计算化学公社

标题: GROMOS程序免费了 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-6 08:45
标题: GROMOS程序免费了
以前GROMOS程序都是收费的，今天突然发现已经开源免费了，可以直接注册下载，不需要edu邮箱：http://www.gromos.net

作者
Author: zsu007 时间: 2021-3-6 10:09
谢谢社长分享！

作者
Author: exity 时间: 2021-3-6 14:04
看这名字是不是和gmx有啥亲缘关系？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-6 20:42

exity 发表于 2021-3-6 14:04
看这名字是不是和gmx有啥亲缘关系？

GROMACS是90年代初从GROMOS派生出来的，俩程序开发理念不同。GROMACS对速度极为重视，而GROMOS程序的开发者就是GROMOS力场的开发者，看重力场开发。GROMACS里还能看到GROMOS的影子，比如.gro格式就是GROMOS来的。如今GROMACS和GROMOS已经完全脱离关系了，甚至GROMACS有的开发者还想把GROMOS力场都从GROMACS中去掉。

作者
Author: exity 时间: 2021-3-7 08:08

sobereva 发表于 2021-3-6 20:42
GROMACS是90年代初从GROMOS派生出来的，俩程序开发理念不同。GROMACS对速度极为重视，而GROMOS程序的开发 ...

所以现在gmx广泛流行也证明了速度对MD软件而言是至关重要的吗?
另外受社长影响，我只用过GAFF和AMBER系列力场，GROMOS力场有何优劣？社长能否点评一二？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 00:23

exity 发表于 2021-3-7 08:08
所以现在gmx广泛流行也证明了速度对MD软件而言是至关重要的吗?
另外受社长影响，我只用过GAFF和AMBER系 ...

是。而且gmx非常灵活，常用功能都支持得较完善，又开源免费

一般来说没有什么强烈的理由需要特意用GROMOS系列力场，因为用AMBER、CHARMM也照样挺好。GROMOS96系列力场由于是联合原子力场，主要是跑一些CH、CH2、CH3占较大部分的情况，如磷脂膜，耗时比较低，这是个明显好处。

作者
Author: alwens 时间: 2021-3-28 11:52
天下武功唯快不破。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-5 06:30
本帖最后由喵星大佬于 2021-9-6 09:00 编辑

sobereva 发表于 2021-3-6 20:42
GROMACS是90年代初从GROMOS派生出来的，俩程序开发理念不同。GROMACS对速度极为重视，而GROMOS程序的开发 ...

有的开发者还想把GROMOS力场都从GROMACS中去掉。

指grompp的时候弹一些yygq的警告

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