计算化学公社

标题: 求解如何建二氧化硅加羟基 [打印本页]

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-3-4 16:59
标题: 求解如何建二氧化硅加羟基
小弟刚学MS没多久，有没有大神用MS模拟做二氧化硅切面悬挂羟基的模型，我想问下如何在二氧化硅切面悬挂羟基呢？我做了晶态二氧化硅的切面，如下。拜托大神们啦。

作者
Author: mol 时间: 2021-3-4 17:20
点击加氢按钮就行吧

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-4 18:20
要调整切面top的位置, 让两面都是没有加氢的氧原子,然后加氢就行了

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-3-4 18:38

Lacrimosa 发表于 2021-3-4 18:20
要调整切面top的位置, 让两面都是没有加氢的氧原子,然后加氢就行了

我只需要一面加氢呢，我直接点自动加氢不知道行不行呢？然后把硅上连接的氢原子删除呢？

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-3-4 18:38

mol 发表于 2021-3-4 17:20
点击加氢按钮就行吧

是可以自动加氢呢，不知道合不合适呢

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-3-4 18:45

爱模拟的bao 发表于 2021-3-4 18:38
我只需要一面加氢呢，我直接点自动加氢不知道行不行呢？然后把硅上连接的氢原子删除呢？

我看到切面有可以选择加氢在那个位置的，不知道能不能加呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-4 23:45

爱模拟的bao 发表于 2021-3-4 18:38
是可以自动加氢呢，不知道合不合适呢

合适, 不会有问题的

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-3-11 21:41

Lacrimosa 发表于 2021-3-4 23:45
合适, 不会有问题的

您好，我也在面临同样的问题，我用ms切完表面暴露出氧原子之后，自动加氢会导致两个氧原子共用一个氢，但是看文献里是表面每个氧都有氢封装，不知道您有没有什么建议？需要手动加氢之后优化结构吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-12 05:55

Daisy_zju 发表于 2022-3-11 21:41
您好，我也在面临同样的问题，我用ms切完表面暴露出氧原子之后，自动加氢会导致两个氧原子共用一个氢，但 ...

手动加氢就完了。加完了肯定得再优化

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-3-14 09:13

sobereva 发表于 2022-3-12 05:55
手动加氢就完了。加完了肯定得再优化

已经完成了，谢谢社长~

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