该是不具有结合作用的，但是做RDG分析时却显示有氧-氢键。请问这是因为什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 15:21
溶剂效应会极大地削弱静电主导的相互作用能，从结合前后的溶解自由能的变化上便知。

拿NCI方法讨论结合强度只适合与气相下计算的结合能做对比。

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-1 15:43

sobereva 发表于 2021-3-1 15:21
溶剂效应会极大地削弱静电主导的相互作用能，从结合前后的溶解自由能的变化上便知。

拿NCI方法讨论结合 ...

谢谢老师解答
1.“结合前后的溶解自由能” 是指用复合物的溶解自由能减去两个单体的溶解自由能吗？
2.其中碳骨架单体不溶于水，算溶解自由能也可以吗？
3.有其他的方法可以展示液相下的结合强度吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-1 15:57

yang2020 发表于 2021-3-1 15:43
谢谢老师解答
1.“结合前后的溶解自由能” 是指用复合物的溶解自由能减去两个单体的溶解自由能吗？
2. ...

1 “结合前后的溶解自由能的变化”

2 当然可以。仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

3 结合能

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-1 21:17

sobereva 发表于 2021-3-1 15:57
1 “结合前后的溶解自由能的变化”

2 当然可以。仔细看

回复1.抱歉老师。 “结合前后的溶解自由能的变化”是指用复合物的溶解自由能减去两个单体的溶解自由能吗？
回复3.像IGM、IGMH这些也不能图形化展示液相下的结合强度吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 01:25

yang2020 发表于 2021-3-1 21:17
回复1.抱歉老师。 “结合前后的溶解自由能的变化”是指用复合物的溶解自由能减去两个单体的溶解自由能吗 ...

1 是
2 你的逻辑完全不对，没有正确理解溶解自由能的影响，以及这些图形化显示方法思想的本质

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