计算化学公社

标题: 请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？ [打印本页]
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-19 18:53
标题: 请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？
如图所示，展示的是如何消除dmol3计算所得到的虚频，但是看了半天还是没有看懂，到底是如何操作的？？？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-19 19:14
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-19 20:25 编辑

这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；
2、到计算得到的xsd文件中measure一下键长；
3、选中键长，在propertis的栏中将length放大振动坐标的0.3~0.5；
4、不使用原来的Hessian重新优化。

不恰当的精度及收敛标准也会导致虚频，所以可以提升计算精度（积分格点、多极展开等）。比如使用GDIIS也可以尝试，对于DMol3只能在直角坐标下使用。详细也可以参考http://sobereva.com/278，虽然不能像Gaussian使用calcall。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-19 19:35
卡开发发 发表于 2015-11-19 19:14
这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；

老兄，你是哪里得到这种消除虚频方式啊？？？这种方式是不是对任何体系都有效果？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-19 19:57
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-19 20:55 编辑
zyj19831206 发表于 2015-11-19 19:35
老兄，你是哪里得到这种消除虚频方式啊？？？这种方式是不是对任何体系都有效果？

和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~0.5，现在改过来了。
后来想了想，还有更懒的办法，vib analysis之后双击负频率的mode出现轨迹，然后把振动到一半的结构存下来拷贝下来拿去继续算。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-19 21:25
卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

不使用原来的hessian是什么意思？？？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-19 21:28
zyj19831206 发表于 2015-11-19 21:25
不使用原来的hessian是什么意思？？？

就是勾选Use starting Hessian，否则Hessian的initial guess会读取原来的结果。
作者
Author: smutao    时间: 2015-11-20 06:27
放到高斯里消完了再放ms里
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-20 11:15
本帖最后由 zyj19831206 于 2015-11-20 11:16 编辑
卡开发发 发表于 2015-11-19 21:28
就是勾选Use starting Hessian，否则Hessian的initial guess会读取原来的结果。

兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上来吗？多谢多谢，听你那么说，还是有点迷糊
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-20 13:57
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-20 14:15 编辑
zyj19831206 发表于 2015-11-20 11:15
兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上 ...

过渡态的虚频应该通过过渡态优化来消除，原理是本征值跟踪法http://sobereva.com/44
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-20 19:54
zyj19831206 发表于 2015-11-20 11:15
兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上 ...

你的三个文件又是都一样的。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-20 22:19
卡开发发 发表于 2015-11-20 19:54
你的三个文件又是都一样的。

不一样的，你看文件大小都不同
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-20 22:47
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-20 22:50 编辑
zyj19831206 发表于 2015-11-20 22:19
不一样的，你看文件大小都不同

pr和re一样，不过我猜到啥反应了，我试试看，稍后。
对了，计算参数好像没说吧。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 00:26
卡开发发 发表于 2015-11-20 22:47
pr和re一样，不过我猜到啥反应了，我试试看，稍后。
对了，计算参数好像没说吧。

Gga和pbe
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 00:36
zyj19831206 发表于 2015-11-21 00:26
Gga和pbe

气态反应？
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 09:59
卡开发发 发表于 2015-11-21 00:36
气态反应？

是天然产物有机反应，我就是纳闷虚频这么多，到底怎么消除？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 10:09
zyj19831206 发表于 2015-11-21 09:59
是天然产物有机反应，我就是纳闷虚频这么多，到底怎么消除？

你拿来的两个构型看了下都没进行优化，后来我就优化了一下反应物和产物构型。估计产物的构型够呛能形成得了，O……H的距离实在太近。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 10:24
卡开发发 发表于 2015-11-21 10:09
你拿来的两个构型看了下都没进行优化，后来我就优化了一下反应物和产物构型。估计产物的构型够呛能形成得 ...

我都是直接在ts search 中优化的，这样不好吗？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 10:39
zyj19831206 发表于 2015-11-21 10:24
我都是直接在ts search 中优化的，这样不好吗？

最好别这样，有时候如果我们都没办法预判反应物或产物构型是否存在，这样搜索过渡态就没有意义了。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 14:01
卡开发发 发表于 2015-11-21 10:39
最好别这样，有时候如果我们都没办法预判反应物或产物构型是否存在，这样搜索过渡态就没有意义了。

兄弟，你能把调节虚频的过程用图片表示出来吗？或者一个视频？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 14:45
zyj19831206 发表于 2015-11-21 14:01
兄弟，你能把调节虚频的过程用图片表示出来吗？或者一个视频？

有特定的结构吗？
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 16:15
卡开发发 发表于 2015-11-21 14:45
有特定的结构吗？

就是上面发的那个结构。。。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 16:28
zyj19831206 发表于 2015-11-21 16:15
就是上面发的那个结构。。。

那个做不出，可能没有那个反应，H转移到C上的构型优化后还是会回到O。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 17:40
卡开发发 发表于 2015-11-21 16:28
那个做不出，可能没有那个反应，H转移到C上的构型优化后还是会回到O。

那老兄，你发个你自己做过的反应吧，是怎么将虚频调节掉的过程，多谢！！！
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 17:43
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-21 17:44 编辑
zyj19831206 发表于 2015-11-21 17:40
那老兄，你发个你自己做过的反应吧，是怎么将虚频调节掉的过程，多谢！！！

我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt一般能够解决问题。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 17:59
卡开发发 发表于 2015-11-21 17:43
我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt ...

每次我一 ts opt就把所有的虚频都消除了，不知道是为什么？
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 18:22
卡开发发 发表于 2015-11-21 17:43
我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt ...

我所计算的就是反应1的过渡态。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-21 19:30
zyj19831206 发表于 2015-11-21 18:22
我所计算的就是反应1的过渡态。

哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-21 20:17
卡开发发 发表于 2015-11-21 19:30
哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。

兄弟，你把你的操作过程都写出来啊，我是新手，虽然例子看了很多，但是实际操作有时候还是很模糊。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-22 07:47
zyj19831206 发表于 2015-11-21 20:17
兄弟，你把你的操作过程都写出来啊，我是新手，虽然例子看了很多，但是实际操作有时候还是很模糊。

行，要是能把这个反应做出来的话我做成视频，Dmol3用有限差分的方法计算频率有点慢，稍后。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-22 10:17
卡开发发 发表于 2015-11-22 07:47
行，要是能把这个反应做出来的话我做成视频，Dmol3用有限差分的方法计算频率有点慢，稍后。

好的，多谢兄弟！
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-23 08:22
卡开发发 发表于 2015-11-21 19:30
哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。

兄弟，可计算好了？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-23 08:45
zyj19831206 发表于 2015-11-23 08:22
兄弟，可计算好了？

还没，手头的服务器是老Xeon的，主频也不高，算频率41原子大约6个小时。还有，尝试了两个构象都失败了，H转移的距离有点长。

你那个模型搭建有点问题，有机化学当中楔形模型虚线键朝纸面内，实线朝外。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-23 10:24
卡开发发 发表于 2015-11-23 08:45
还没，手头的服务器是老Xeon的，主频也不高，算频率41原子大约6个小时。还有，尝试了两个构象都失败了，H ...

是不是得完全按照书本那个RS构型才能计算的出来？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-23 11:32
zyj19831206 发表于 2015-11-23 10:24
是不是得完全按照书本那个RS构型才能计算的出来？

那是肯定的，要不然算的都不是同一个反应。还有，要接近真实环境，还得看反应是否在溶剂中进行，必要的话溶剂化应当考虑。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-23 13:11
卡开发发 发表于 2015-11-23 11:32
那是肯定的，要不然算的都不是同一个反应。还有，要接近真实环境，还得看反应是否在溶剂中进行，必要的话 ...

是不是指向不同，导致的过渡态能量会有所不同。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-23 13:34
zyj19831206 发表于 2015-11-23 13:11
是不是指向不同，导致的过渡态能量会有所不同。

对于R、S不同的结构，这种根本不是构象上的不同，也就是说，根本就不是同一个物质了。这种反应性上的差异可以很不同。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-24 14:09
卡开发发 发表于 2015-11-23 13:34
对于R、S不同的结构，这种根本不是构象上的不同，也就是说，根本就不是同一个物质了。这种反应性上的差异 ...

兄弟计算好，可以发上来，大家可以都看得到，
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-24 14:24
zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:09
兄弟计算好，可以发上来，大家可以都看得到，

还在算，得稍等，有些构型在尝试，也有可能做不出。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-24 14:48
卡开发发 发表于 2015-11-24 14:24
还在算，得稍等，有些构型在尝试，也有可能做不出。

应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-24 14:55
zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:48
应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。

先看看，也有可能某些C原子R or S猜的不对，那个结构有些地方信息不全。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-25 09:48
zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:48
应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。

我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是个人觉得搜索到的TS应该不可靠，TS opt做下来displacement根本收敛不了。

首先先说一下前面的问题，有机化学里面楔形模型一头大一头小的实线表示键是纸面朝外的，虚线则纸面朝里。

按照这个原则构建了模型（为了消除不同版本xsd打不开的问题，我还是转换成了car文件，如果还有问题我可以再想办法上传）：
(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7)
一开始我大致认为H的转移距离就太长了，其中O的转移距离达到3A，H的转移则已经是5A。
(, 下载次数 Times of downloads: 108)

计算的方法我采用的是PBE-D/DNP(v3.5)，修改多极展开为16，截断半径采用4.5A，其余的收敛标准积分精度等使用的是默认的fine。对于过渡态搜索，采用了LST/QST，fine和medium没做出来，coarse能够得到一个结构，该结构进行过频率计算，确实仅有一个虚频在-200左右，能垒为75kcal/mol。但该结构进行TS opt是做不出来的，TS confirmation我没做，估计也没戏。

整个过程也没有什么太多可圈可点的地方，整个过程处理的不算成功，视频就不录了。如果大家愿意尝试使用Gaussian来验证一下也行，目测应该不会是泛函导致的差异。

作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-25 11:09
卡开发发 发表于 2015-11-25 09:48
我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是 ...

用精度高的无法搜索出过渡态？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-25 11:13
zyj19831206 发表于 2015-11-25 11:09
用精度高的无法搜索出过渡态？

我没等到5个QST的cycle全部走完。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-25 16:07
卡开发发 发表于 2015-11-25 11:13
我没等到5个QST的cycle全部走完。

看来就算是完全照着文献和书，搜索不出来的过渡态还是一大堆，是不是这些人写文献的时候，细节没说清楚呢？导致我们重复不出来？？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-25 17:09
zyj19831206 发表于 2015-11-25 16:07
看来就算是完全照着文献和书，搜索不出来的过渡态还是一大堆，是不是这些人写文献的时候，细节没说清楚呢 ...

有些书比较扯，有些不太好的文献尽可能别看。我把溶剂化效应加上看看对结构有啥影响没有。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-25 18:31
卡开发发 发表于 2015-11-25 17:09
有些书比较扯，有些不太好的文献尽可能别看。我把溶剂化效应加上看看对结构有啥影响没有。

我用了你上传的结构，依然搜索不出过渡态。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-25 18:38
zyj19831206 发表于 2015-11-25 18:31
我用了你上传的结构，依然搜索不出过渡态。

按照我的精度做应该可以做出来。溶剂化加上也不行，结果半斤八两。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-25 20:24
卡开发发 发表于 2015-11-25 18:38
按照我的精度做应该可以做出来。溶剂化加上也不行，结果半斤八两。

的确还是搜索不出来，有机化合物就是rs麻烦，你把你搜索过程曲线给我看看，然后把那个虚频振动方向传上来给我看看
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-26 04:02
本帖最后由 卡开发发 于 2015-11-26 04:23 编辑
zyj19831206 发表于 2015-11-25 20:24
的确还是搜索不出来，有机化合物就是rs麻烦，你把你搜索过程曲线给我看看，然后把那个虚频振动方向传上来 ...

搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显不对。 (, 下载次数 Times of downloads: 100)
(, 下载次数 Times of downloads: 106)


作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-26 08:44
卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

感觉搜索曲线不算对称啊，是不是对称会更好点？
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-26 09:55
卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

你是怎么消虚频的，能演示看看吗，怎么选取长度，怎么除以2或者3？
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-26 10:33
卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

还是搜索不出来啊，
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-26 11:20
zyj19831206 发表于 2015-11-26 10:33
还是搜索不出来啊，

用我给的计算参数试试看，不行就私下聊。
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-26 11:20
zyj19831206 发表于 2015-11-26 09:55
你是怎么消虚频的，能演示看看吗，怎么选取长度，怎么除以2或者3？

没消，搜出来就那样的。
作者
Author: zyj19831206    时间: 2015-11-29 13:17
卡开发发 发表于 2015-11-25 09:48
我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是 ...

你选择这些参数都是看文献的，还是自己的经验？？？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2015-11-29 20:08
zyj19831206 发表于 2015-11-29 13:17
你选择这些参数都是看文献的，还是自己的经验？？？

懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。
作者
Author: caofan_success    时间: 2017-1-13 16:43
卡开发发 发表于 2015-11-29 20:08
懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。

看了整个帖子，佩服二位的科研精神！
作者
Author: tianyongpan    时间: 2018-4-13 09:34
卡开发发 发表于 2015-11-19 19:14
这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；

老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢
作者
Author: tianyongpan    时间: 2018-4-14 08:54
tianyongpan 发表于 2018-4-13 09:34
老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢

振动坐标的0.3~0.5是啥意思，小白一个，多谢！
作者
Author: 14wqlin    时间: 2020-8-9 19:36
卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

你好，怎么把振动到一半的结构存下来拷贝下来，我将轨迹xtd文件振动到一半的结构另存为car文件，看到原子坐标跟原来的结构是一样的，就算继续算虚频还是跟原来的结构一样
作者
Author: 卡开发发    时间: 2020-8-9 20:15
14wqlin 发表于 2020-8-9 19:36
你好，怎么把振动到一半的结构存下来拷贝下来，我将轨迹xtd文件振动到一半的结构另存为car文件，看到原子 ...

暂停后直接复制，贴到xsd。
作者
Author: goosebay    时间: 2022-5-12 10:14
实在佩服“卡开发发”老哥的回答，这个回答竟然跨越了7年
作者
Author: 就想要台服务器    时间: 2022-7-21 22:06
卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

您好，卡老师，请问这个振动到一半的结构是是指我们想要的那个虚频吧？我过渡态搜索出现了三个虚频，都差不多大小，TS op之后还是出现了这三个虚频，没有变，不知道哪里出现了问题，所以想用您说的这个方法
作者
Author: 卡开发发    时间: 2022-7-22 00:24
就想要台服务器 发表于 2022-7-21 22:06
您好，卡老师，请问这个振动到一半的结构是是指我们想要的那个虚频吧？我过渡态搜索出现了三个虚频，都差 ...

TS opt还有虚频应该看看啥原因，如果是吸附体系，得看看是否对应着吸附分子转动，可能涉及到表面不够大等诸多问题。另外就是计算精度要足够，积分网格精度低也会导致噪声。如果没这些问题可以在新计算的频率基础上继续做TS opt。
作者
Author: 就想要台服务器    时间: 2022-7-24 12:10
卡开发发 发表于 2022-7-22 00:24
TS opt还有虚频应该看看啥原因，如果是吸附体系，得看看是否对应着吸附分子转动，可能涉及到表面不够大等 ...

嗯嗯，谢谢卡老师，我看了一下，多余的两个虚频对应的是我底层原子的振动，两个虚频是相反的振动，但是我把底层原子已经固定了笛卡尔坐标和分数坐标，还是会出现这种振动虚频，我先去尝试一下您给的建议，但是您觉得这个会和什么有关呢？再次感谢卡老师
作者
Author: 卡开发发    时间: 2022-7-24 16:27
就想要台服务器 发表于 2022-7-24 12:10
嗯嗯，谢谢卡老师，我看了一下，多余的两个虚频对应的是我底层原子的振动，两个虚频是相反的振动，但是我 ...

你应当使用partial Hessian，这个在properties-freq里面有选项，然后选中那些未被固定的原子即可。
作者
Author: 就想要台服务器    时间: 2022-7-27 22:00
卡开发发 发表于 2022-7-24 16:27
你应当使用partial Hessian，这个在properties-freq里面有选项，然后选中那些未被固定的原子即可。

好的好的，十分感谢卡老师！
作者
Author: 1130240115    时间: 2023-4-27 23:01
各位老师，请问一下，我用Dmol3搜索过渡态，在做TS opt时遇到SCF不收敛的问题，有哪些措施可以解决这一问题？请问如果我微调TS search得到的过渡态结构可以解决这一问题吗？
作者
Author: Edenyidi    时间: 2025-6-8 10:41
smutao 发表于 2015-11-20 06:27
放到高斯里消完了再放ms里

还可以这么操作吗哈哈哈



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3