计算化学公社

标题: 研究粒径对反应的影响 [打印本页]

作者
Author: 小书童 时间: 2015-11-19 09:06
标题: 研究粒径对反应的影响
读到了一篇很好的文章，研究了粒径对反应的影响，但是不知道具体如何操作，请各位懂得的老师，指点一二！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-19 11:44
你先用MS或者gv之类载入铜晶体cif文件，扩展成足够大的复晶胞，然后保存成诸如pdb等VMD能认的格式，载入VMD，然后file-save coordinate，保存范围输入诸如within 5 of serial X，这里X是一个靠中心的原子的编号，这样就把这个原子范围5埃内的原子保存出来了。或者也可以用诸如(x-4)^2+(y-4.5)^2+(z-3.6)^2<25，这样会把距离(4,4.5,3.6)这个点5埃的原子保存出来。

作者
Author: 小书童 时间: 2015-11-19 14:45

sobereva 发表于 2015-11-19 11:44
你先用MS或者gv之类载入铜晶体cif文件，扩展成足够大的复晶胞，然后保存成诸如pdb等VMD能认的格式，载入VMD ...

老师文中做的应该是一个二维的吧？（x-a）^2+(y-b)^2<=c^2,就是在（a,b）为圆心截取了一个半径为c的原子簇吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-19 23:55

小书童发表于 2015-11-19 14:45
老师文中做的应该是一个二维的吧？（x-a）^2+(y-b)^2

截图里写的是球形原子簇啊

如果截成一个圆板也好办。在你的输入基础上还得加上z方向的范围限制，比如... and z< 5 and z > 3

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-20 01:51
(, 下载次数 Times of downloads: 67) 懒鬼又来了。
大概MS是最方便的了，找不出更简单的方案。先建立一个足够大的超胞，这个就不说了。

MS下面Edit-Atom Selection这个选项卡打开，之后在选项卡的select by property中选择radial distance，下面选within并填写半径即可。接下来先不要关闭该选项卡，就看到底要做圆柱还是球体：

1、对于球体，选择超胞内的一个比较中心的原子，然后selection mode选择create a niew sleection from all visable atoms，点select之后，就会选中之前选中的那个原子所设定半径内周围的原子；

2、对于柱体，选择超胞内沿着x或y或z的一列原子，然后重复上述即可。至于柱体的高度，可以先截出柱体后手工处理。
例：
(, 下载次数 Times of downloads: 50)
唉，实在懒得没法了，本来想写个perl脚本来处理的，后来发觉MS下perl找原子编号不方便，后来才想起来有这个玩意。

作者
Author: 小书童 时间: 2015-11-20 09:01

卡开发发发表于 2015-11-20 01:51
懒鬼又来了。
大概MS是最方便的了，找不出更简单的方案。先建立一个足够大的超胞，这个就不说了。

非常感谢，没有分儿了，明天评分！

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