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标题: IRC问题求助 [打印本页]

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-20 08:57
标题: IRC问题求助
大家好，我在做C+CO2=CO+O时，得到过渡态，然后做IRC，得到的IRC图线是对称的，并且指向的反应物和生成物是一样的，这是怎么回事呢？
这是我的输入文件：
opt=(calcfc,ts,cartesian,maxcycle=200,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d)
guess=core geom=connectivity int=ultrafine scf=noincfock

这是得到的IRC
irc=(maxpoints=100,rcfc,stepsize=5) rb3lyp/6-31g(d) guess=huckel
int=ultrafine scf=(noincfock,maxcycle=200)

以下两幅图分别是指向反应物和生成物的。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-20 09:17
C+CO2=CO+O肯定不对啊，原子数都不一样。

最好直接把IRC输出文件压缩下传上来。
光从你的图上看，很可能是过渡态没找对，不是反应过渡态，而是CO二聚体构型变化的过渡态。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-20 14:09
0.25 hartree，150 kCal/mol，这反应废了(-_-)以及C真的是C原子么

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-20 17:56

sobereva 发表于 2015-11-20 09:17
C+CO2=CO+O肯定不对啊，原子数都不一样。

最好直接把IRC输出文件压缩下传上来。

谢谢sobereva老师，我的生成物写错了，应该是两个CO。附件是我做IRC得到的log文件，麻烦老师帮我看一下，谢谢您。
sobereva老师，我在做O+NO=NO2反应，找到一个过渡态后，做IRC，也是出现和上面一样的问题，IRC指向的反应物和生成物是一样的，附件里有我做IRC时得到的log文件。谢谢老师!

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-20 17:57

liyuanhe211 发表于 2015-11-20 14:09
0.25 hartree，150 kCal/mol，这反应废了(-_-)以及C真的是C原子么

是C原子，是不是我的过渡态找错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-21 02:40

dy19930508 发表于 2015-11-20 17:56
谢谢sobereva老师，我的生成物写错了，应该是两个CO。附件是我做IRC得到的log文件，麻烦老师帮我看一下， ...

你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过渡态还不好说，像O+NO这个，你对打来的O和N之间做一下距离的柔性扫描，就很容易判断了。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-21 04:11

dy19930508 发表于 2015-11-20 17:57
是C原子，是不是我的过渡态找错了。

C 2s2, 2p2原子是个双自由基，这么搞多重度好像不大和谐

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-21 08:37

sobereva 发表于 2015-11-21 02:40
你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过 ...

恩，我做一下柔性扫描，十分感谢sobereva老师！

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-21 08:38

liyuanhe211 发表于 2015-11-21 04:11
C 2s2, 2p2原子是个双自由基，这么搞多重度好像不大和谐

嗯，谢谢您的指点，十分感谢！

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-21 19:27

sobereva 发表于 2015-11-21 02:40
你找到的都是过渡态，这种IRC也是合理的，但是并不对应于你说的化学反应的过渡态。
这两个反应是否有过 ...

sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是表示没有过渡态？还是需要对键角也做一个柔性扫描呢？附件是我的输入文件和做IRC得到的log文件，希望老师能指点我一下。非常感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-21 21:25

dy19930508 发表于 2015-11-21 19:27
sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是 ...

这就是说明没过渡态
键角没必要扫了，因为你柔性扫描键长的时候键角已经自动优化到最佳了。

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-11-21 22:51

sobereva 发表于 2015-11-21 21:25
这就是说明没过渡态
键角没必要扫了，因为你柔性扫描键长的时候键角已经自动优化到最佳了。

十分感谢老师的指导！

作者
Author: alan 时间: 2015-12-29 15:32

dy19930508 发表于 2015-11-21 19:27
sobereva老师，我做了已经优化过的NO2其中一个N-O键的距离柔性扫描，得到一个抛物线型的曲线，这样是不是 ...

请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

作者
Author: root 时间: 2015-12-29 21:44

alan 发表于 2015-12-29 15:32
请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

从NO+O’出发，随着N与O’距离靠近，势能一路下降就能到达NO2的势阱里，
也就是说，反应路径上不会出现垒，当然也就不存在过渡态了

再比如H2O、NH3分子解离掉一个H原子，也没有过渡态，类似的例子很多很多

作者
Author: root 时间: 2015-12-29 21:53

alan 发表于 2015-12-29 15:32
请问你这个柔性扫描得出的结果，是怎么判断没有过渡态的呢？

有一个很有意思的例子是O(1D)+CH4，它有四个无过渡态的反应通道和4个有过渡态通道，感兴趣的话可以去看看，http://dx.doi.org/10.1039/C5CP04278J

(, 下载次数 Times of downloads: 36)

作者
Author: alan 时间: 2015-12-29 22:47

root 发表于 2015-12-29 21:44
从NO+O’出发，随着N与O’距离靠近，势能一路下降就能到达NO2的势阱里，
也就是说，反应路径上不会出现 ...

你好，我最近做了relaxed scan然后求过渡态，虽然求出了一个虚频不大的过渡态，但是做IRC没有得到理想的结果，我怀疑我scan找的鞍点不对（by the way,我的柔性扫描没有正常结束，但看到一个弱弱的鞍点，就拿来求过渡态了）。可以麻烦你看看我的scan为什么错误结束吗？以及，图中倒数第二点是否可以认为是鞍点？

作者
Author: root 时间: 2015-12-29 23:15

alan 发表于 2015-12-29 22:47
你好，我最近做了relaxed scan然后求过渡态，虽然求出了一个虚频不大的过渡态，但是做IRC没有得到理想的 ...

能量几乎是一直升高，到倒数第二个构型的时候，S与C的距离都已经超过4 $\AA$了，十有八九这个解离过程也是没有过渡态的。

最后一个点与倒数第二个构型相比在空间上的取向更稳定一些，你用倒数第二个构型做初始猜想找出来的过渡态，得到的也只会是连接了分子在空间相对取向上的两个局域极小值。

4 Angstrom已经可以算是解离产物了，再远算的意义不大。至于最后错误的结束，是因为最后一步的优化没结束，本质原因是两个碎片距离太远了，之间的相对作用力太小

作者
Author: alan 时间: 2015-12-29 23:30

root 发表于 2015-12-29 23:15
能量几乎是一直升高，到倒数第二个构型的时候，S与C的距离都已经超过4 $\AA$了，十有八九这个解离过程也 ...

所以可以在文章里说明，这个断键通过relaxed scan后，不考虑过渡态，即不考虑此断键反应路径了，是吧？谢谢~~~（这个过渡态算了好久。。）

话说，顺便提一个奇怪的现象，我求的过渡态做IRC（两个方向同时做），得到的轨迹如下图。根本不是身为过渡态的一阶鞍点图形，这个IRC路径是不是也可以从侧面反应出此过渡态的不存在？谢谢！

作者
Author: root 时间: 2015-12-30 01:07

alan 发表于 2015-12-29 23:30
所以可以在文章里说明，这个断键通过relaxed scan后，不考虑过渡态，即不考虑此断键反应路径了，是吧？谢 ...

是的，我觉得是没有过渡态的。

对于IRC，先不看这个曲线的形状，从两端的构型上看，就是空间取向改变了一下，能量略有下降。也就是说这个“过渡态”与解离反应无关。
再说形状，从IRC=0到附近的极大值点，能量变化其实很小，只有2个波数，是因为优化过渡态的时候收敛标准不严格，以及这个构型本来就比较软，在一般的优化步长下难以准确走到驻点。所以这个IRC也不算奇怪。

作者
Author: alan 时间: 2015-12-30 14:24

root 发表于 2015-12-30 01:07
是的，我觉得是没有过渡态的。

对于IRC，先不看这个曲线的形状，从两端的构型上看，就是空间取向改变 ...

太谢谢你了~

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