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标题: 无论怎样优化的有机体系始终有微小虚频 [打印本页]

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Author: li447fan 时间: 2021-3-5 16:54
标题: 无论怎样优化的有机体系始终有微小虚频
分别利用Orca在b3lyp-d3bj/def2-SVP，b3lyp-d3bj/def-TZVP下利用高格点精度（如Grid6，GridX6）以及高收敛标准（tightopt和verytightopt）优化了分子结构，并做freq，但始终会有一处有微小虚频，不知道该怎么处理了，希望有人能帮助我一下。 (, 下载次数 Times of downloads: 82)

PS：用Gaussian在b3lyp-d3bj/6-311G*下的计算还在算，不知道结果。

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Author: 447951397 时间: 2021-3-5 17:41
本帖最后由 447951397 于 2021-3-5 17:42 编辑

没有加opt优化到稳定结构，建议取每次优化后的结构多opt几次。且Gaussian的b3lyp对应于ORCA的b3lyp/G

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Author: li447fan 时间: 2021-3-5 17:50

447951397 发表于 2021-3-5 17:41
没有加opt优化到稳定结构，建议取每次优化后的结构多opt几次。且Gaussian的b3lyp对应于ORCA的b3lyp/G

已经opt了挺多次了，各种初始结构和收敛限标准。
orca的是只在orca的算，的确没有用gaussian的b3lyp定义形式。gaussian的在一直用gaussian的算

作者
Author: li447fan 时间: 2021-3-5 17:52
或者ORCA里有像gaussian一样，可以从.gbw文件中readfc精确hessian再优化的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-5 18:03
既然有Gaussian就直接用Gaussian算就完了，本来ORCA的freq速度就慢，为虚频折腾还耽误时间。之前论坛里有说ORCA 4.2.1的RIJCOSX的解析Hessian还有bug（https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=26&t=5566），非要用的话加上%scf thresh 0 end再试

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Author: 量化小菜鸡 时间: 2021-3-5 19:12
有高斯用高斯，我也遇到过这种。G16算出来啥事没有，ORCA 4.2 关掉RI升高格点还是个虚频消不掉。我不知道社长Gaussian和ORCA联用那种办法对这种管不管用。

作者
Author: greatqi 时间: 2021-3-5 19:43
有微小的虚频，可以忽略不计的。

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2021-3-5 19:49

greatqi 发表于 2021-3-5 19:43
有微小的虚频，可以忽略不计的。

这种发文章的时候怎么说？我们老板要求必须全去掉才行。

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-3-5 19:52

量化小菜鸡发表于 2021-3-5 19:12
有高斯用高斯，我也遇到过这种。G16算出来啥事没有，ORCA 4.2 关掉RI升高格点还是个虚频消不掉。我不知道社 ...

显然不管用

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Author: wzkchem5 时间: 2021-3-5 21:16

greatqi 发表于 2021-3-5 19:43
有微小的虚频，可以忽略不计的。

这个不一定。首先得证明这个虚频确实是假虚频，方法是把分子往虚频的方向扰动一下，看梯度是指向平衡结构还是远离平衡结构。其次只有计算零点能、焓之类的可以忽略小虚频，对于自由能，即使已知虚频是假虚频也不能简单忽略，因为把一个很低的实频算成虚频对自由能影响非常大。

作者
Author: greatqi 时间: 2021-3-6 08:31
那你试试看，对称性是否关联，去掉对称性。或者按照wzkchem5解释的那样，稍微调整一下分子的坐标，看能否管用。

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Author: 西村W 时间: 2021-4-13 10:27
请问你后来用高斯做出来的还有虚频吗？我最近用Gaussian做的有机物也一直有一个小虚频，不知道怎么解决了。

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Author: li447fan 时间: 2021-4-20 15:54

西村W 发表于 2021-4-13 10:27
请问你后来用高斯做出来的还有虚频吗？我最近用Gaussian做的有机物也一直有一个小虚频，不知道怎么解决了。

就recalc了很久，估计用精确hessian也可以解决，就是会更慢

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Author: shenchaoren 时间: 2021-4-28 14:12
我也在使用ORCA优化结构的时候遇到了类似问题，Sob的OFakeG转换以后，在GaussView上显示有小虚频（红线划出），但是用orca的out文件用Avogardo打开读取freq的结果，没有显出虚频（红圈划出）。

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

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Author: li447fan 时间: 2021-4-28 15:57

shenchaoren 发表于 2021-4-28 14:12
我也在使用ORCA优化结构的时候遇到了类似问题，Sob的OFakeG转换以后，在GaussView上显示有小虚频（红线划出 ...

这个估计要@ 一下社长了

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-4-28 17:02
本帖最后由 paramecium86 于 2021-4-28 17:07 编辑

shenchaoren 发表于 2021-4-28 14:12
我也在使用ORCA优化结构的时候遇到了类似问题，Sob的OFakeG转换以后，在GaussView上显示有小虚频（红线划出 ...

我以前也试过，ORCA计算完TS之后在末尾会输出一个IR 光谱的振动模式。这里面会把虚频的振动模式给去掉。也就是振动模式会少显示一个，而Avogardo读的就是末尾的这个振动输出。数一下个数就能发现。不是3N-6个振动模式。
而原始的频率计算结果（包含虚频的）在频率计算的输出文件靠前的位置，标着 “VIBRATIONAL FREQUENCIES”。ORCA会输出3N个模式，其中0-5号是平动转动忽略掉，从6号开始是振动频率。

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-4-28 18:50

shenchaoren 发表于 2021-4-28 14:12
我也在使用ORCA优化结构的时候遇到了类似问题，Sob的OFakeG转换以后，在GaussView上显示有小虚频（红线划出 ...

你在Avogardo里数数看振动模式数量对不对。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 02:47

shenchaoren 发表于 2021-4-28 14:12
我也在使用ORCA优化结构的时候遇到了类似问题，Sob的OFakeG转换以后，在GaussView上显示有小虚频（红线划出 ...

avogadro该显示虚频没显示，是avogadro的问题

作者
Author: dnlx 时间: 2021-11-6 09:51
刚才用Orca 5.0.1 优化邻甲基乙苯也出现了虚频，加上TightOPT也不管用。后来调了一下乙基末端的甲基位置，重新优化，才消除了虚频。

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