计算化学公社

标题: 请教Gaussian优化分子（计算原子静电势）时使用b3lyp/6-31g*和hf/6-31g*是否合理 [打印本页]

作者
Author: zzbyjr 时间: 2021-3-4 21:42
标题: 请教Gaussian优化分子（计算原子静电势）时使用b3lyp/6-31g*和hf/6-31g*是否合理
本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-4 21:46 编辑

各位老师，我是做MD的，量化方向的小白，想按照文献中的方法给一个分子做优化并计算分子中各原子的RESP电荷，具体做法是先使用Gaussian得到静电势，然后利用AmberTools拟合出RESP电荷。在使用Gaussian时，文献中有如下描述，想跟各位老师请教：
1、文献的意思是否是先用b3lyp/6-31g*做优化，然后在此基础上，再用hf/6-31g*做优化并得到静电势？
2、文献的做法是否合理，是否有参考价值，让我也这么做？
感谢各位老师~
C:\Users\lzdyx\Desktop\question.jpg (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-3-5 05:08
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的，GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化也很正常

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-5 05:22
仔细看下文，别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

作者
Author: zzbyjr 时间: 2021-3-5 09:50

喵星大佬发表于 2021-3-5 05:08
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的，GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化 ...

感谢喵老师~

作者
Author: zzbyjr 时间: 2021-3-5 09:51

sobereva 发表于 2021-3-5 05:22
仔细看下文，别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/ ...

感谢Sob老师~我去仔细学习下~

作者
Author: zzbyjr 时间: 2021-3-5 11:30
本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-5 11:43 编辑

各位老师，由于我之前没有这方面的计算经验，还想进一步请教一下：

1、假如我的有机分子大约包含500左右的原子（GAFF力场，只包含前三周期元素），利用Gaussian计算静电势再用Atechamber拟合RESP电荷，或者利用Sob老师推荐的更优、更便捷的Multiwfn拟合RESP电荷，大约需要多长时间呢？（服务器单节点24核）

2、如楼上喵老师所讲，AMBER力场本身用的是HF/6-31G*计算静电势；Sob老师博文中也提到该方法实则“非常垃圾、无法忍受”，被沿用至今一是牵一发需动全身有点麻烦，二是误打误撞的巧合。考虑到我的分子包含原子数较多，在效率+准确性兼顾的前提下，各位老师有没有推荐的在Gaussian中更合适的优化方法呢？（又看了Sob老师之前发给我的帖子“RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算”，心中似乎已经有了答案

）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-6 00:43

zzbyjr 发表于 2021-3-5 11:30
各位老师，由于我之前没有这方面的计算经验，还想进一步请教一下：

1、假如我的有机分子大约包含500左右 ...

1 假设量化部分计算级别相同，24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得多

作者
Author: zzbyjr 时间: 2021-3-6 08:46

sobereva 发表于 2021-3-6 00:43
1 假设量化部分计算级别相同，24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得 ...

感谢Sob老师~

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