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标题: 求助运行pull.tpr文件出问题 [打印本页]

作者
Author:
gmx-xx    时间: 2021-3-6 12:01
标题: 求助运行pull.tpr文件出问题
本帖最后由 gmx-xx 于 2021-3-6 15:33 编辑

请问大家为什么我运行pull.tpr文件的时候,提示我的体系电势能特别大,应该怎么解决呢?是因为没有进行能量最小化吗?
The total potential energy is 1.07439e+12, which is extremely high.
The LJ and electrostatic contributions to the energy are 1.07439e+12 and
-59769.3, respectively. A very high potential energy can be caused by
overlapping interactions in bonded interactions or very large coordinate
values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial
configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.





作者
Author:
sobereva    时间: 2021-3-6 20:48
这是势能,不是“电势能”
大概率是体系中有不合理的接触。先做能量极小化再说
作者
Author:
gmx-xx    时间: 2021-3-6 20:53
sobereva 发表于 2021-3-6 20:48
这是势能,不是“电势能”
大概率是体系中有不合理的接触。先做能量极小化再说

那请问老师,如果我的pull.mdp文件里写了能量最小化的程序了,是最小化的时间不够长吗?
作者
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sobereva    时间: 2021-3-7 05:34
gmx-xx 发表于 2021-3-6 20:53
那请问老师,如果我的pull.mdp文件里写了能量最小化的程序了,是最小化的时间不够长吗?

语义不明
pull是MD过程,不可能和能量极小化自动一起做。能量极小化也没时间的概念。搞清楚逻辑




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