计算化学公社

标题: MS中的氢键计算 [打印本页]

作者
Author: 卒之爱 时间: 2015-11-19 15:55
标题: MS中的氢键计算
如何使用MS对氢键作用进行分析啊？我的体系是有机物和一块无机阴离子层板（含有金属），我使用的Forcite中drielding出现The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 34 particle，后改用university力场，发现 Hydrogen Bond 0.00，选用compass计算无氢键项？求大神帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-20 01:33
你想分析什么问题？

没有university力场，那叫universal。本来这力场也没有氢键项，绝大多数力场都是没有专门的氢键项，不会把氢键特别对待。
模拟结果正常就没问题。

作者
Author: 卒之爱 时间: 2015-11-20 10:58

sobereva 发表于 2015-11-20 01:33
你想分析什么问题？

没有university力场，那叫universal。本来这力场也没有氢键项，绝大多数力场都是没 ...

我想研究的是周期性层板与有机物非键的相互作用，如果想单独研究氢键，怎么研究？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-20 11:28

卒之爱发表于 2015-11-20 10:58
我想研究的是周期性层板与有机物非键的相互作用，如果想单独研究氢键，怎么研究？

看你研究氢键什么问题，如果从结构上考察，按此文导出为xyz轨迹文件
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
然后在VMD里写Tcl脚本分析氢键（MS里也可以用perl脚本分析，但明显没VMD方便好用），网上也有很多现成的VMD分析脚本，诸如
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54

作者
Author: youkagg 时间: 2020-4-28 22:13

sobereva 发表于 2015-11-20 11:28
看你研究氢键什么问题，如果从结构上考察，按此文导出为xyz轨迹文件
将Material Studio的xtd轨迹文件 ...

sob老师，您好，我发现导出的xyz轨迹文件随着帧数增加，分子坐标会变得分散。采用vmd计算氢键时，越往后的帧数计算的氢键数目越少，是不是vmd没有考虑周期性呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-29 02:30

youkagg 发表于 2020-4-28 22:13
sob老师，您好，我发现导出的xyz轨迹文件随着帧数增加，分子坐标会变得分散。采用vmd计算氢键时，越往后 ...

对周期性考虑有两个层面
轨迹层面：你得确保当前的轨迹在VMD看的时候就是满足周期性的，即越过盒子一侧后会跑到另一侧
氢键判断层面：VMD在判断氢键的时候是不考虑PBC的，即不会跨越盒子判断氢键的存在，在这点上VMD判断的氢键比实际的略少，但如果盒子足够大，这点差异影响不大

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