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标题: 使用IRI函数同时考察反应过程的共价和非共价相互作用时VMD无法产生BMP图片 [打印本页]

作者
Author: luckyyjjun 时间: 2021-3-2 19:11
标题: 使用IRI函数同时考察反应过程的共价和非共价相互作用时VMD无法产生BMP图片
本帖最后由 luckyyjjun 于 2021-3-2 19:11 编辑

1、使用IRI函数同时考察反应过程的共价和非共价相互作用，相应的cub文件已经使用Multiwfn产生好了。
2、在VMD目录下写个文本文件isoall.tcl，准备用VMD程序运行isoall.tcl来产生每个cube文件对应的等值面图像文件，但运行后只能产生一帧。
3、VMD错误提示见图片，isoall.tcl文件如下：
color Display Background white
color scale method BGR
set isoval 0.5
axes location Off
for {set i 1} {$i<=114} {incr i} {
set name IRC[format %04d $i]
puts "Processing f1_$name.cub and f2_$name.cub..."
mol default style CPK

mol new f1_$name.cub
mol addfile f2_$name.cub

mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 1.0 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
mol modstyle 0 0 CPK 0.700000 0.300000 18.000000 16.000000
color scale midpoint 0.666
color scale method BGR
color Display Background white
axes location Off
display depthcue off
display rendermode GLSL
light 3 on
color Element N iceblue
mol modcolor 0 0 Element

render snapshot $name.bmp
mol delete top
}

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 23:59
远程说不清楚，最好先把此文里现成的例子成功重复一遍再搞自己的体系
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
记得每次运行脚本前先重新启动VMD。确保当前用的是VMD 1.9.3

作者
Author: neocc 时间: 2022-1-3 01:33
请问楼主找到解决办法了吗？
最近使用tcl批量提交处理就会出现如图报错。
所有的cub文件单独运行IRIfill.vmd都没有问题。

但是批量运行，甚至改成了直接source IRIfill.vmd还是会在第二帧报错

是否是因为vmd没有清除或者重置上一张内容？

set isoval 1.0
axes location Off
for {set i 1} {$i<=100} {incr i} {
set name IRCsplit[format %04d $i]
puts "Processing func1-$name.cub and func2-$name.cub ..."
file copy func1-$name.cub func1.cub
file copy func2-$name.cub func2.cub
source IRIfill.vmd
scale to 1.0
rotate x by 180
rotate z by -30
translate by 0.000000 0.00000 0.000000
render snapshot IRI-$name.bmp
file delete func1.cub
file delete func2.cub
mol delete top
}

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-3 01:51

neocc 发表于 2022-1-3 01:33
请问楼主找到解决办法了吗？
最近使用tcl批量提交处理就会出现如图报错。
所有的cub文件单独运行IRIfill. ...

原本Multiwfn自带的IRIfill.vmd涉及到体系的绝对ID，我改了一下，不再依赖绝对ID。替换成这个试试
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: neocc 时间: 2022-1-3 02:21

sobereva 发表于 2022-1-3 01:51
原本Multiwfn自带的IRIfill.vmd涉及到体系的绝对ID，我改了一下，不再依赖绝对ID。替换成这个试试

非常感谢卢老师，完美运行，太棒了。

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