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标题: 如何准确检查对比两个itp文件的差异 [打印本页]

作者
Author: 张一手大哥 时间: 2021-3-4 21:23
标题: 如何准确检查对比两个itp文件的差异
在文件准备过程中，之前是通过Jerkwin.github生成.itp文件再进行个别原子参数的修改。
现在参考sob老师的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html)后，在LigParGen生成了相同分子的itp文件，但是发现LigParGen也将pdb中的原子序号和名字也改了，单纯肉眼对比两个文件比较麻烦。

请问，要想对比出二者的不同参数或者其他不同信息，从而初步判断参数合理性。有没有什么好的办法呢？有没有像是mdout.pdb一样的文件来查看gromacs读取的分子参数呢？

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-4 21:32
产生OPLS-AA力场的拓扑文件一律优先用LigParGen，不要用其它的。LigParGen是OPLS-AA力场开发者自己搞的东西，不符的时候显然优先信这个。

作者
Author: 张一手大哥 时间: 2021-3-4 21:37

sobereva 发表于 2021-3-4 21:32
产生OPLS-AA力场的拓扑文件一律优先用LigParGen，不要用其它的。LigParGen是OPLS-AA力场开发者自己搞的东西 ...

明白了，感谢sob老师！

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-6-8 21:17

sobereva 发表于 2021-3-4 21:32
产生OPLS-AA力场的拓扑文件一律优先用LigParGen，不要用其它的。LigParGen是OPLS-AA力场开发者自己搞的东西 ...

老师请问用LigParGen产生得结构与初始结构不一样，将原本没有键连接得原子连接成键了，这个如何解决呀

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 18:24

哪有这么脆弱发表于 2021-6-8 21:17
老师请问用LigParGen产生得结构与初始结构不一样，将原本没有键连接得原子连接成键了，这个如何解决呀

如果是指产生的拓扑文件里本该没有键的出现了成键项，输入的结构里把相应原子间距离调得远点再试

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