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标题: 求助计算单分子的回转半径 [打印本页]

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-8 17:01
标题: 求助计算单分子的回转半径
前辈们好，求问一下想要用GROMACS计算一个分子的回转半径，然后我的体系里可能是3000个这样的分子，它的gmx gyrate的计算结果就是单个分子的回转半径吗？还是说用索引限定它计算其中一个分子的回转半径呢？
此外，为什么GROMACS手册上说的回转半径是关于X,Y和Z轴的回转半径，而我在一篇文献里看到的理论计算方法是图里这样的，和分子质心相关的，ri是原子到分子质心的距离，想不明白为什么是关于X,Y,Z轴的。
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以及对于饱和烷烃这种刚性的分子来说来说，温度对它的回转半径是不是没什么影响？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 21:45
1 把3000个分子视为整体计算，还是每个分别计算取平均，取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾，看我培训的ppt

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3 除非很短的饱和烷烃，否则温度对其构象影响大极了，自然也影响回转半径

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-15 19:34

sobereva 发表于 2021-3-8 21:45
1 把3000个分子视为整体计算，还是每个分别计算取平均，取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾，看我培训的ppt ...

谢谢老师，再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗？NVT还是NPT？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 07:04

fwan1006 发表于 2021-3-15 19:34
谢谢老师，再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗？NVT还是NPT？

无所谓，跟这个没直接关系

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