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标题: 求助：为什么模拟的Au与水的体系用gromacs54a7就可以正常运行，换成amber力场就出错？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-3-9 11:12
标题: 求助：为什么模拟的Au与水的体系用gromacs54a7就可以正常运行，换成amber力场就出错？
各位老师，请问为什么我模拟的Au与水的体系用gromacs54a7就可以正常运行，换成amber99sb力场就出错？出错信息如下。所有设置都是一样的，只是换了力场而已。

作者
Author: mol 时间: 2021-3-9 20:12
这种错误应该是和初始构型不合理有关系吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-10 04:41
GROMOS力场时[atomtypes]里定义的是C6、C12，amber定义的是sigma、epsilon

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-3-10 20:03

sobereva 发表于 2021-3-10 04:41
GROMOS力场时[atomtypes]里定义的是C6、C12，amber定义的是sigma、epsilon

原来是这样，谢谢老师！我想再问一下，opls力场，UFF力场的atomtype又是用什么来定义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 01:17

邱美佳发表于 2021-3-10 20:03
原来是这样，谢谢老师！我想再问一下，opls力场，UFF力场的atomtype又是用什么来定义呢？

[atomtypes]里下图V和W两列对应什么，取决于[defaults]字段里定义的comb-rule。

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