计算化学公社

标题: 用DMOL3计算分子吸附在TiO2（101）表面的问题 [打印本页]

作者
Author: lp2014 时间: 2015-11-20 11:03
标题: 用DMOL3计算分子吸附在TiO2（101）表面的问题
我用DMOL3优化（TiO2）38团簇模型，用gaussian优化有机分子，然后想把优化好的有机分子结构吸附（化学键吸附，双齿桥接）在TiO2上后用DMOL3优化整体构型。我的问题是，怎样把有机分子放在TiO2上？gaussian构建的整体分子结构可以在DMOL3中计算吗？谢谢

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-20 11:11
你直接复制粘贴，把分子移动到合适的位置不就可以了？

作者
Author: 平辉正 时间: 2015-11-20 11:13
TiO2一般都是要加U的，你用dmol3怎么加U，结果能可靠吗？

作者
Author: lp2014 时间: 2015-11-20 17:57

平辉正发表于 2015-11-20 11:13
TiO2一般都是要加U的，你用dmol3怎么加U，结果能可靠吗？

加U是什么意思？

作者
Author: lp2014 时间: 2015-11-20 17:59

zyj19831206 发表于 2015-11-20 11:11
你直接复制粘贴，把分子移动到合适的位置不就可以了？

在Gaussian中可以直接复制粘贴，但gaussian文件能导入DMOL3中计算吗？进入DMOL3界面就是建模了，我在DMOL3中不知道怎么操作

作者
Author: 平辉正 时间: 2015-11-20 19:23

lp2014 发表于 2015-11-20 17:57
加U是什么意思？

GGA处理TiO2是不准的，需要用DFT+U模型

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-23 10:29
你把计算的图或者文件贴出来，会更有说服力。

作者
Author: lp2014 时间: 2015-11-26 21:15

zyj19831206 发表于 2015-11-23 10:29
你把计算的图或者文件贴出来，会更有说服力。

计算失败，是否可以降低SCF收敛限？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-27 06:01

lp2014 发表于 2015-11-26 21:15
计算失败，是否可以降低SCF收敛限？

你概念搞错了，现在导致报错的是结构优化难收敛。

SCF过程整体精度太低，对结构优化没什么好处，很多人降低SCF精度以为能提高优化的速度，殊不知如果计算精度太低，有时候反而使得结构优化难以收敛。如果精度太低，能量和力算出来不合理，构型运动的方向都是不对的。

大体上来说，降低精度只有在保证势能面性质仍然定性正确且远离平衡构型的时候，才会有好的“加速”效果。但与其如此，不如猜或其他途径产生个更加合理的结构，这是最有效节约时间的办法。

我自己的经验来看，团簇体系优化建议还是把优化的步长上限降低一些比较好，在不行就试试直角坐标。请参考http://sobereva.com/164

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-11-27 09:46
你这个计算才设定了50个循环，不收敛也很正常啊

作者
Author: ca0yan9 时间: 2016-2-28 21:14

平辉正发表于 2015-11-20 11:13
TiO2一般都是要加U的，你用dmol3怎么加U，结果能可靠吗？

老师，请问ZnO是不是也需要加U那

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-2-28 23:06

ca0yan9 发表于 2016-2-28 21:14
老师，请问ZnO是不是也需要加U那

原则上局域泛函应该考虑DFT+U修正或是杂化泛函，一般的GGA可能会高估表面与分子的电荷转移，因此相互作用能也高估一些。

作者
Author: ca0yan9 时间: 2016-2-29 08:11

卡开发发发表于 2016-2-28 23:06
原则上局域泛函应该考虑DFT+U修正或是杂化泛函，一般的GGA可能会高估表面与分子的电荷转移，因此相互作用 ...

老师，请帮忙看看这个问题，感谢！！

想用CASTEP计算有机分子吸附在ZnO表面，但是有几个问题难以解决：
1、不同与CO，N2等小分子，如何将DNT放置到半导体表面上，是否需要注意些什么问题？
2、是否需要用多层结构建模，
3、GGA和PBE能够满足要求，
4、有类似的方法么，我们这边没有做这方面的专家，属于摸着石头过河，不太懂怎么处理。

希望楼主帮忙，感谢！！

我做了个求助贴，但是没有老师回复

求助链接：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2758&extra=

作者
Author: 平辉正 时间: 2016-2-29 09:28

ca0yan9 发表于 2016-2-28 21:14
老师，请问ZnO是不是也需要加U那

ZnO我也没有研究过，你查到的文献上如果有人加U了，那就需要。不过我个人认为，Zn的d壳层饱和，可以不加。

作者
Author: Leos 时间: 2018-7-7 11:34
楼主你好，请问你这个问题最后是怎么解决的，我现在也是这种情况

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)