计算化学公社

标题: 求助Amber 计算MMPBSA列表索引超出范围 [打印本页]

作者
Author: hhhnano 时间: 2021-3-8 18:26
标题: 求助Amber 计算MMPBSA列表索引超出范围
本帖最后由 hhhnano 于 2021-3-8 18:30 编辑

我参考下面的教程计算MMPBSA 自由能，但是出现列表索引超出范围的错误，特请教大神，非常感谢！
https://blog.csdn.net/recher_He1107/article/details/113525246
https://zhuanlan.zhihu.com/p/191473176
  File "/home/xzhfood/amber2018/amber18/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/parm_setup.py", line 591, in _binding_group
self._select_residues(selection)
  File "/home/xzhfood/amber2018/amber18/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/parm_setup.py", line 849, in _select_residues
self.res_list[res1-1].select()
IndexError: list index out of range
Exiting. All files have been retained.

mmpbsa-2.in文件内容如下：

&general
startframe=1001, endframe=2000, interval=1,
verbose = 1
ligand_mask = ":1"
receptor_mask = ":2-299"
/
&gb
igb=8, saltcon=0.100,
/
&pb
inp=0, radiopt=0,
istrng=0.100,
/
&decomp
idecomp=2, print_res="1,14,20,35,38-39,77-80,83,84-86,88-89,146-148,177,187,196-197,201-202,205,243,271-272,275,2291,4798,5231,7029,7892,10373",
dec_verbose=3,
/

如果去掉打印范围则计算正常，是否少了参数？

&decomp
idecomp=2, dec_verbose=3,
print_res="1,14,20,35,38-39,77-80,83,84-86,88-89,146-148,177,187,196-197,201-202,205,243,271-272,275,2291,4798,5231,7029,7892,10373",
/

如果去掉MASK，保留打印范围，出现同样的错误

ligand_mask = ":1"
receptor_mask = ":2-299"

MMPBSA.py -O -i mmpbsa-2.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA-2.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA-2.dat -sp complex_solv.prmtop -cp EstJ6-DBP-now.prmtop -rp EstJ6-now.prmtop -lp DBPH-now.prmtop -y eq_density-2.nc > qjr_mmgbsa-2.log

complex_solv.prmtop：蛋白-配体-水系统
EstJ6-DBP-now.prmtop ：蛋白-配体复合物
EstJ6-now.prmtop：蛋白
DBPH-now.prmtop：配体

配体：1号
蛋白：2-299

print_res为配体周围5埃的氨基酸残基。

作者
Author: hhhnano 时间: 2021-3-9 09:37
将水分子去掉问题解决。

作者
Author: guoxiaomeng 时间: 2023-7-16 21:44
你好，我想问一下，您的这个问题解决了吗，我遇到了相同的问题。
File "/home/guoshuai/.conda/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 605, in _parse_bonds
bond = Bond(atoms[i], atoms[j])
IndexError: list index out of range
Exiting. All files have been retained.

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