计算化学公社

标题: 求助：cp2k利用rdf计算迁移能垒的方法对于gromacs模拟的rdf是否适用？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-3-7 18:34
标题: 求助：cp2k利用rdf计算迁移能垒的方法对于gromacs模拟的rdf是否适用？
请问用cp2k计算出的rdf来计算第一配位层和第二配位层的原子迁移能垒的方法是否对于MD模拟也适用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-7 23:58
适用

作者
Author: nianbin 时间: 2023-3-14 21:00
我也遇到这个问题，请问求得rdf之后如何转化为迁移能垒呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 14:11

nianbin 发表于 2023-3-14 21:00
我也遇到这个问题，请问求得rdf之后如何转化为迁移能垒呢

看具体体系，计算rdf并不是算迁移能垒的标准方法
诸如固体表面上的迁移能垒，更多的是通过诸如CI-NEB找过渡态然后算的
靠rdf计算一般是用于液相比较多，诸如熔盐中的阴阳离子对

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作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-10-7 19:50

sobereva 发表于 2023-3-15 14:11
看具体体系，计算rdf并不是算迁移能垒的标准方法
诸如固体表面上的迁移能垒，更多的是通过诸如CI-NEB找 ...

卢老师您好，想请教下老师如果想做您在培训班讲授的实例2中的正癸烷热解模拟轨迹的PMF来计算整体反应的自由能垒如何填写VMD中的Radial Pair Distribution Fuction g(r)界面的Selection 1 和 Seclection 2中的内容？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-10 21:32

Gzh_NJ 发表于 2023-10-7 19:50
卢老师您好，想请教下老师如果想做您在培训班讲授的实例2中的正癸烷热解模拟轨迹的PMF来计算整体反应的自 ...

基于常规MD轨迹算的rdf折算成PMF仅限于特定情况，对当前问题不适用

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-10-11 08:01

sobereva 发表于 2023-10-10 21:32
基于常规MD轨迹算的rdf折算成PMF仅限于特定情况，对当前问题不适用

谢谢卢老师，请教下老师热解过程的整体反应的自由能垒有办法考察吗？感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 10:59

Gzh_NJ 发表于 2023-10-11 08:01
谢谢卢老师，请教下老师热解过程的整体反应的自由能垒有办法考察吗？感谢老师

用metadynamics之类方法

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-10-11 18:31

sobereva 发表于 2023-10-11 10:59
用metadynamics之类方法

谢谢卢老师，我研究下

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