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标题: 求助：gmx rdf计算配位数 [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-3-8 16:52
标题: 求助：gmx rdf计算配位数
通过gmx rdf命令分别得到了Mg原子周围N原子的rdf和配位数（-cn）曲线，在我之前的理解中rdf曲线的高度大小粗略的可以对应于配位数的大小，但是在我计算的这个体系中却失效了。
（1）我对此有个猜想，根据配位数的定义，需要乘上被计算组的平均密度，而我的不同体系中N原子数量是相同的，而体系的盒子随n1至n7是逐渐增加的，这导致了平均数密度的降低，是否因为这导致了RDF和配位数的不吻合呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 41)
（2）此结果中，RDF和配位数哪个更能表达N原子在Mg原子周围分布的多少？
(, 下载次数 Times of downloads: 59) (, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 21:54
1 是

2 显然是配位数。rdf只是用来体现在Mg周围分布的有序度情况

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-3-9 09:12

sobereva 发表于 2021-3-8 21:54
1 是

2 显然是配位数。rdf只是用来体现在Mg周围分布的有序度情况

好的，谢谢老师！

作者
Author: 方晨 时间: 2021-9-18 08:58
您好，看了您的帖子，我想请教下，MS计算出来的RDF怎么求取配位数呢？我不知道公式里g（r）代表了什么，具体的计算式是什么？有方法可以直接得到配位数的曲线吗？

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