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标题: molclus搜索过渡态结构的构象异构体求助 [打印本页]

作者
Author: 机智猴 时间: 2021-3-4 23:18
标题: molclus搜索过渡态结构的构象异构体求助
在看了sob老师的关于molclus的帖子后（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html），我打算按照这个步骤找一个过渡态的构象异构体。如图1所示。我按照文中的步骤，先用multiwfn输出xyz文件，并且用xtb做了退火算法，温度为500K，将输出的xtb.trj改名为traj.xyz。打开molclus，除了上述帖子提到的需要更改的地方，我还在freeze关键词后加上了要冻结的原子（2,3,6-9），更改完settings后，用molclus优化每一帧，并且用isostat去重。拿出能量最低的结构后发现过渡态的反应坐标上的几个原子位置并没有冻结到，而是跑掉了，如图2所示。由于第一次使用，所以没有太明白，在此想请教一下大家我哪里有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-4 23:23
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“molclus搜索过渡态结构的构象异构体”改了，以后务必注意

你的目的是搜索过渡态的各种异构体，我不知道你为什么用xtb跑退火，这和找过渡态没任何直接关系。而且xtb在MD过程中也无法把特定原子位置冻结。

如果molclus你是调用xtb跑的，并且在settings.ini设了freeze，则调用xtb时当前目录下应该会看到一个xtbinp文件，里面是冻结设定，注意看有无此文件。

这种问题正确过程是先用比如Gaussian搜索一个过渡态结构，保存为.xyz文件，然后用gentor产生各种构象的初始结构（反应部分的原子都是冻结在过渡态的结构）。然后再用molclus依次优化每个结构，而且模板文件里不是用常规的opt而是用opt(calcfc,TS,noeigen)，这样就会基于traj.xyz里每个结构作为初猜优化过渡态（如果你假定不同构象下的反应的原子部分结构几乎相同而在用molclus时冻结它们，在一定程度上也可接受）

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