计算化学公社

标题: 想请教下用gromacs怎样计算苯环面与xy水平面之间的二面角？ [打印本页]

作者
Author: 308866814 时间: 2021-3-2 22:31
标题: 想请教下用gromacs怎样计算苯环面与xy水平面之间的二面角？

gmx angle -f md.xtc -ndihedral-bh.ndx -type dihedral

查阅gromacs手册，计算二面角时，ndx文件需要包含4个原子，以定义2个半平面。

如果要计算苯环平面与xy水平面之间的二面角的话，如何构建ndx文件呢？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 23:20
这应当用gmx gangle

用这个更方便
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590（http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html）

作者
Author: 308866814 时间: 2021-3-3 20:18
多谢社长深夜答疑解惑，辛苦了！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)