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标题: 请问分子动力学轨迹中怎么计算RMSDz [打印本页]

作者
Author: HZW 时间: 2021-3-3 23:46
标题: 请问分子动力学轨迹中怎么计算RMSDz
本帖最后由 HZW 于 2021-3-4 11:31 编辑

请问卢老师和论坛上的大佬们怎么计算gromacs跑出的轨迹与初始结构参考平面的沿着某一个坐标轴的RMSD变化

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-4 00:35
标题尽量别用“跪求”这种词

如果你的意思是获得轨迹各帧结构相对于参考结构的RMSD的某个笛卡尔分量，在VMD里先对轨迹做align，然后自己写个VMD tcl脚本计算

作者
Author: HZW 时间: 2021-3-4 09:09
好的，谢谢卢老师。

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