计算化学公社

标题: cp2k结构优化是否需要设置温度 [打印本页]

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2021-3-8 22:50
标题: cp2k结构优化是否需要设置温度
cp2k结构优化是否需要设置温度，找到的做结构优化的例子为啥都没有设置温度？望指教

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 23:02
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2021-3-9 09:33
谢谢答复

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-9-14 11:20

sobereva 发表于 2021-3-8 23:02
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs. ...

卢老师好，看到一篇文献中使用vasp优化了晶体结构后讨论与实验晶体结构参数的表格时特意标注了0K和298K，请问老师是否文献这么做是没意义的？因为读了博文后讨论结构优化时没有温度这个概念。文献中是认为了结构优化是在0K，晶体结构是在298K。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 19:08

Gzh_NJ 发表于 2023-9-14 11:20
卢老师好，看到一篇文献中使用vasp优化了晶体结构后讨论与实验晶体结构参数的表格时特意标注了0K和298K， ...

标注成0K是不当的

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2023-9-16 10:21

sobereva 发表于 2023-9-14 19:08
标注成0K是不当的

谢谢卢老师解惑

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-18 17:28

sobereva 发表于 2021-3-8 23:02
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs. ...

看了老师的博文不禁有一个疑惑，既然压力对热力学数据以外的任何量子化学程序计算结果（比如优化的结构、振动频率、电子激发能、NMR、偶极矩等等）都不产生丝毫影响。

那为啥cp2k会在集合优化CELL_OPT下放一个EXTERNAL_PRESSURE的关键词，而且采用Multiwfn生成CELL_OPT优化的输入文件也有该关键词，在计算过程中会把压力当作一个收敛判据。

而且感觉CELL_OPT优化出来的结构比较不合理，晶格容易发生较大的变化。

作者
Author: wsz 时间: 2023-9-18 18:18

1138711019 发表于 2023-9-18 17:28
看了老师的博文不禁有一个疑惑，既然压力对热力学数据以外的任何量子化学程序计算结果（比如优化的结构、 ...

注意看sob老师博文的第一部分最后一段，cp2k一般是用来算周期性体系的，EXTERNAL_PRESSURE是在外压下优化。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 18:46

1138711019 发表于 2023-9-18 17:28
看了老师的博文不禁有一个疑惑，既然压力对热力学数据以外的任何量子化学程序计算结果（比如优化的结构、 ...

周期性体系的DFT计算属于第一性原理计算范畴，不叫量子化学计算，下文说了
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

“CELL_OPT优化出来的结构比较不合理，晶格容易发生较大的变化” 完全没这回事。该怎么变怎么变，初始结构和晶胞参数烂的情况，不做变胞优化才明显不合理

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-19 10:01

sobereva 发表于 2023-9-18 18:46
周期性体系的DFT计算属于第一性原理计算范畴，不叫量子化学计算，下文说了
辨析计算化学中的任务类型和理 ...

原来如此，以前一直搞不清楚量子化学计算和量子计算的区别，谢谢老师

CELL_OPT优化不合理是因为在Materials Project上下载了一个CuCl2练手，发现cp2k优化了接近2h，不知道是不是自己哪里设置出了问题，而且得到的晶格常数是a=8.3，同样的计算用vasp就很快就算完了，晶格常数为a=7.3,可能是之前一直用vasp感觉很可靠，也没有设置过压力相关参数，所以就感觉cp2k的计算有点不太对劲。

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-19 10:02

wsz 发表于 2023-9-18 18:18
注意看sob老师博文的第一部分最后一段，cp2k一般是用来算周期性体系的，EXTERNAL_PRESSURE是在外压下优化 ...

谢谢，我看到了，也看到了sob老师下面发的博文，现在搞得更清楚了~

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 00:19

1138711019 发表于 2023-9-19 10:01
原来如此，以前一直搞不清楚量子化学计算和量子计算的区别，谢谢老师

CELL_OPT优化不合理是因为在Mate ...

CP2K做这种体系优化完全没有问题，结果异常肯定是哪里有硬伤，没输入文件别人也无从判断

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-20 08:49

sobereva 发表于 2023-9-20 00:19
CP2K做这种体系优化完全没有问题，结果异常肯定是哪里有硬伤，没输入文件别人也无从判断

我是用Multiwfn生成的，附件已上传，请卢老师看看呢，应该是设置哪里有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 08:56
本来就是闭壳层的，设UKS毫无意义
没必要开smearing
PBEsol算晶格常数比PBE强

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-21 13:22

sobereva 发表于 2023-9-20 08:56
本来就是闭壳层的，设UKS毫无意义
没必要开smearing
PBEsol算晶格常数比PBE强

卢老师，我把smearing关了，然后也关了UKS，分别计算了一下PBE（a=7.868）和PBEsol（a=6.829）的几何优化，跑了3h也都收敛了，得到得晶格常数相差也比较大，感觉对称性消失了，我是不是应该把KEEP_SYMMETRY 打开啊？我上传了restart文件，麻烦老师看看，谢谢您~

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-22 05:16

1138711019 发表于 2023-9-21 13:22
卢老师，我把smearing关了，然后也关了UKS，分别计算了一下PBE（a=7.868）和PBEsol（a=6.829）的几何优化 ...

之前看错了，以为你算的是CuCl。CuCl2得用UKS，当顺磁性体系算
PBE高估层间方向的参数很正常，本来描述色散作用就很烂，得加色散校正

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-22 09:01

1138711019 发表于 2023-9-21 13:22
卢老师，我把smearing关了，然后也关了UKS，分别计算了一下PBE（a=7.868）和PBEsol（a=6.829）的几何优化 ...

PBEsol/DZVP-MOLOPT-SR-GTH对CuCl2优化完的结果，和实验晶胞参数吻合很好

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-9-22 14:56

sobereva 发表于 2023-9-22 09:01
PBEsol/DZVP-MOLOPT-SR-GTH对CuCl2优化完的结果，和实验晶胞参数吻合很好

感谢卢老师，我好好研究研究这个测试算例。

作者
Author: Shana 时间: 2024-5-15 10:24

sobereva 发表于 2023-9-22 09:01
PBEsol/DZVP-MOLOPT-SR-GTH对CuCl2优化完的结果，和实验晶胞参数吻合很好

卢老师，我最近在用cp2k算一个石榴石结构的材料，PBEsol泛函优化的晶格常数是12.341，vasp优化的和实验的晶格常数都是12.256，在cp2k中Ge的价电子是4，vasp中Ge的价电子是14，会不会是价电子影响的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 00:28

Shana 发表于 2024-5-15 10:24
卢老师，我最近在用cp2k算一个石榴石结构的材料，PBEsol泛函优化的晶格常数是12.341，vasp优化的和实验的 ...

跟这个没关系
尝试用更好的基组
当前的基组只是保底水平

作者
Author: Shana 时间: 2024-5-16 19:39

sobereva 发表于 2024-5-16 00:28
跟这个没关系
尝试用更好的基组
当前的基组只是保底水平

感谢卢老师的回复。
另外还想问一个问题，对于Pb、Bi这种重原子，采用DZVP，TZVP这种基组能够描述相对论效应吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-17 03:41

Shana 发表于 2024-5-16 19:39
感谢卢老师的回复。
另外还想问一个问题，对于Pb、Bi这种重原子，采用DZVP，TZVP这种基组能够描述相对论 ...

相对论效应的描述不是基组层面的事，是赝势或理论方法层面的事
CP2K中常用的MOLOPT系列基组搭配的GTH赝势对这些元素体现了标量相对论效应

作者
Author: Shana 时间: 2024-5-17 10:43

sobereva 发表于 2024-5-17 03:41
相对论效应的描述不是基组层面的事，是赝势或理论方法层面的事
CP2K中常用的MOLOPT系列基组搭配的GTH赝 ...

明白了，感谢卢老师解惑。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)