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标题: 如何使用xtb计算自由能？ [打印本页]

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-3-9 10:33
标题: 如何使用xtb计算自由能？
各位老师，我想请教一下：如何使用xtb计算自由能？我使用xtb的--ohess命令计算S22、L7、S30L等数据集里的分子，得到其[size=11.9552pt] the association free energies 的∆GmRRHO 贡献，与Grimme在“Effiffifficient Computation of Free Energy Contributions for Association Reactions of Large Molecules"这篇文章中用xtb的gfn2以及gfnff的方法计算的结果相差2-3kcal/mol,使用--ohess计算∆GmRRHO 贡献还需要设置什么其他特别的参数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-10 04:37
原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-3-10 09:37

sobereva 发表于 2021-3-10 04:37
原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

好的，谢谢sob老师，我试试看

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-3-24 23:14

sobereva 发表于 2021-3-10 04:37
原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

sob老师，我用xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gbsa h2o --gfn 2 --ohess extreme计算，已经确保收敛精度的严格，用--ohess 命令已经确保不存在虚频，但是和Grimme文中算的结果还是差别很大。∆GmRRHO值我是用GAB-GA-GB的形式确定的，是不是还要设置其他一些参数？
1.xyz坐标如下（L7数据集的1）
72
Generated by Multiwfn
C    -1.48753200    -1.23154300    -1.72900000
C    -0.06546800    -1.23154300    -1.72900000
C    0.64556400    0.00000000    -1.72900000
C    -0.06546800    1.23154300    -1.72900000
C    -1.48753200    1.23154300    -1.72900000
C    -2.19856400    0.00000000    -1.72900000
C    0.64229200    -2.45742000    -1.72900000
C    -0.09337800    -3.67082300    -1.72900000
C    -1.45962200    -3.67082300    -1.72900000
C    -2.19529200    -2.45742000    -1.72900000
C    -3.61408400    0.00000000    -1.72900000
C    -4.29708700    -1.24381000    -1.72900000
C    -3.61396500    -2.42701300    -1.72900000
C    -4.29708700    1.24381000    -1.72900000
C    -3.61396500    2.42701300    -1.72900000
C    -2.19529200    2.45742000    -1.72900000
C    -1.45962200    3.67082300    -1.72900000
C    -0.09337800    3.67082300    -1.72900000
C    0.64229200    2.45742000    -1.72900000
C    2.06096500    2.42701300    -1.72900000
C    2.74408700    1.24381000    -1.72900000
C    2.06108400    0.00000000    -1.72900000
C    2.74408700    -1.24381000    -1.72900000
C    2.06096500    -2.42701300    -1.72900000
H    0.44958000    -4.60741700    -1.72900000
H    -2.00258100    -4.60741700    -1.72900000
H    -4.15360000    -3.36552500    -1.72900000
H    -5.37968000    -1.24189200    -1.72900000
H    -5.37968000    1.24189200    -1.72900000
H    -4.15360000    3.36552500    -1.72900000
H    -2.00258100    4.60741700    -1.72900000
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H    2.60060000    3.36552500    -1.72900000
H    3.82668000    1.24189200    -1.72900000
H    3.82668000    -1.24189200    -1.72900000
H    2.60060000    -3.36552500    -1.72900000
C    0.06546800    -1.23154300    1.72900000
C    1.48753200    -1.23154300    1.72900000
C    2.19856400    0.00000000    1.72900000
C    1.48753200    1.23154300    1.72900000
C    0.06546800    1.23154300    1.72900000
C    -0.64556400    0.00000000    1.72900000
C    2.19529200    -2.45742000    1.72900000
C    1.45962200    -3.67082300    1.72900000
C    0.09337800    -3.67082300    1.72900000
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C    -2.06108400    0.00000000    1.72900000
C    -2.74408700    -1.24381000    1.72900000
C    -2.06096500    -2.42701300    1.72900000
C    -2.74408700    1.24381000    1.72900000
C    -2.06096500    2.42701300    1.72900000
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C    0.09337800    3.67082300    1.72900000
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C    2.19529200    2.45742000    1.72900000
C    3.61396500    2.42701300    1.72900000
C    4.29708700    1.24381000    1.72900000
C    3.61408400    0.00000000    1.72900000
C    4.29708700    -1.24381000    1.72900000
C    3.61396500    -2.42701300    1.72900000
H    2.00258100    -4.60741700    1.72900000
H    -0.44958000    -4.60741700    1.72900000
H    -2.60060000    -3.36552500    1.72900000
H    -3.82668000    -1.24189200    1.72900000
H    -3.82668000    1.24189200    1.72900000
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H    5.37968000    1.24189200    1.72900000
H    5.37968000    -1.24189200    1.72900000
H    4.15360000    -3.36552500    1.72900000

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 07:11

CYQ@ 发表于 2021-3-24 23:14
sob老师，我用xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gbsa h2o --gfn 2 --ohess extreme计算，已经确保收敛精度的 ...

不好说。发邮件问作者吧，有些细节作者自己才知道

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