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标题: Materials Studio中合金模型的构建求助 [打印本页]

作者
Author: QH1995 时间: 2021-3-4 21:06
标题: Materials Studio中合金模型的构建求助
请问大家都是怎么构建合金模型的呢？
我看有的人使用perl脚本，可是这个脚本我不知道怎么写，请问各位大佬能不能分享一下呢？

作者
Author: QH1995 时间: 2021-3-6 13:07
作为一个新入手的菜鸟，我把我这几天搜集到的信息和大家分享一下，有不对的地方还请多多指正。

目前MS中合金构建方法主要有两种：第一种是直接修改单胞中原子的混合比例，第二种是在第一种模型的基础上运用perl脚本进行枚举筛选。我们这里以Cu/Ni（3:1）合金为例。

一、直接修改原子混合比例
1.首先在MS中导入一个Cu单胞，选择一个原子，然后在属性栏中有一个是IsMixtureAtom，双击进入调配混合原子目录
(, 下载次数 Times of downloads: 79)
2.首先双击Copper-63，可以调整它的组分比例，这里我们修改成75%，点击OK确定。接下来，点击Add进行添加Ni原子，并在组分比例修改为25%，点击确定。这样，我们的合金就建立好了。（注意这里的CU1不要修改，不然后面操作会出问题）
(, 下载次数 Times of downloads: 52)
需要注意的是此时MS中显示的仍然只显示是Cu的晶胞，但是点击一个原子会在Composition处显示Cu,0.75;Ni,0.25，说明模型是满足3:1的。

二、利用perl脚本中statistic disorder进行枚举筛选
在第一种建立好模型的基础上，我们用MS自带的disorder脚本进行进一步加工，这样的好处是模型中能清晰显示出合金中不同元素的原子。

脚本如下：
#!perl

use strict;
use Getopt::Long;
use MaterialsScript qw(:all);

my $disorderedStructure = $Documents{"Cu.xsd"};
my $results = Tools->Disorder->StatisticalDisorder->GenerateSuperCells
($disorderedStructure,2,2,2);
my $table = $results->Test;

我一开始不知道怎么用perl语言，后来才发现直接要直接新建的

其中，标出来的Cu.xsd就是我们第一种方法中构建的合金模型。然后点击 (, 下载次数 Times of downloads: 47) 上的三角按钮就会自动枚举筛选。
注意：这里的2,2,2表示对你导入的Cu.xsd进行扩胞。通常来说，2,2,2就已经非常大了。
我分别使用1,1,1、2,1,1、2,2,1和2,2,2进行了尝试，所得的啊结果分别有1、4、33和8043种。。真是太多了，电脑跑了半天，所以对于选取多大的扩胞大家自己谨慎选择。
(, 下载次数 Times of downloads: 39) (, 下载次数 Times of downloads: 30) (, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 36)

最后我的想法是选择2,1,1的扩胞，然后把得到的四种模型都优化一遍，哪个模型能量最低就用哪个模型。

不过我不知道这么对不对合不合理，希望大家可以给些建议。Thx

参考：
http://mu****g.com/html/200805/837957.html
http://mu****g.com/t-12378168-1-pid-1
MS自带online help文件（这个特别重要，关于disorder的介绍里面非常清楚，功能也更多，大家可以自己摸索）。

作者
Author: liuer93 时间: 2022-11-29 00:34
你好，感谢分享，我也是用的这个脚本，感觉是正确的，有没有方法能把可能的结构统一进行结构优化从而找到最稳定的结构

作者
Author: QH1995 时间: 2022-11-29 09:13
我用的是最笨的方法，一个一个优化的，可以用粗糙的精度简单跑一下

作者
Author: fd7 时间: 2023-2-17 09:18

QH1995 发表于 2021-3-6 13:07
作为一个新入手的菜鸟，我把我这几天搜集到的信息和大家分享一下，有不对的地方还请多多指正。

目前MS中 ...

老师，我想请教您一个问题。我构建的模型也是混合原子Mn/Fe=0.58/0.42，我要计算模型对PMS氧化剂的吸附能。我可以直接用这个混合原子的模型去计算吗？还是说要把这个混合原子换成单个原子（单个原子的排列组组合会有多种情况）

作者
Author: PoorChaos 时间: 2023-4-25 22:34
我想用这个方法建立PtAgNiCoMn 各占20%，加了Mn就怎么都不行，删除Mn就可以
这个怎么解决啊

作者
Author: QH1995 时间: 2023-7-14 16:13

liuer93 发表于 2022-11-29 00:34
你好，感谢分享，我也是用的这个脚本，感觉是正确的，有没有方法能把可能的结构统一进行结构优化从而找到最 ...

就是批量处理计算吧，我现在知道的是把所有模型拷贝到xsd格式，然后在用脚本命令跑一下（http://bbs.keinsci.com/thread-21884-1-1.html）

作者
Author: QH1995 时间: 2023-7-14 16:15

fd7 发表于 2023-2-17 09:18
老师，我想请教您一个问题。我构建的模型也是混合原子Mn/Fe=0.58/0.42，我要计算模型对PMS氧化剂的吸附能 ...

我的理解是如果只定性比较的话，可以用这种方法。如果需要细致研究吸附位点影响还是最好换成单个原子形式

作者
Author: QH1995 时间: 2023-7-14 16:15

PoorChaos 发表于 2023-4-25 22:34
我想用这个方法建立PtAgNiCoMn 各占20%，加了Mn就怎么都不行，删除Mn就可以
这个怎么解决啊

不好意思，能说细致一点吗？具体是为什么不行

作者
Author: PoorChaos 时间: 2023-7-14 22:40

QH1995 发表于 2023-7-14 16:15
不好意思，能说细致一点吗？具体是为什么不行

最近没搞这个了，改天再请教！谢谢！

作者
Author: Hubery_fei 时间: 2023-11-27 21:27

QH1995 发表于 2021-3-6 13:07
作为一个新入手的菜鸟，我把我这几天搜集到的信息和大家分享一下，有不对的地方还请多多指正。

目前MS中 ...

大哥我有一个问题就是这个超胞比例的构建有什么样的一个标准吗？请指教了

作者
Author: renj864878110 时间: 2024-1-20 16:23

QH1995 发表于 2021-3-6 13:07
作为一个新入手的菜鸟，我把我这几天搜集到的信息和大家分享一下，有不对的地方还请多多指正。

目前MS中 ...

作为一新手，我想问下这个perl脚本我试验了几次总出错！能共享一下这个脚本吗？

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