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标题: 求助：使用plumed进行metadynamics时体系探索grid外的数值 [打印本页]

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Author: zinc 时间: 2021-3-5 10:00
标题: 求助：使用plumed进行metadynamics时体系探索grid外的数值
plumed设置如下
cv1: ANTIBETARMSD RESIDUES=2-71 STRANDS_CUTOFF=1
METAD ARG=cv1 HEIGHT=2 SIGMA=0.1 PACE=2500 GRID_MIN=0 GRID_MAX=6 BIASFACTOR=10.0 TEMP=310
报错为ERROR: the system is looking for a value outside the grid along the 0 (cv1) index!
可是ANTIBETARMSD在定义上不可能为负值吧，为什么会报这样的错？

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-12-17 17:15
这个GRID是CV不可触碰的边界，一旦达到边界就会触发以上的报错，你应该在GRID的MAX和MIN之间加一个UP和LOWWALL，这样就不会探索GRID以外的CV了。

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-7-1 09:05

函数与激情发表于 2021-12-17 17:15
这个GRID是CV不可触碰的边界，一旦达到边界就会触发以上的报错，你应该在GRID的MAX和MIN之间加一个UP和LOWW ...

请问一下，如果已经设置了 UPPER_WALLS和 LOWER_WALLS，范围在GRID_MIN和GRID_MAX之间，而且也把KAPPA升高到1000了，还是会报这个“出边界”的错误是怎么回事呢？还有什么其他原因吗？谢谢

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-7-1 10:54

Eva_Winter 发表于 2022-7-1 09:05
请问一下，如果已经设置了 UPPER_WALLS和 LOWER_WALLS，范围在GRID_MIN和GRID_MAX之间，而且也把KAPPA升 ...

那个grid是记录自由能面的格点的区间，走出那个区间就数组越界了，当然会出错。把区间设大一点，或者把wall加得很强吧。

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-7-1 13:12

k64_cc 发表于 2022-7-1 10:54
那个grid是记录自由能面的格点的区间，走出那个区间就数组越界了，当然会出错。把区间设大一点，或者把wa ...

非常感谢，不过我不是特别明白，grid的区间已经设置的比wall的区间大很多了，wall的话把kappa加到1000还不够大吗？我看教程示例都是100多，以为这样已经很强了。

还有一个疑问想请教一下，我其中一个CV是距离的变量d2，LOWER_WALLS那里下限我设了0（不能再大了，感兴趣的范围就0-1），这样的话GRID_MIN我只能设置负值了，比如-0.4（设置成-0.01这种我觉得范围就太窄了吧）。但是实际距离变量并不能是一个负值吧？但是看教程的例子最后free energy landscap坐标轴基本都是按照Grid的区间给的结果，那给出负值区间岂不是很不符合实际？
metad: METAD ARG=d1,d2 HEIGHT=1.0 SIGMA=0.05,0.05 FILE=HILLS BIASFACTOR=10 TEMP=303.15 PACE=500 GRID_MIN=2.0,-0.4 GRID_MAX=4.0,1.4 GRID_BIN=500,500
uwall: UPPER_WALLS ARG=d1,d2 AT=3.6,1.0 KAPPA=1000,1000 EXP=2,2 EPS=1,1 OFFSET=0,0
lwall: LOWER_WALLS ARG=d1,d2 AT=2.4,0.0 KAPPA=1000,1000 EXP=2,2 EPS=1,1 OFFSET=0,0

作者
Author: 陈小宇 时间: 2022-8-11 21:24

Eva_Winter 发表于 2022-7-1 13:12
非常感谢，不过我不是特别明白，grid的区间已经设置的比wall的区间大很多了，wall的话把kappa加到1000还 ...

您好，我也碰到了相同的问题，请问您解决了吗？GRID_MIN我只能设置了负值吗

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-8-16 13:05

陈小宇发表于 2022-8-11 21:24
您好，我也碰到了相同的问题，请问您解决了吗？GRID_MIN我只能设置了负值吗

还不算解决，在一些模拟例子中可以，一些情况还是报错。我觉得可能跟模拟本身也有关系

作者
Author: miiiiiw 时间: 2024-6-11 17:30
遇到同样的问题如果探索到了grid之外的区域是不是说明cv值的范围不是我预想的应该在grid_min和grid_max之间的数

作者
Author: miiiiiw 时间: 2024-6-11 17:32
我们自己定义的cv 他的值应该在0-1 所以grid_min和grid_max设置为0和1
但是模拟出现这个报错是不是说明cv值不是0-1，说明cv有问题吗

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