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标题: 求助：mdrun时在跑的过程中出现问题 [打印本页]

作者
Author: gmx-xx 时间: 2021-3-8 19:50
标题: 求助：mdrun时在跑的过程中出现问题
请问大家我在mdrun的时候出现了Wrote pdb files with previous and current coordinates是咋回事啊，然后底下坐标中current 那一列变得特比特别大，不太清楚咋回事啊
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  15745  15746 95.4 0.1127 1530497664.0000    0.1120
  15746  15747 90.8 0.1126 8565341184.0000    0.1120
  15746  15748 92.2 0.1122 600528640.0000    0.1120
  15746  15749 88.1 0.1497 11481556992.0000    0.1480
  15749  15750 87.8 0.1053 8949131264.0000    0.1030
  15749  15751 93.2 0.1528 10987352064.0000    0.1500
  15749  15761 93.4 0.1551 14303539200.0000    0.1500
  15751  15752 88.7 0.1122 3590457088.0000    0.1130
  15751  15753  101.0 0.1156 2126387840.0000    0.1130
这是随意截取的一段，current 变得特别大请问各位老师是什么原因啊，之前我在修改rtp文件过程中，只把两个分子的atoms和bonds输入到rtp文件里了，其他信息没输入和这个有关系吗
希望各位老师能帮忙看一下，谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 21:06
大概率是拓扑信息有问题，导致模拟异常
amber等力场的rtp的angles、dihedrals等项会自动生成（由[ bondedtypes ]决定），参考rtp里其它已有的信息。不放心的话就自行看看拓扑文件

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