公社群聊Q&A整理：2015.11.10 17 ~ 2015.11.13 16 - 计算化学公社

2015.11.10 17:03:33
Q:
老师，用b3lyp/6-31G(d,p)研究，乙胺的氨基和CO2的弱相互作用，行不行啊？
A:
凑合。
用M062X多好
Q:
这一系研究弱相互作用弱弱的
确实，最近发现明尼苏达泛函在普通有机和无机小分子上的表现十分优秀。
M06,M06L,M06HF,M062X都很不错
就是涉及多组态，过渡态和金属时有些问题
感觉用b3lyp/6-31G(d,p)，乙胺的氨基和CO2的弱相互作用，优化结构，还是挺容易收敛的，就不知道究竟是不是准确的。。。然后计算频率，确实也没有虚频。
是啊尼苏达泛函优
A:
这是静电作用为主，所以B3LYP能凑合用，但要定量准确还是应该用M06-2X或wB97XD
Q:
一直在用m062x做弱作用
明尼苏达系列，都是用高精度计算拟合的吧
估计它的测试集选哪些体系，哪些体系就算的准确
所以Yan Zhao同志仅仅8年，引用率飙升至24000+
Zhao 同志以前还在化学吧出现
不过某些老古板，特别是搞物理的人，挺不待见M0x系列
搞物理的人真的不太喜欢M0x
A:
搞物理的人PBE是最爱之一
Q:
他们材料模拟用的软件基本没有M系列泛函。
因为以前VASP 全是PBE [表情]
castep据说支持m06
各位大神，研究π-π m062x 和b97d哪个更优呢？
就是近几年他们也没有意识到PBE其实好多地方不好（本人用了，他们审稿也重不说方法不好
就是近几年他们也没有意识到PBE其实好多地方不好（本人用了，他们审稿也重不说方法不好[图片]）
PBE，TPSS因为是推导出来的，所以他们印象都好
大家关注的方向不同
化学家还是更倾向于实用，能算准的话，不管是怎么得到的
物理学家更看重物理模型能否准确描述真实体系，所以多物理意义很看重，
A:
都不很理想，PW6B95-D3(BJ)最佳，其次是M06-2X-D3、wB97XD
Q:
前者对于极性体系很好，后者纯碳环或者极性小的好（省时）
那些交换-关联项都是怎么构建的呢？入股不通过拟合
现在的固体物理计算HSE系列用的挺多
比提HSE。。。那都是土豪。。。
所以yan zhao那篇ACR题目叫Density functionals with broad applicability in chemistry，言外之意就是管用就行，管他丫的物理意义
A:
通过让泛函形式满足各种有意义的物理限制条件
Q:
这就是泛函的剑宗和气宗之分啊
当初好像还是看zork的文章提到来着
M06得到了风清扬的指导，完全不惧岳不群类的人的鄙视
我看PW91 PBE的交换关联那一大串。实在不知道什么物理含义啊/憨笑，而且反三角函数都混进去了
M06已经无招胜 PBE的有招了
毕竟不是一代的泛函啊
GGA到MetaGGA的区别
A:
有些泛函就是找个函数让其数学形式能较好满足一些物理条件。最简单一个例子，长程校正的处理，把短程和长程分离开用的erf函数，其实就是恰好这个函数的形式能派上用场
Q:
对了，写一个DFT，跟HF区别就在需要把交换关联项的积分弄出来吧？
A:
对
主要就是静态相关由于高HF成份注定不佳，再一个是速度比B3LYP慢不少，用高精度积分格点时候慢得更多
Q:
我有点印象了，记得您给我讲过，用格点积分
A:
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
Q:
是的是的，就是这个。/抱拳
那为什么DFT会有解析的梯度呢？结构优化时候
A:
数值方法对泛函进行积分，和梯度是否解析地计算（相对于有限差分来说）不是一码事
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2015.11.10 17:19:11
Q:
[图片]
老师，能不能大体解释解释这个图呢
我看了半天也不知道怎么解释
A:
就是电子密度啊，那里高哪里电子密度就高
不是怎么解释图的问题，而是先搞懂你绘制的函数的本身的物理意义
Q:
哦，电子密度越高应该越负吧，静电势，对应颜色应该越红是吗？老师，电子密度高，应该也可以说明这部分较活泼容易参与反应？不知道我理解的对不对？
A:
你要考察什么？
Q:
考察分子基团的亲核性
电子密度
A:
电子密度本身无法考察此问题
电子密度和静电势没法直接通过这种图来对比讨论
一句话：分析这种电子密度图无用
Q:
谢谢老师
A:
反应活性怎么讨论看群共享亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Predicting reactive sites_EN
Q:
失误了，想根据LUMO轨道的密度讨论一个分子的亲电活性位，可以的吗？
A:
亲电反应位点判断方法之一是考察HOMO的分布
你仔细看看前面我提到的
Sobereva(190258442) 2015-11-10 17:23:50
反应活性怎么讨论看群共享亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Predicting reactive sites_EN
Q:
好的，我好好看一下，
A:
讨论亲核位点前不久也发了篇，看刚传群共享的Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
Q:
多谢Sob老师[表情]
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2015.11.10 17:24:41
Q:
请问老师对于MP2方法，density关键词表示在计算的时候用的是什么密度呢？
A:
MP2
Q:
和density=mp2 density=current都是等价的吗？
A:
对
你就写density就完了，等价于density=current
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2015.11.10 17:28:46
Q:
sob老师，这个公式里的电子或者空穴的转移积分怎么用高斯计算得到？ [图片]
A:
http://bbs.keinsci.com/thread-1732-1-1.html
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2015.11.10 18:08:23
Q:
谢谢Sob老师，用GV和Multiwfn+VMD的差别大吗？用GV的话也就是将关键字pop=reg(或full)得到的chk文件改为fchk后直接用GV打开得到吗？
A:
你要考察什么？
pop=reg、pop=full完全不影响得到的fchk
不是程序的问题
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2015.11.10 18:29:09
Q:
请问老师计算CHELPG电荷时需要写上原子半径吗？
A:
没提示你写就不用写
原文只对少量主族定义了半径，缺的都得自己补
Q:
提示了，对于Cu原子这个重原子提示我没有半径
我如果写上的话，怎么写呢？
A:
[图片]
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2015.11.10 18:31:59
Q:
具体的某个原子的半径值我从哪里能查到呢？谢谢老师
A:
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
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2015.11.10 18:47:58
Q:
赝势基组算NMR，结果是否可靠？
A:
哪个原子用赝势哪个原子就没法算NMR
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2015.11.10 19:33:53
Q:
Sob老师好，我想问下J_from_g03是可以读取高斯的输出文件来算转移积分的程序，是吧？@Sobereva
A:
y
Q:
那请问下这个程序现在有教程吗
A:
n
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2015.11.10 20:52:36
Q:
请教个问题，如何把[图片]中蓝色竖直线的数据导出来呢
A:
用Multiwfn作图，激发能和振子强度直接能导出来
Q:
请问是把fchk文件先导入到multiwfn中是吧
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
进主功能11后用选项-1，然后把屏幕上的数据圈上复制出来就行了
和fchk文件无关，要载入高斯输出文件
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2015.11.10 20:56:11
Q:
老师，在加电场的时候计算分子的电荷，Mulliken电荷和NPA电荷哪个更准确呢？
A:
跟带不带电场无关
Q:
也就是NPA更准确
A:
一般而言是
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2015.11.10 21:01:48
Q:
好的，我输入文件是这样写的，[图片]，结果文件中却没有找到NPA电荷的输出信息，是不是有什么错误呢？
A:
pop=npa
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2015.11.10 21:02:09
Q:
DFT的缩写到底是哪个[图片]怎么感觉都晕菜了，[图片]
A:
拿google一搜不就知道了
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2015.11.10 21:18:42
Q:
我是百度的。。看完我就晕了····现在明白了，谢谢 @Sobereva
A:
[表情]
教育网可以把百度封了
google解禁
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2015.11.10 21:55:12
Q:
NAO还是SCPA？
[图片][图片]
A:
SCPA得到的轨道成份必为正值，所以PDOS也必为正，而Mulliken方法得到的轨道成份对于高阶虚轨道容易为负，这点在群共享里《分子轨道成分的计算》已经说明了。
NAO只能计算轨道成份，没法用于绘制PDOS，而且只适合用于占据轨道和低阶虚轨道，文中也已说了
Q:
如果当前应用SCPA 方法做的PDOS 那么轨道成分也需要应用该方法么
A:
如果你需要对照讨论则应当如此
Q:
sob 老师应用SCPA方法建议不要有弥散函数在计算的时候如果应用了弥散函数这样计算出来的轨道成份还可靠么
A:
不是不建议，而是绝对不能。
不是不可靠，而是没法用。
Q:
sob老师用NPA的能级线手动展宽出一个PDOS合理吗？
A:
虽然原理上可以把Mulliken/SCPA方法得到的轨道成份替换成NAO方法算出来的来得到PDOS，但是NAO方法用在空轨道上不好，导致PDOS图在空轨道区域不好
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2015.11.11 19:27:32
Q:
[图片]ADF分析0.01989的数值从哪里显示的呢
A:
adndp!=ADF
仔细看屏幕输出
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2015.11.11 20:14:19
Q:
请问，分子坐标轴朝向分子会对自然轨道有影响啊？
程序怎么区分基函数的x,y,z么
A:
谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异
http://sobereva.com/52
Q:
[表情] 这个文章正好针对我的问题
就是，我怎么转scf都是把轨道系数优化到能量最低。K-S轨道看起来都是一样的，系数不一样而已把
A:
对，只影响组合系数，因为基函数本身朝向是不动的。
Q:
但是，对于NBO，NHO这些，他们依赖于基函数的xyz么
A:
什么轨道都一样。旋转体系不影响轨道特征，只影响展开系数。
NBO、NHO最终也照样是通过基函数的线性组合描述的
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2015.11.11 20:42:14
Q:
Sob老师好，我在看《Multiwfn入门tips》时，看到这句话说“如果你是第一性原理的研究者，只用VASP、CASTEP之类的程序，那么Multiwfn中依赖于波
函数的功能都暂时帮不上你(但是只需要提供几何结构的分析功能照样能做)”。我想问下您这里所说的几何结构分析功能有哪些？@Sobereva
A:
零零碎碎一堆，诸如基于promolecular近似的RDG，计算promolecular密度，计算配位数，计算HOMA芳香性指数，aRDG分析等等
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2015.11.11 21:27:37
Q:
假如原子全用核临界点表示，同时把BCP与键径，CCP和RCP都显示出来，但不显示出实际的原子，这样的AIM结果图能叫Molecular graph吗？有没有更贴切的叫法？
A:
叫
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2015.11.11 21:28:02
Q:
[图片]pop=nbosave?? 高斯09是不是不能用了
大小写区分？？
[图片]
savenbos?? 不是savenbo？
cas读入NBO只要guess=read?
A:
chk里存的是什么轨道读的就是什么轨道
Q:
CASSCF计算没有NBO轨道？
[图片]
[图片]
stateaverage CASSCF计算，每个态的权重是在哪里说明？
[图片]这个貌似不对
A:
末尾再空一行用F10.8格式写每个态的权重，比如0.250000000.250000000.250000000.25000000，代表4个态权重都为0.25，使得总和为1就行。
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2015.11.11 21:37:45
Q:
老师您好，multiwfn可以计算两个成键原子对键basin电子的贡献吗？
A:
有办法可以算，但没直接提供相应的功能，所以实现起来步骤比较麻烦
Q:
那老师有其他方法可以知道成键原子对键basin电子的贡献吗
A:
有空时候可以在Multiwfn里支持，但只能支持AIM方式划分ELF盆
Q:
哦，我试一下，谢谢老师
A:
基于AIM划分计算某个原子对ELF盆布居数贡献的代码写好了
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2015.11.11 21:54:14
Q:
老师，怎么把NMR分析的数据导出吗，做成标准谱图，与实验对比啊@Sobereva
A:
gview
Q:
是的，我是有的gview[图片]想导出数据
能导出吗
A:
右键
没事就多瞎点点
Q:
算出来NMR靠谱吗？sob老师
A:
可以靠谱可以不靠谱
H1、C13都可以达到很好精度
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2015.11.11 23:57:11
Q:
CASSCF态平均计算是用POP=NBO，这个时候的NBO分析是对nroot指定的根做的分析还是对态平均的波函数进行的分析？
比如指定基态和第一激发态各占0.5， nroot=2,这个时候的NBO是对激发态的态分析的还是对0.5基态+0.5激发态的分析？
A:
nroot
态平均只不过是影响对轨道优化的权重，和考察哪个态无关。
Q:
上例中如果设激发态的权重为0，是不是最后计算的结果会变成基态的结果，尽管 nroot=2？
A:
不是。只不过轨道是对基态优化，因此激发态波函数的描述质量没有基态好而已
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2015.11.12 00:00:20
Q:
sob老师，请问一个三元酸，和两个碱性不同的碱反应，其他条件相同的条件下，为什么和弱碱反应脱去两个质子？和强碱反应只脱去一个质子？
能否通过计算来说明？谢谢
A:
没具体情况不好说
反正怎么反应归根结底还是自由能变的问题
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2015.11.12 00:10:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
这里的权重和GAMESS里的1-partical 2-partical density里面的权重是不同概念？
老师，请问可极化力场计算速度是比经典力场大概慢多少呢？
A:
那个权重我不清楚
不好说，和力场复杂程度、代码效率关系很大
Q:
有没有可极化力场相关说明的博文？
我在网上看到
Using Multiwfn to calculate (hyper)polarizability density
但是我看最新版的手册没有提到这个功能
如何实现
A:
使用Multiwfn计算超极化率密度
http://sobereva.com/305
WIREs Comput Mol Sci 2015, 5:241–254
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2015.11.12 04:46:42
Q:
道生一，一生二，二生三，三生万物。突然想到三体作用。老子真厉害。
A:
然而诸如此类0即是1、1即是0的看似奥妙的话并没有什么卵用
Q:
老师，深夜在想这些问题，离羽化成仙不远了啦
A:
生即使死，死即是生
挂了等于没挂，没挂等于挂了
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2015.11.12 05:58:11
Q:
请问哪里可以下载chemoffice
A:
链接: http://pan.baidu.com/s/1i3nGBw5 密码: bvnx
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2015.11.12 14:59:48
Q:
请问各位老师，做tddft 用localized orbital basis 和平面波基具体实现上有何区别？
A:
原理一样，差异在积分计算上
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2015.11.12 14:59:48
Q:
在CDA分享中，有[图片]选项，结果形式为[图片]，请问图中画红线的部分具体表示那一个片段的轨道？（在NBO程序中，这个标记很明确，如NAONBO，纵向数字表示NAO，横向数字表示NBO）
A:
屏幕上有明确提示，注意看
Multiwfn输出的所有信息屏幕上都一定会有提示的
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2015.11.12 14:59:48
Q:
ELF函数能直接说明成键情况吗？？哪位大神知道？？
A:
能用来讨论
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2015.11.12 14:59:48
Q:
请问，在gaussview中，如果向基团1添加一个新的基团2，想要让基团2上的特定的某个原子连接到基团1上，如何操作呢？谢谢~~
另外，如果开始画的构型里原子编号比较混乱，现在想分fragments，除了手动调整atom lists里的tag（label），有什么方法能让这些混乱的编号自动刷新，变得有序一些吗？
A:
选定基团后，gview的界面里你可以设hot atom，点一下让之变成青色
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2015.11.12 14:59:48
Q:
[图片] 请教一下我用amber GB MD时小分子跑出蛋白很远这个怎么回事呢？
http://bbs.keinsci.com/thread-2097-1-1.html 我在论坛里的提问帖里面有我用的参数
A:
看轨迹，可能那部分只是穿过盒子边界跑到盒子另一头了
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2015.11.12 15:00:11
A:
现在求文献的又猖獗起来了
还是老规矩，求sci-hub能用的文献两次，直接踢
不要说sci-hub用不了，后缀改.io就完了，群规早就更新了
全文直接就能免费看啊！！！
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0141304
Q:
现在求文献的又猖獗起来了
还是老规矩，求文献两次，直接踢//////同意
A:
不是求文献两次，而是求sci-hub.io能下的文献两次
这点一定要分清
总被一些人以为是我不让在群里求文献，我只是极度反感能自己轻易解决还非要麻烦别人的行为
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2015.11.12 15:07:18
Q:
Sob老师好，我上次问您怎么通过高斯计算电荷转移积分，您给我推荐用J_from_g03这个程序，对于这个程序，我有几个问题不太懂。第一个是，看README里面说要准备三个.com文件[图片]，但是我在几个算例中都没有看到xxx_1.com这个文件，想问下Sob老师为什么？@Sobereva
第二个是，算例里面的0,10,20,30。。。是什么意思呢？
Sob老师好，我上次问您怎么通过高斯计算电荷转移积分，您给我推荐用J_from_g03这个程序，对于这个程序，我有几个问题不太懂。第一个是，看README里面说要准备三个.com文件[图片]，但是我在算例中并没有看到xxx_1.com这个文件，想问下Sob老师为什么？@Sobereva
A:
问j_from_g03作者，我早忘了
Q:
好的，但j_from_g03作者？
嗯，是三个输入文件
这是其中一个算例打开后的截图。[图片]
没看到xxx_1.com这个文件。并且里面的0,10,20,30.。。也不知道什么意思？
A:
此程序里面涉及到文献，看看就明白了
那是二聚体间倾斜角度值
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2015.11.12 15:07:18
Q:
pop=nbo 计算后用guess=read读入的是NBO轨道？
A:
不是
pop=nbo只影响输出文件
savenbo才是把nbo存到chk里
Q:
哦，那在你的CASSCF计算双自由基的例子里面pop=NO的作用是什么呢？
A:
输出自然轨道占据数
自然轨道(NO)跟NBO完全是两码事
Q:
用pop=no的话读入的就是NO的轨道？
A:
NO轨道占据数输出到输出文件里而已
输出文件里记录什么跟chk里记录什么轨道完全是两码事
Q:
哦，CASSCF的pop=savenbos为什么不能用？
A:
bug
可以问客服
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2015.11.12 15:12:09
Q:
[图片]gview装我电脑上全是乱码怎么回事？。。。
A:
可能系统缺失了必要的字体文件
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2015.11.12 15:19:15
Q:
Sob老师打扰您，我用Gaussian的ONIOM（M062x/6-31+g*:Amber)算环糊精包合物，想看环糊精对客体分子HOMO，LUMO轨道的影响。但pop和Oniom似乎无法联用。现在考虑将优化后结构中的环糊精转化为背景电荷算pop，请教Sob老师，高斯中Amber计算是不是不生成电荷呢？如果我想算优化好的结构中环糊精位置上的电荷，是不是还要改用其他方法算呢？@Sobereva
A:
高斯的amber不自动产生电荷。你可以计算环糊精的CHELPG或ADCH电荷
Q:
因为我是算1：2包合，原子数超过300个了 DFT跑要花好几天
谢谢Sob老师指路我没接触过这两种电荷先查一下
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
ADCH电荷原文
Journal of Theoretical and Computational Chemistry Vol. 11, No. 1 (2012) 163-183
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2015.11.12 15:22:46
Q:
老师，对于前线轨道理论的学习能推荐点资料阅读吗？我看了一些中文资料觉得看完还是一头雾水的
A:
群专用邮箱索引里搜orbital
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2015.11.12 15:34:35
Q:
[图片]请问Sobereva老师算电离过程中的振动分辨的光谱出现这样的错误怎么回事呀？
A:
往往是两个态极小点结构相差太大，FC积分太小
Q:
Sobereva老师请问，这样的情况怎么办呀？
A:
没法算
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2015.11.12 15:42:02
A:
新出了个刊物General Chemistry
http://www.genchemistry.org/EN/1000-JOGC/home.shtml
Q:
老师，有影响因子吗
A:
显然没有
最下头那篇引了Multiwfn所以才刚知道这个刊物的
Q:
嘘
A:
刚才没注意到，还真在里面
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2015.11.12 15:52:51
Q:
请问大家，文章的英语润色大概得需要多少钱呢？
大概多少钱？你知道么？
A:
一般都是一千到两千，看词数
有些公司有深度润色，就更贵
Q:
english should be proofread by a native english speaker. There are too many gramatical and sentence errors. 这个需要找个美国人修改么？
那你的意思就是找个英语好的随便改改就可以了？
A:
英语达标就行，绝对不用native
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2015.11.12 16:20:55
Q:
我用oniom计算过渡态，输入文件的关键词oniom=(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=embedcharge ，但是我对L层没有指定电荷，所以就没有必要加入embedcharge吗？我不理解指定电荷有什么意义？
A:
你不设低层电荷，就没法表现低层对高层的静电极化，加了embedcharge也没意义
Q:
老师什么情况下需要设定电荷呢？我不知道我是不是该设定电荷
A:
总应该设
Q:
老师我应该怎样对低层设定电荷呢？
A:
ONIOM若不是特别有必要就别用
对不重要的区域能用低级别基组就用低级别基组，而非用ONIOM
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2015.11.12 16:24:03
Q:
请问老师，out文件中，用零点能和热力学的总能减去hf能量，得到的是零点能吗，或者请问老师有什么地方可以直接读到零点能吗，谢谢老师
A:
直接就输出了ZPE
Q:
谢谢老师，我找找看
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2015.11.12 16:25:52
Q:
[图片]是这个吗？
A:
y
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2015.11.12 16:30:38
Q:
请问老师 Gaussian 的输出文件中有没有质量加权的Hessian矩阵？
A:
无
Q:
正常的Hessian是力常数那一项吧？
A:
是
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2015.11.12 16:48:12
Q:
谁帮我解释下，zeeman分裂和零场分裂有什么关系？
A:
zeeman是加了外磁场导致的分裂，零场分裂是核自旋-电子自旋相互作用导致能级分裂（即外场为0时也会分裂）
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2015.11.12 16:53:23
Q:
请教一下大家，我看了sob老师的帖子，里面提到后HF因为寿命原因不是很推荐使用固态硬盘，请问加一个固态硬盘对于DFT计算有较好的提速作用吗？会不会像后HF一样会比较损耗其寿命？
A:
DFT根本就几乎不读写硬盘，除非是频率计算
不需要考虑SSD
还不多加点内存有益
Q:
谢谢sob老师，请问加内存对DFT提速帮助大吗？因为我看mem%占用率一直不高，不知加内存是否有帮助？
mem%我看了一下一般没有到50%以上
A:
内存够大时自动用incore，这对速度明显有帮助
不用incore时direct SCF几乎不占内存
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2015.11.12 17:04:45
Q:
如果做CDA分析结果显示一个fragment对另一个fragment的donation明显，而反过来back-donation不明显，是否可以说明连接处的键是离子键呢？
A:
不能
配位键也是这种情况
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2015.11.12 17:08:04
Q:
零场分裂的主要来源应该是旋轨耦合吧？
A:
不是旋轨耦合
Q:
过渡金属体系的ZFS是和旋轨耦合有关呀！还是我们说的不是一个东西？
10.1021/ja061798a
A:
你说的是精细耦合（电子自旋-电子轨道角动量之间的），我说的超精细耦合（核自旋-电子自旋之间的）
都造成能级分裂，但不是同一个本质
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2015.11.12 18:03:38
Q:
社友们发一个google网址嘛 google又不能用了
A:
Sobereva(190258442) 21:52:53
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
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2015.11.12 18:42:57
Q:
Molpro安装configure gcc gfortran那一步。机器回复我说molpro里没有gcc gfortran
而且你的帮助是configure -gcc,我输入不加-才能走下一步
A:
就是-gcc，手册里写得很清楚
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2015.11.12 19:32:36
Q:
我问下，b2plyp是属于DFT吗？为什么使用b2plyp计算能量取的值是mp2的？
A:
是DFT，需要在DFT轨道上做MP2计算
高斯里就那样输出的，没有为什么
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2015.11.12 20:03:56
Q:
各位老师，请问下一般下载dll文件在哪儿下载更简单方便点。。。比如glut64.dll
A:
google一搜就完了
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2015.11.12 20:12:10
Q:
CAS用的轨道到底是自然轨道还NBOa
CASSCF用的轨道到底是自然轨道还是NBO啊
A:
一般用分子轨道或者自然轨道
Q:
我记得CAS轨道的本征值都是占据数啊，昨天一个朋友讨论说用NBO做初猜，那就不对了吧
A:
也有人用NBO做初猜，但我觉得没什么好处。
CASSCF可以得到赝正则轨道，就是CASSCF最后优化出来的轨道；也可以得到自然轨道，就是CASSCF密度矩阵的本征矢。也可以经过进一步分析产生NBO之类的
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2015.11.12 20:51:22
Q:
[图片]请教各位这种镜面应用什么软件能够完成呀
想自己做一个镜面不知道该怎么做
就是应用什么软件把图中的两个[图片]镜面画出来类似这个图[图片]
A:
利用VMD里的extensions-analysis-symmetry tool貌似可以
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2015.11.12 20:53:23
Q:
sob老师，自然轨道和MO的区分有没有这方面的资料呢？
A:
[图片]
[图片]
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2015.11.12 20:58:06
Q:
请问高斯计算过度态的时候，我们说的力常数是什么概念呢？
A:
能量对核坐标的二阶导数
Q:
那这个有什么用呢？为什么一般都是只算一次once？
A:
[图片]
Hessian就是力常数矩阵。
过渡态搜索一般要求第一步的时候提供精确的Hessian，但之后每一步都可以用近似的方法基于受力估算Hessian
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2015.11.12 21:00:15
Q:
sob老师，那么NBO是不是就是基于自然轨道的理论？
一组自然轨道组合成一个单电子基函数？
应该不一样的，NBO是对密度矩阵做分块，不是用自然轨道做组合吧
A:
NO是对整个体系的密度矩阵对角化得到的
NBO是对密度矩阵的一个块（对应局部1~3个原子）对角化得到的，可以认为是1~3中心的自然轨道
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2015.11.12 21:02:34
Q:
请问NHO，是按照基函数的s，p去划分的么？
A:
不是
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2015.11.12 21:03:27
Q:
sob老师未来有没有计划在上海开一次培训班呢？
A:
明年下半年可能会
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2015.11.12 21:08:17
Q:
[图片]sob老师，目前我是在这个界面
A:
show按个按钮来回点点，让它刷新一下
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2015.11.12 21:21:04
Q:
老师：能帮我解释一下为什么随着溶剂介电常数的增加，anion-pi相互作用能减弱么？谢谢您@Sobereva
我不知道的是为什么溶剂介电常数越大作用能越弱
我不是太明白为什么偶极大稳定性好能帮我解释一下么谢谢您/害羞
A:
就拿最简单的Born模型来说，对于带电荷为Q，半径为r的圆球，溶解自由能为：
[图片]
溶剂极性越大，介电常数越大，显然溶解自由能越负，体系能量被溶剂降低的越多，因此越稳定
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2015.11.12 21:28:02
Q:
[图片] 为什么会有个坑？？
A:
密度截断设定所致
那部分区域密度超过了settings.ini里的RDG_maxrho
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2015.11.12 21:34:02
Q:
请问各位大神，用Multiwfn怎样分析各部分轨道的贡献呀？也就是怎样可以结合前线轨道理论来分析？怎么能够得到图形和数据一起的那种？这方面我一点都不懂，请各位老师多指导指导
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2015.11.12 21:35:04
Q:
这个电子密度那么大超过了-0.07是不是就应该算是共价键，或者具具有共价键性质？ [Emoticon]
A:
如果结构已经优化过了，可能是很强的氢键，这种情况键长短，也会有些许共价特征
Q:
键长1.53埃，老师，如果再加上aim中拉普拉斯是负数的话，可否在文章中说他是共价键？@Sobereva
A:
真要是负值的话肯定算共价键了
也可以算算键级、ELF
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2015.11.12 21:55:25
Q:
弱弱问一句，[图片]有人遇到过这种病毒吗
A:
中过，极度危险
中了之后先赶紧断网，减少损失扩大
幸好当时重要数据全都有备份，要不就惨了
Q:
啊，90%的word,PDF,text,压缩包全打不开了，呜呜
数据可以恢复吗
A:
几乎没救了
你只能给病毒作者交赎金才能得到解密程序
Q:
不要啊
那重装系统后，这些文件还有毒吗
A:
有
文件已经变成被加密的格式了，和系统无关
而且加密强度很高，原理上只有作者的解密程序才能恢复
Q:
还会传染吗
A:
反正会把你硬盘里所有特定格式的文件全都加密
会扫描整个硬盘
Q:
每个文件夹里都有四个文件，有这四个文件的都打不开[图片]
A:
我中毒是在进一个网页，提示有java更新，就点更新了，但那个java更新里面已经被植入了这个病毒
是的，说明这样的目录下所有指定类型的文件全都被加密了
Q:
数据修复真不行吗
A:
不行
Q:
那不完了
A:
没错
特别重要的话就只能按照里面的链接交赎金
Q:
如果有少数能打开的，那这种还有病毒吗，会传染吗
A:
病毒在你后台运行着呢，那些没被加密的，要么是不属于这种病毒迫害的范畴，要么就是病毒还没扫描到这些目录，但之后肯定也会被感染
总之，你先赶紧断网再说，加密用的信息是通过网络传到你机子上的
你会发现CPU有一定占用率，这正是病毒在加密数据
Q:
那把那些没有中毒的考到优盘上，优盘会中毒吗
A:
不会
Q:
好多
好的
A:
你拷完了赶紧罢了优盘，省得病毒扫描到你优盘时又把优盘里的东西加密了
Q:
嗯
A:
当年为了避免再中这个病毒，把每个分区里放了一个几G的名为a.rar的文件，病毒会先加密a打头的文件。这样有个巨大的文件拖延住病毒侵害，就可以及时发现异常
那些方案几乎都没用
已经流行了两三年，作者牟利甚巨
Q:
那怎么清除它呢
格式化？
A:
用杀毒程序可以处理，当然你重装是最干净的，也建议重装，因为很多系统文件都被它搞坏了，即便杀了毒，系统有时候运行也会比较怪异
交赎金的链接都是通过特殊方法处理过的，很难追查
Q:
除了c盘，其他盘需要格式化吗
A:
不用。
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2015.11.12 22:04:22
Q:
老师们，能不能打断一下，我想请教零点能校正的问题[表情][表情][表情]
A:
有相应的博文
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2015.11.12 23:02:24
Q:
不好意思，问一个gpu的问题，我的电脑是i7 2.80GHz，显卡是GT218。
我想用gpu跑MD，看聊天记录，Sob前辈推荐GTX770，或者GTX780.
我的问题是，我这样老旧电脑还能用地上GPU吗？
第二个问题是，gpu会不会依赖电脑其它特性，因为我担心买了gpu后可能与电脑不兼容。
请各位老师们给些建议，跪谢跪谢跪谢.....
A:
不会不兼容
标准的ATX就可以
即便中高端GPU，有个额定400W电源也够了
Q:
Tao老师，我是用GMX来做MD的...
centos，不知道有没有拖后腿...
A:
没问题
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2015.11.12 23:04:01
Q:
请问sob老师，用低级别方法计算热力学校正量，然后用高级别方法进一步优化结构并计算单点能，最后将单点能和校正能量相加给出最终的能量，这样计算能量可以吗，审稿老师会不会有意见？
A:
应当是用中低级别优化和计算热力学校正量，高级别算单点（如果用中级别优化也可以）
这是司空见惯的，如果审稿人不服，塞给他几篇热力学组合方法的文献
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2015.11.13 16:12:42
Q:
我跑irc的时候，我设置了正反方向30个点，跑了54步，突然发现任务终止了，也没出错信息，这是为什么呢
A:
跑到极小点了，自动结束
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2015.11.13 16:12:42
Q:
请教各位高手，如何能判断两个分子之间是存在氢键还是pi-pi作用？还是二者都有，哪个作为主导，得做什么样的计算呢？先谢谢
能不能用计算辅助一下呢？@爱的魔咒
我也是看单晶觉得可能二者都有
不过哪个是主导，或是用计算辅助一下这种猜测
Hirshfeld表面分析也可以分析晶体中作用力？我是两个小的有机分子，其中一个分子质子化
也试用么
A:
一看结构自然就清楚了，也可以结合RDG分析。hirshfeld surface恩熙也可以
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2015.11.13 16:12:42
Q:
，我重装了系统，格式化了d,e,f盘，那我可以把那些能打开的的文件考过来吗，需要用什么杀毒软件对这些文件处理下吗
A:
能。不用处理
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2015.11.13 16:12:42
Q:
[图片]这里的单位都是a.u.吗
A:
是。手册2.6节开头说了，凡是没注明单位的一律都是a.u.
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2015.11.13 16:12:42
Q:
话说用sob老师的软件是不是可以画这个图?
[图片]
A:
Days 不能
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2015.11.13 16:12:42
Q:
大侠：您们好！假如对一个H2O分子而言：采用GGA/BPW91/6-311+g*计算，那么这个水分子体系的总的基函数数量是多少个呢？先谢谢了！
A:
实际一算，程序一开始就输出了
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2015.11.13 16:12:42
Q:
各位老师，算电荷分布的时候，为什么用NPA和NBO算出的结果不一样呢
好的我截个图啊
[Image][Image]这个是npa计算结果
[Image][Image]这个是nbo计算的
[图片]这个是nbo计算的
[图片][图片]这个是npa计算结果
[图片]
1,3,5号原子区别还有些大
[图片]看起来是电荷在这个环上转移了
恩恩 B原子电荷确实是转移到环上其他的碳上去了。有些迷惑的是结构都是优化到稳定结构了，电荷也应当是处于一个平衡状态，为什么选这两个不同的关键词还会出现这种转移现象？
A:
pop=NPA和pop=NBO输出的NPA电荷是完全一样的。你加了IOp自然没有可比性。算NPA电荷没必要加弥散，不用极化函数太恶心
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